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Development of EST-SSR Primers and Genetic Relationship Analysis in Four Glycyrrhiza L.Species

4种甘草属植物EST-SSR引物开发及其亲缘关系分析



全 文 :书西北植物学报!
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文章编号$
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-
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收稿日期$
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&修改稿收到日期$
!"#$)"%)"*
基金项目$国家自然科学基金"
%#!*""&!
#
作者简介$李晓岚"
#1(
#!女!在读硕士研究生!主要从事药用植物资源研究
2)34.5
$
5.6.47540#1"&"&
!
#*%+873
"
通信作者$陆嘉惠!博士!副教授!硕士生导师!主要从事药用植物资源研究
2)34.5
$
-
.49:.5
!
/9;:+<=:+80
$
种甘草属植物
%&(&&)
引物
开发及其亲缘关系分析
李晓岚#!陆嘉惠#!!%"!谢良碧#!张爱霞#!陈晓翠#!李学禹%
"
#
石河子大学 生命科学学院!新疆石河子
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&
!
新疆生产建设兵团绿洲生态农业重点实验室!新疆石河子
%!""%
&
%
石河
子大学 甘草研究所!新疆石河子
%!""%
#

!
要$通过乌拉尔甘草表达序列标签"
2>?
#数据库查找甘草属的
>>@
位点!并利用
AB.3软件在线设计
2>?)>>@
引物!对来自甘草属
&
个种
!!
份材料的
2>?)>>@
指纹图谱特征和聚类结果进行分析!为探讨甘草属种
间亲缘关系和疑难种的分类地位提供分子依据结果显示$"
#
#去掉冗余序列后共得到
&&#

2>?
序列!获得
$"&

>>@
位点!其中二核苷酸为重复单元的序列最多为
%$"
个!占
*1+&&C
!重复类型中以
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%
E?
(
?E
%
EF
形式的
微卫星最为丰富"
!
#设计的
&"

2>?)>>@
引物!均能扩增出清晰条带!其中
#$
对引物具有多态性!在
!!
份甘草
属植物材料中共获得等位基因
$1
个!平均每对引物检测到
%+1%
个等位基因位点!扩增产物多态性比率为
1+&&C
!能很好地表征甘草属种间的等位基因差异"
%
#引物
AB.3
&
种甘草属植物均能扩增出特异性条
带!黄甘草在
#"

!!"G
H
!
个位点分别与光果甘草(胀果甘草基因共享!具有杂交种特征"
&
#聚类分析表明!当
相似性系数为
"+!
时!
!
份材料被划分为四组"与经典分类结果一致#!第一组为内蒙古杭锦旗分布的乌拉尔甘
草&第二组为新疆巴楚分布的光果甘草(黄甘草&第三组为新疆石河子分布的胀果甘草(黄甘草&第四组为新疆石河
子分布的乌拉尔甘草&不同居群的黄甘草遗传分化较大!可能与同域分布亲本种的差异及种间的渐渗杂交有关
研究表明!开发的
#$

2>?)>>@
引物在甘草属内具有很好的适用性!可以为该属的种间亲缘关系和种内遗传分
化研究及物种鉴定提供分子依据
关键词$甘草属&
2>?
&
>>@
&亲缘关系
中图分类号$
I,1
文献标志码$
E
*+,+-"
.
/+01"2%&(&&)34#/+4560!7+0+1#8
)+-61#"059#
.
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2
"
2
((3-4$>?&
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+8#+5
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H
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D9.04
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D9.04
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S
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H
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H
5.T.84V.70/T7B45&"B40=73/<5<8V<=2>?)
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H
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H
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H
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37B
H
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H
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B.3H
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H
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H
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H
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S
3
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H
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H
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H
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豆科"
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:3.07/4<
#甘草属"
!"
#
$
#
%%&()J+
#
植物全世界约
!"
种!主要产地在中亚(北美及东欧!
尤以中亚及地中海沿岸为分布中心中国甘草属植
物集中分布于东北(华北和西北各省区!而以新疆(
内蒙古(宁夏和甘肃为中心产区)#)!*甘草属植物为
重要的野生药用植物资源!种内(种间遗传变异复
杂!属下种的亲缘关系和分类鉴定一直存在争
议)%)&*!给甘草属植物资源的研究带来混乱
Q4)
S
4/9.
等曾对甘草属一些中间类型植物叶中的黄酮
成分进行分析!发现与原种有差异!提取
\RE

