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Quantification of Tomato yellow leaf curl virus in tomato plant by SYBR Green Ⅰ Real-time PCR assays

基于Real-time PCR监测番茄黄化曲叶病毒在番茄植株中的动态变化



全 文 :植物病理学报
ACTA PHYTOPATHOLOGICA SINICA  44(4): 363 ̄369(2014)
收稿日期: 2013 ̄04 ̄08ꎻ 修回日期: 2014 ̄04 ̄20
基金项目: 公益性行业(农业)科研专项:蔬菜黄化曲叶病毒病综合防控技术研究与示范(201003065)
通讯作者: 曹永松ꎬ教授ꎬ主要从事植物化学保护研究ꎻ Tel:010 ̄62734302ꎬ E ̄mail: ysongcao@163.com
第一作者: 朱云聪ꎬ男ꎬ云南玉溪人ꎬ硕士研究生ꎬ主要从事植物病毒病化学防治研究ꎻ E ̄mail: jbsequation@163.comꎮ
doi:10.13926 / j.cnki.apps.2014.04.004
基于 Real ̄time PCR监测番茄黄化曲叶病毒
在番茄植株中的动态变化
朱云聪ꎬ 邓宇芳ꎬ 何 顺ꎬ 罗来鑫ꎬ 曹永松∗
(中国农业大学农学与生物技术学院ꎬ 北京 100193)
摘要:本研究根据番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virusꎬ TYLCV)分离物 ̄SH2基因组序列ꎬ设计了一对引物ꎬ以
番茄 25S rRNA基因为内参ꎬ建立了番茄黄化曲叶病毒 SYBR GreenⅠ实时荧光定量 PCR检测方法ꎮ 该方法可检测到浓度
为 4.64×10-7 ng / μL的植物 DNA中含有 TYLCVꎬ其灵敏度是常规 PCR的 1 000倍ꎮ 利用该方法ꎬ研究了温室条件下以侵
染性克隆接种 TYLCV后的番茄植株中病毒 DNA含量的变化情况ꎮ 根、茎、叶中病毒 DNA定量检测结果表明ꎬTYLCV在
3种植物器官中都呈现一个上升、稳定和下降的变化规律ꎻ病毒 DNA 在植株根部最早累积ꎬ累积的速度较慢ꎬ在叶部和茎
部累积较快ꎻ叶部和茎部接种 18 d后病毒 DNA含量达到稳定期ꎻ在不同的器官中ꎬ病毒的含量不同ꎬ在茎部的含量最高ꎬ接
种 33 d后茎部病毒 DNA的含量约为根部的 100倍ꎮ 本研究通过对 TYLCV含量的动态监测ꎬ明确了病毒 DNA 在番茄植
株中的累积和变化规律ꎬ为研究 TYLCV侵染机制、病毒与寄主互作及病害防治提供了理论依据ꎮ
关键词:番茄黄花曲叶病毒ꎻ 实时荧光 PCRꎻ DNA含量ꎻ 累积
Quantification of Tomato yellow leaf curl virus in tomato plant by SYBR Green Ⅰ
Real ̄time PCR assays  ZHU Yun ̄congꎬ DENG Yu ̄fangꎬ HE Shunꎬ LUO Lai ̄xinꎬ CAO Yong ̄song
(College of Agriculture and Biotechnologyꎬ China Agricultural Universityꎬ Beijing 100193 ꎬ China)
Abstract: SYBR GreenⅠReal ̄time PCR assay for quantitative detection of Tomato yellow leaf curl virus (TYL ̄
CV) in tomato was developed by using the tomato 25S ribosomal RNA gene as the reference gene and a pair of
primers designed was based on the full genome of TYLCV. The assay was reliable and 1 000 ̄fold sensitive more
than conventional PCR. The method was used to investigate the variation of TYLCV DNA in three different
organs of tomato. The results indicated that the accumulation of TYLCV DNA in tomato increasedꎬ then kept
stable and decreased after inoculation during the period of investigation. Viral DNA in leaves and stems increased
fast at 18 days post ̄inoculation. The virus was found first in rootsꎬ then in leaves and stems. The maximum of
viral DNA was in stemsꎬ and it was 100 times more than that in roots at 33 days post ̄inoculation. The research
would elucidate the infection mechanism and interaction of TYLCV with the tomatoꎬ and provide theory
basement for plant protection.