AD@
扩增及测序结果提示!中间物可能起源于不同
母系株)$*目前!有关甘草属植物分类学和遗传多
样性研究主要集中在系统学)**(细胞学),*(等位酶)*
等方面!应用分子标记方法有关于
@EA(
E]JA

标记的报道)1)#"*!在甘草属的种间亲缘关系及系统
演化研究方面取得了一定进展但由于甘草属植物
种间的自然杂交现象)##)#%*!自然杂交种的存在使属
内一些种的种间界限模糊!种的分类地位仍有待商
榷)%!*植物
>>@
标记多态性丰富(稳定性突出!是
进行属(种等分类单元研究的重要分子标记!并能通
过共显性的标记进行亲本分析)#&*!
2>?)>>@
标记
具有开发效率高(成本低的特点!是
>>@
标记的重
要来源!因其来自基因编码区!更易获得基因表达的
信息!因而能够反映出功能遗传多样性!与某些生理
生化特征和形态特征相关联)#&*目前已经应用在
鹅掌楸)#&*(苹果)#$*(葡萄)#**等物种的遗传多样性分
析(遗传图谱构建(亲本分析和系统演化研究等领
域尽管国内已有关于甘草属的乌拉尔甘草的
2>@
资源的
>>@
信息分析)#,*!但将
2>?)>>@
用于
属内不同种的
>>@
遗传多样性分析!解决甘草属内
的系统分类难题尚未见报道
本实验以来自甘草属
&
个种的
!!
份材料为试
样!通过对乌拉尔甘草
2>?
数据库中的
>>@
分布
进行查找和信息分析!发掘
>>@
位点!开发和筛选
适合于甘草属遗传多样性和亲本分析的
2>?)>>@
引物&同时对
!!
份材料的
2>?)>>@
指纹图谱特征
和聚类结果进行种间的亲缘关系(遗传多样性初步
分析!为甘草属内种间关系及疑似杂交种的分类地
位研究提供分子依据
#
!
材料和方法
C+C
!

!

供试材料为
!!
份分别来自石河子大学甘草资
源圃引种和石河子郊区野生的甘草材料"表
#
#!每
株采其幼嫩叶片!使用变色硅胶室温干燥后!置于
&
^
冰箱保存备用

C
!
实验材料及其原产地
?4G5<#
!
26
H
O
.0
编号
D7=<
种名
>
H
<8.原产地
XB.
O
.0
#
"
&
乌拉尔甘草
!/+%)",-..]./89+
内蒙古杭锦旗
Q40
O-
.0
OZ
.
!
R<.3<0
OO
:
$
"

乌拉尔甘草
!/+%)",-..]./89+
新疆石河子
>9.9<;.
!
L.0
-
.40
O
1
"
#!
光果甘草
!/
3
")4%)J+
新疆巴楚
[489:
!
L.0
-
.40
O
#%
"
#*
胀果甘草
!/-
1
")2)[4V+
新疆石河子
>9.9<;.
!
L.0
-
.40
O
#,
"
#1
黄甘草
!/,+%
#
$)%
0
)A+D+J.+
新疆巴楚
[489:
!
L.0
-
.40
O
!"
"
!!
黄甘草
!/,+%
#
$)%
0
)A+D+J.+
新疆石河子
>9.9<;.
!
L.0
-
.40
O
#&
%

!!!!!!!!!!!
李晓岚!等$
&
种甘草属植物
2>?)>>@
引物开发及其亲缘关系分析
C+D
!

!

C?D?C
!

*E:
提取及检测
!
采用改良后的
D?E[
法提取总
\RE
)
#
*
!使用
?98.<0V.T.8R407)
\B7
H
!""">
H
<8VB7
H
97V73测定
\RE
浓度后!
最终用
"+#?2
稀释至
!$0
O
%
#
J
后低温"
(!"^
#
保存备用
C?D?D
!
序列搜索及
&&)
位点查找
!
登陆美国
RD)
[K
"
R4V.7045D<0VOS
K0T7B34V.70
!
美国国家生物技术信息中心#数据库!以
!"
#
$
#
%*
%&()
为关键词搜索
2>?
序列!得到
$$1&!
乌拉尔
甘草
2>?
!从中下载了
&*""
条乌拉尔甘草
2>?