Key words: Tomato yellow leaf curl virusꎻ real ̄time PCRꎻ DNA quantityꎻ accumulation
中图分类号: S432.41          文献标识码: A          文章编号: 0412 ̄0914(2014)04 ̄0363 ̄07
    番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl vi ̄
rusꎬTYLCV)是全球热带和亚热带地区危害番茄
种植最严重的病毒之一ꎬ病害严重时造成绝产ꎬ成
为许多番茄种植地区产量的限制因素[1]ꎮ TYLCV
属于双生病毒科(Geminiviridae)菜豆金色花叶病
毒属(Begomovirus)ꎬ自然条件下依靠烟粉虱(Be ̄
 
植物病理学报 44卷
misia tabaci)传播[2~3]ꎮ 其基因组为 1 条单链环状
DNA(ssDNA)ꎬ链长大约为 2.8 kb[4]ꎮ 病毒在寄
主体内分布不均匀ꎬ受到来自病毒自身、寄主和环
境等诸多因素的影响ꎬ有的病毒只局限在寄主特定
的组织内分布ꎬ如大麦黄矮病毒仅发现分布于植物
的韧皮部、薄壁细胞、伴胞及筛管细胞[5]ꎮ 病毒基
因在寄主体内的表达ꎬ能反映病毒侵染、增殖和移
动的过程ꎮ Morilla等[6]利用原位杂交的方法研究
了撒丁番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl
Sardinia virusꎬ TYLCSV)和 TYLCV 在寄主中核
酸的含量和分布ꎬ发现病毒核酸占寄主核酸的
1􀆰 4%ꎬ无论是 2种病毒复合侵染还是单一侵染ꎬ病
毒的 DNA 都被限制在寄主的韧皮部ꎮ Czosnek
等[7]用同位素标记的分子探针和病毒 DNA 分子
进行杂交ꎬ发现病毒 DNA 在植株茎尖的浓度最
高ꎬ根部和茎部次之ꎬ在舒展的叶片中最少ꎬ在不发
生细胞分裂的组织中没有检测到病毒ꎮ Ber 等[8]
也利用探针杂交的方法ꎬ研究了 TYLCV DNA 在
侵染的番茄植株中的累积ꎬ发现病毒 DNA 在生长
迅速的植物组织(茎尖ꎬ嫩叶ꎬ根)和茎秆中浓度最
高ꎬ接种 7 d后能检测到病毒 DNAꎬ15 d 番茄表现
出黄化症状ꎮ
TYLCV的检测方法有血清学法、分子杂交法
和 PCR检测法ꎬ不同的检测方法其应用范围和可
靠性存在差异[9]ꎮ 实时荧光定量 PCR(Real ̄time
PCR)在反应体系中引入荧光分子ꎬ通过荧光信号
的增加来反映 DNA 量的增加ꎬ实时监测 PCR 产
物ꎬ能够准确确定初始模板拷贝数ꎬ具有动态范围
宽以及灵敏度高的优点[10]ꎮ Gharsallah 等[11]通过
TaqMan􀅺法建立了 TYLCSV 的 Real ̄time PCR 检
测体系ꎬ用于番茄、辣椒和菜豆中 TYLCSV 的快速
检测ꎮ Giovanna 等[12]利用 TaqMan 探针实现了番
茄植株和烟粉虱体内 TYLCSV 的 Real ̄time PCR
检测ꎮ 对番茄植株中 TYLCSV进行绝对定量检测
发现ꎬ病毒接种 8 周后ꎬ番茄嫩叶中的病毒含量达
到1 073 ~ 2 135 GU / tomato GU ( GUꎬ genomic
units)ꎮ Papayiannis 等[13]利用多重 TaqMan 探针
开发了同时检测 TYLCV 和 TYLCSV 的 Real ̄time
PCR方法ꎬ灵敏度是常规 PCR 检测的 1 000 倍ꎮ
对病毒含量进行研究ꎬ能够揭示病毒的侵染过程ꎬ
病害的发生和发展趋势ꎬ寄主症状表现与病毒增殖
之间的关系等ꎮ 本研究建立了 TYLCV 的 SYBR
GreenⅠReal ̄time PCR检测方法ꎬ用于监测温室条
件下番茄植株中病毒 DNA 随时间的变化ꎬ为进一
步探索 TYLCV 的侵染机制和评价植物病毒病的
防治效果提供了依据ꎮ
1  材料与方法
1.1  病毒毒源及植物材料
番茄黄化曲叶病毒毒株侵染性克隆 SH2[14]ꎬ
由中国农业科学院蔬菜花卉研究所谢丙炎研究员
提供ꎮ 供试番茄为北京樱桃番茄ꎬ购自北京中品开
元种子有限公司ꎮ
1.2  病毒接种
将病毒侵染性克隆接种在 100 mL 含卡那霉
素(Kanamycinꎬ 50 μg / mL)和利福平(Rifampicinꎬ
50 μg / mL)的 YEB液体培养基中ꎬ28℃条件下 120
rpm振荡培养 48 hꎬ菌浓度约为 1.8 ×108 cfu / mL
时ꎬ取 1 mL 一次性无菌注射器吸取培养的菌液ꎬ
在供试番茄幼苗地上部 1 ~ 2 cm 茎杆处取 3 点进
行韧皮部注射接种ꎬ每点注射 150~200 μLꎬ接种番
茄置于防虫温室ꎬ自然光照条件下 25 ~ 30℃下培
养[15]ꎮ
1.3  主要仪器设备及试剂
实验仪器:7500 Real ̄time PCR system (美国
Applied Biosystems)ꎬMy CyclerTM 梯度 PCR 仪
( Bio ̄RAD )ꎬ Nanodrop 2 000 Spectrophotometer
(Thermo Scientific)ꎮ Real ̄time PCR试剂:SYBR􀅺
Premix DimerEraserTM试剂盒ꎬ购自 TaRaKa(大连)
公司ꎮ 常规 PCR 试剂ꎬ购自北京博迈德科技有限
公司ꎮ
1.4  引物设计
用于检测的特异性引物根据 TYLCV 全序列
(GenBank NO.: AM282874)ꎬ利用 Primer Premier
5.0 软件设计得到ꎬ扩增片段位于 TYLCV 全序列
的 1 462 ̄1 601 位ꎻ内参基因参照 Mason 等[12]ꎬ为
番茄的 25S核糖体 RNA内源基因(GenBank NO.:
X13557)ꎬ引物由北京博迈德科技有限公司合成ꎬ
引物合成后进行特异性分析ꎮ 引物参数如表 1 所
示ꎮ
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  4期     朱云聪ꎬ等:基于 Real ̄time PCR监测番茄黄化曲叶病毒在番茄植株中的动态变化
Table 1  The primers used in Real ̄time PCR
Gene Primer Oligonucleotide Sequence(5′ ̄3′) Tm value / ℃ Product size / bp
TYLCV
YG ̄3 GAGTTCCCCTGTGCGTGAA 59.7 139
YG ̄5 CTGTTCGCAAGTATCAATCAAGGT 58.5
Tomato 25S rRNA
UNIV(+) ATAACCGCATCAGGTCTCCA 57.8 113