列为进一步利用乌拉尔甘草
2>?
建立
>>@

记!剔除长度过短的序列"小于
#$"G
H
#和低质量的
序列后!对余下的
&&#
条序列利用
>>@K?
在线软件
"
9VV
H
$%%
4B89.U<+
O
B43<0<+7B
O
%
=G
%
34B_%
//B)
V775
#查找
>>@
!参数设定最大重复基元碱基数为
=<843!最小重复次数为
$

C?D?F
!
%&(&&)
引物设计
!
利用
AB.3在线
"
9VV
H
$%%
YYY+/.3
O
<0<+873
%
AB.3#引物设计软
件设计
AD@
引物!共设计了
&"

2>?)>>@
引物
引物设计原则$引物长度为
#
"
!&G
H
!最适为
!"
G
H
&
?
3
值为
$"^
"
*"^
!上下游引物的
?
3
值相
差不大于
$ ^
&
FD
含量为
&"C
"
*"C
!最适为
$"C
&
AD@
扩增产物大小为
#""
"
%""G
H
&
>>@
位点
的开始和结束位置距离
$`

%`
端均不少于
%"G
H
&
引物采用位于
>>@
上游和下游各
#$"
个碱基范围
内的序列&避免引物二级结构以及
*
个连续碱基配
对的出现设计完成后!送往生工生物工程"上海#
股份有限公司合成
C?D?$
!
&&)(3G)
扩增及检测
!
2>?)>>@AD@

应在
2
HH
<0=7BTa4/VS
85仪上进
行分析所使用的
AD@
反应总体积为
!"+"
#
J
!其
中包括
!b5)
6
AD@a4/V"购自天根生化科
技"北京#有限公司#
"
#
J
!正反向引物"
#"
#
375
%
J
#

"+
#
J
!模板
\RE
"
!$0
O
%
#
J
#
#+"
#
J
针对不
同引物设置了不同的退火温度!最后确定
AD@
最适
反应程序如下$
1&^
预变性
&3.0
!
1&^
变性
%"/
!
$$^
退火
%"/
!
,!^
延伸
&$/
!
%$
个循环!
,!^


#"3.0
!
&^
保存
C+D+H
!
琼脂糖凝胶电泳检测及引物筛选
!
由于
!C
琼脂糖凝胶与
*C
聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结
果基本一致!并且琼脂糖凝胶电泳较聚丙烯酰胺凝
胶电泳检测方便快速)#1)!"*!故本实验采用
$C
的琼
脂糖凝胶电泳进行电泳检测!
a4B_
!"G
H
J4=)
="购自广州东盛生物科技有限公司#电泳结束
后!在紫外检测仪上观察!在凝胶成像系统中照相并
保存图像
C+D+I
!
数据处理
!
采用人工读带的方法!将电泳图
上可重复的(清晰的条带按照微卫星基因片段大小
和位点进行统计!同一位点出现的为+
#
,!同一位
置无条带或不易分辨的弱带计为+
"
,!建立原始数
据矩阵输入
R?>c>%+"
!计算样品间的简单遗传相
似系数!按非加权算数平均数聚类"
MAFaE
#方法
构建
>>@
聚类图
!
!
结果与分析
D?C
!
乌拉尔甘草
%&(&&)
序列总体特征

&*""
条乌拉尔甘草
2>?
序列中搜索到
&&*
条含
>>@

2>?
!占搜索序列的
1+,"C
!去除小于
#$"G
H
长度的序列后有
&&#
条达到筛选条件!共查
找到
$"&

>>@

!
显示!在所有可用的
2>?)
>>@
中!共有
*%
类重复基元!二至六核苷酸重复基
元均存在!其中以二核苷酸为重复基元"
#"
种#出现
的频率最高!占
*&+,$C
"
%$"
条#!三核苷酸重复基
元"
%,
种#占
!*+1C
"
#%*
条#(四核苷酸重复基元
"
#!
种#占
!+,C
"
#&
条#五核苷酸重复基元"
!
种#占
"+&"C
"
!
条#(六核苷酸重复基元"
!
种#占
"+&"C
"
!
条#二核苷酸重复基元类型中以
?D
%
E?
形式的微
卫星最为丰富!分别占
#+!1C

#+""C
!其次为
?E
%
EF
!分别占
#,+&%C

#%+,#C

D+D
!
引物筛选结果
利用引物设计软件共设计了
&"

2>?)>>@

物!以
&

!!
份甘草属植物
\RE
为模板对引物进
行筛选!
&"

2>?)>>@
引物均能扩增出清晰条带!
有效扩增率为
#""C
!其中
#$
对引物能扩增出多态

D
!
乌拉尔甘草
%&
序列中不同长度
重复单元微卫星所占百分比
?4G5!
?9<
H
B7
H
7BV.70/7T3.8B7/4V<5.V7T=.TTH
<4V37V.T5<0
O
V9/.0V9<2>?
/<
Z
:<08重复类型
@<
H
<4VV
SH
<
重复种类
@<
H
<4V
37V.TV
SH
<
数量
R:3G百分比
AB7
H
7BV.70
%
C
二核苷酸
\.0:85<7V.=< #" %$" *&+,$
三核苷酸
?B.0:85<7V.=< %, #%* !*+1
四核苷酸
?五核苷酸
A<0V40:85<7V.=< ! ! "+&"
六核苷酸
Q<640:85<7V.=< ! ! "+&"
全部
>>@?7V45>>@ *% $"& #"+1*
全部
2>??7V452>? &*""
!&
西
!