UNIV(  ̄) CCGAAGTTACGGATCCATTT 55.7
1.5  TYLCV常规 PCR检测
侵染性克隆接种 30 d 后ꎬ取番茄叶片ꎬ2%
CTAB 法提取样品总 DNA[16]ꎬ常规 PCR 检测
TYLCVꎬ取样 3 组ꎬ每组 12 个样ꎮ PCR 引物为:
TYJU ̄F 5′ ̄TAAATACCATGGCCGCGCAGCGGAA ̄
TACACGACGTTC ̄3′ꎬ TYJU ̄R 5′ ̄TATAATCCAT ̄
GGAGACCCATAAGTATTGTCATTG AGGGTGA ̄
3′[17]ꎮ 扩增程序:95℃ 10 minꎻ95℃ 30 sꎬ62℃ 40
sꎬ72℃ 1 minꎬ35个循环ꎬ72℃ 10 minꎬ10℃ 保持ꎮ
1.6  TYLCV Real ̄time PCR检测
经上述 TYJU ̄F / TYJU ̄R 引物 PCR 检测呈阳
性的 DNA 样品ꎬ用 Nanodrop 分光光度法测定
DNA浓度ꎬ10倍梯度稀释ꎬ以稀释的 DNA 样品为
模板ꎬ以 YG ̄3ꎬYG ̄5 为引物ꎬ分别进行常规 PCR
检测和 Real ̄time PCR 检测ꎬ比较 2 者的灵敏度ꎮ
Real ̄time PCR 检测ꎬ每个样品设 3 个重复ꎬ以
DNA浓度对数为横坐标ꎬCt 值为纵坐标ꎬ作图得
到标准曲线ꎮ 扩增效率 = ( E - 1) × 100%ꎬ E =
10-1 / slopꎬ(slop为标准曲线斜率)ꎬ比较目的基因和
内参基因的扩增效率ꎮ
Real ̄time PCR 扩增程序:52℃ 2 minꎻ95℃ 1
minꎻ 95℃ 5 sꎬ60℃ 30 sꎬ72℃ 34 s(收集荧光信
号)ꎬ40个循环ꎬ溶解曲线程序:95℃ 15 sꎬ60℃ 1
minꎬ95℃ 30 s(收集荧光信号)ꎻ60℃ 15 sꎬ反应体
系组成:SYBR Premix DimerEraser (2 ×) 10 μLꎬ
Reference DyeⅡ 0.4 μLꎬ正、反向引物各 0.6 μLꎬ
ddH2O 7.4 μLꎬDNA模板 1 μLꎬ总体积 20 μLꎮ
1.7  Real ̄time PCR 监测 TYLCV 在番茄植株体
内的变化
接种病毒后每 3 d取样 1 次ꎬ持续到第 42 天ꎬ
每次随机选 3株番茄ꎬ取叶(倒 2 叶ꎬ顶端往下第 2
片叶)、茎(上中下 3个部位)、根混合并称量 0.1 gꎬ
提取总 DNAꎬ方法同 1.5ꎮ 测定 DNA浓度ꎬ稀释至
1.0 ~ 10 ng / μL 之间ꎬ用本文构建的方法测定病毒
DNA的含量ꎬ未接种病毒的番茄为空白对照ꎮ 病
毒 DNA 相对含量用 ΔΔCt 法计算ꎬ相对含量 =
2-ΔΔCtꎮ 取样检测设 3次重复ꎮ
2  结果与分析
2.1  TYLCV常规 PCR检测
病毒接种 25 d 后ꎬ番茄植株叶片卷曲、皱缩ꎬ
生长缓慢ꎬ以 TYJU ̄F / TYJU ̄R为引物 PCR检测结
果显示均为阳性ꎬ表明植株感染 TYLCV 的发病率
达到 100%ꎮ
Fig. 1  PCR detection of TYLCV
M: DNA marker Ⅱꎻ Lane 1: Negative controlꎻ Lane 2: Positive controlꎻ
Lane 3 ̄14: Samplesꎻ the PCR amplification product is 856 bp.
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植物病理学报 44卷
2.2  Real ̄time PCR引物特异性分析
Real ̄time PCR产物溶解曲线表明ꎬ目的基因
和内参基因的溶解曲线均为单峰ꎬ无引物二聚体生
成和非特异性扩增(图 2)ꎮ 阴性对照(水)无扩
增ꎬ说明引物特异性良好ꎮ
2.3  灵敏度比较及扩增效率
检测阳性样品 DNA 的 OD260 / 280值为 2.00ꎬ10
倍梯度稀释得 7 个系列浓度ꎬ分别为 4.64×102 ~
4.64×10-4 ng / μLꎬ用于 Real ̄time PCR 扩增和常规
PCR扩增ꎮ 常规 PCR 扩增结果如图 3 所示ꎬ模板
浓度高于 4.64×10-4 ng / μL时ꎬ可见扩增条带ꎬ浓度
4.64×10-4 ng / μL 以下电泳显示无扩增条带ꎬReal ̄
time PCR DNA模板浓度稀释到 4.64×10-7ng / μLꎬ
Ct值为 36.321ꎬ稀释至 4.64×10-8 ng / μLꎬ检测不到
Ct值ꎬ表明 Real ̄time PCR 灵敏度为常规 PCR 的
1 000倍ꎮ
内参基因和目的基因的标准曲线如图 4所示ꎬ
由标准曲线斜率计算得到目的基因的扩增效率为
96.3%ꎬ内参基因的扩增效率为 98.8%ꎬ两者相差
2.5%ꎬ且接近 100%ꎬ可用于样品病毒 DNA的定量
检测ꎮ
Fig. 2  The melt curves of reference gene and target gene
A: Reference geneꎻ B: Target gene.
Fig. 3  PCR detection of gradient dilution samples
M: DNA marker Iꎻ Lane 1 ̄7: The DNA concentrations are 4.64×102ꎬ 4.64×101ꎬ 4.64×100ꎬ 4.64×10-1ꎬ 4.64×10-2ꎬ
4.64×10-3ꎬ 4.64×10-4 ng / μLꎬ respectively. The Ct mean values of Real ̄time PCR of lane 1 ̄7 are 9.175ꎬ
12.605ꎬ 16.532ꎬ 18.756ꎬ 22.584ꎬ 26.511ꎬ 29.738ꎬ respectively. The PCR amplification product is 139 bp.
663
 
  4期     朱云聪ꎬ等:基于 Real ̄time PCR监测番茄黄化曲叶病毒在番茄植株中的动态变化
Fig. 4  The linear regression curve of Ct values vs lg of total
DNA concentrations of reference gene and target gene
A: Reference geneꎻ B: Target gene.
Fig. 5  The TYLCV DNA quantity at different times in tomato
Aꎬ Bꎬ C represent rootꎬ stem and leafꎬ respectively.
2.4  番茄植株内病毒 DNA含量的测定
温室条件下接种病毒检测结果表明ꎬ病毒
DNA含量随时间变化逐渐增加ꎬ30 d 开始缓慢下
降ꎬ在测定的时间内病毒 DNA 呈现上升ꎬ稳定ꎬ回
落的趋势(图 5)ꎮ
图 5还表明ꎬ病毒 DNA 在番茄 3 种器官中累
积的速度不同ꎮ 根部病毒最先累积ꎬ3 d 根部的病
毒含量显著高于茎部和叶部ꎮ 根部病毒的累积速
763
 
植物病理学报 44卷
度比叶部和茎部都慢ꎬ27 d 根部病毒含量达到最
高值ꎮ 叶部和茎部病毒 DNA 在 9 ~ 18 d 快速累
积ꎬ18 d进入稳定期ꎬ33d 病毒 DNA 达到最高ꎻ18
~33 d病毒 DNA增长缓慢ꎬ33 d病毒 DNA比 18 d
分别增加了 14.1%和 24.1%ꎮ 病毒 DNA在根部下
降的时间最早ꎬ27 d 开始下降ꎬ茎部和叶部下降的
时间比根部延后了 6 dꎮ 同病毒含量最高时相比ꎬ
根、茎、叶部病毒 DNA 含量最高分别下降了 68.
3%ꎬ87.5%和 69.8%ꎮ
病毒 DNA在植物的 3 种器官中分布不均匀ꎮ
当病毒 DNA积累达到稳定时期时ꎬ茎部病毒 DNA
的含量最高ꎬ叶部次之ꎬ根部最低ꎻ33 d 茎部病毒
DNA约是根部的 100 倍ꎮ 叶部和根部病毒 DNA
含量在同一个数量水平ꎮ
3  讨论
植物病毒从病毒粒体侵入寄主细胞、病毒核酸
复制及表达ꎬ最后装配成病毒粒体ꎬ这一过程包括
侵入、脱壳、复制、翻译、装配与成熟等[5]ꎮ 病毒完
成系统侵染需要离开初侵染细胞进入邻近细胞ꎬ从
薄壁细胞进入维管束系统以及从维管束系统进行
长距离运输到达植物的其它组织ꎮ TYLCV 自然
条件下依靠烟粉虱传播ꎬ烟粉虱传毒后 5 min 就可
以在传毒位点检测到病毒 DNA[18]ꎮ 烟粉虱取食
嫩叶后ꎬ病毒在接种点复制ꎬ病毒首先被运输到根
部ꎬ然后运输到植株的新芽ꎬ最后运输到与接种叶
片位置相邻的叶片和花[6]ꎮ 本研究中病毒通过接
种进入韧皮部ꎬ移动速度较快ꎬ先在植株的根部累
积ꎬ然后分布在茎部和叶部ꎮ 病毒 DNA 在茎部的
相对含量最高ꎬ33 d茎部病毒含量达到根部的 100
倍ꎬ这可能和 TYLCV依靠韧皮部传输完成系统侵
染有关[8]ꎮ 病毒的累积具有时间效应ꎬPéréfarres
等[19]发现菜豆金色花叶病毒属的单组分和双组分
病毒具有不同的累积模式ꎬTYLCV在 20 d 后其累
积量达到最大ꎮ 本研究中植株接种病毒后ꎬ在发病
的初期ꎬ病毒快速累积到一定水平ꎬ此后累积的速
度变慢ꎻ侵染后期ꎬ病毒有不同程度下降ꎬ也表现出
了时间效应ꎮ 在 21 ~ 33 dꎬ病毒含量有降有升ꎬ表
明病毒在不同的植株之间累积速度也存在差异ꎮ
病毒含量下降ꎬ可能与寄主对病毒的免疫抗性有
关ꎮ 病毒在完成系统侵染的过程中ꎬ和寄主相互对
抗ꎬ有些病毒侵染的植物在系统症状出现后又减弱
或消失(恢复现象)ꎬ如烟草脆裂病毒属病毒(To ̄
braviruses)ꎬ花椰菜花叶病毒属病毒(Caulimovirus ̄
es) [20]等ꎮ 苜蓿花叶病毒(AMV)侵染烟草后能够
恢复ꎬ病毒在烟草植株内的含量变化呈现出一定的
规律[21]ꎮ 这是植物积累起来的针对“外源”核酸的
抗性ꎬ它通常是借助于转录后基因沉默(post ̄tran ̄
scriptional gene silencing ꎬ PTGS)发挥作用ꎮ
本研究建立了 SYBR Green I Real ̄time PCR
方法ꎬ并用于定量与监测被侵染的番茄植株根、茎、
叶部 TYLCV DNA随时间的累积变化ꎮ 该方法检
测 TYLCVꎬ灵敏度是常规 PCR的 1 000倍ꎬ能检测
到 4.64×10-7 ng / μL 的植物 DNA 中含有的 TYL ̄
CVꎬ适用于对病毒侵染和增殖的监测ꎬ用于病毒
DNA的定量ꎬ为番茄黄花曲叶病毒病的防治和抗
病番茄品种的筛选提供量化依据ꎮ 与 TaqMan 探
针法比较ꎬSYBR Green I 法省去了昂贵的探针合
成ꎬ能到到与之相当灵敏度[13]ꎬ节省了实验成本ꎻ
但 SYBR Green I是非特异性结合双链 DNAꎬ因此
对引物设计要求更高ꎮ 本实验的不足之处在于没
有对所设计的引物进行更深入的特异性分析ꎬ用于
区别其它的病原物或 TYLCV的其它株系ꎬ这方面
的研究将在后续的实验中继续展开ꎮ
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责任编辑:张宗英
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