!

!

!

!

!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
%$

性条带!多态性引物扩增率为
%,+$C
!多态性引物
序列信息见表
%

D?F
!
%&(&&)
扩增产物多态性分析
#$
对引物对
!!
份甘草属植物基因组
\RE

行扩增共得到等位基因
$1
个!等位位点数的变化从
#

#"
不等!平均每对引物检测到
%+1%
个等位基
因位点!各引物扩增带的多态性比率分布在
$"C
"
#""C
"表
%
#!平均扩增产物多态性比率为
1+&&C


#
为引物
AB.3
&
种甘草属植物
!!

材料的扩增结果!该图显示
&
种甘草属植物都有其
特异的扩增条带!且不同居群的乌拉尔甘草具有不
同特异性带!不同居群的黄甘草亦具有不同扩增条
带&新疆巴楚分布的黄甘草与同域分布的光果甘草

#"G
H
左右处有共有带!而新疆石河子分布的黄
甘草与同域分布的胀果甘草在
!!"G
H
处有共有带!
说明黄甘草在
#"

!!"G
H
这两个位点分别与光
果甘草(胀果甘草基因共享
D+$
!
聚类结果分析

R<.
方法计算得到的相似系数矩阵!经非加
权算数平均聚类"
MAFaE
#方法建立甘草属植物
>>@
聚类图由聚类图可知"图
!
#!当相似性系数

"+!
时!
!!
份材料被划分为
&
组$-
#
"
&
.!-
1
!
##
!
#!
!
#,
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#
!
#1
.!-
#"
!
#%
!
#&
!
#$
!
#*
!
"
!
#
!
!
.!-
$
"

.第一组为内蒙古杭锦旗分布的乌拉尔甘草&
第二组为新疆巴楚分布的光果甘草和黄甘草&第三
组为新疆石河子分布的胀果甘草(黄甘草&第四组为
新疆石河子分布的乌拉尔甘草同一物种同一居群
的不同个体聚为一组!不同物种分支!说明了基于
>>@
标记的
&
种甘草属植物遗传分化结果与经典
分类是一致的!所开发的
>>@
引物和建立的
>>@
标记体系是可信的不同居群的黄甘草被分为
!
组!其种内的遗传距离大于与其同域分布的其他种
的遗传距离!这说明不同居群的黄甘草存在较大遗
传差异!其遗传分化模式值得探讨

F
!
CH
对甘草属
%&(&&)
引物信息
?4G5<%
!
K0T7B34V.707T#$2>?)>>@
H
B.3#
$
#
%%&()
引物名称
AB.3重复单元
@<
H
<4V37V.T
预计扩增产物
片段大小
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H
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以三核苷酸和二核苷酸重复基元为
主要类型!多数单子叶植物和双子叶植物以三核苷
酸重复基元为主但本研究发现乌拉尔甘草
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以二核苷酸重复基元数目最多!占
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核苷酸占
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蓿)!$*等植物
2>?)>>@
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可能与本研究设定的
>>@
查找参数重复序列长度
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有关!因为较低的重复序列长度会增加某
一类型核苷酸重复基元的数量!进而影响出现频率
最多的重复核苷酸的结果)#,*本研究还发现乌拉
尔甘草
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中核苷酸碱基重复类型有
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种!
其中二核苷酸碱基重复类型有
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并对
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引物比例低!但是

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引物扩增出的产物多态性率为
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异基于等位基因差异建立的
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遗传分化聚类
图也能较好地区分甘草属的
&
个不同物种!说明筛
选出的这
#$

2>?)>>@
引物在甘草属内具有很好
的适用性!可以为该属的种间亲缘关系和种内遗传
分化研究及物种鉴定提供分子依据
黄甘草一直是甘草属植物有争议的种!张鹏
云)!,*认为黄甘草是胀果甘草与乌拉尔甘草的天然
杂交种在自然环境中!黄甘草与光果甘草(胀果甘
草(乌拉尔甘草的形态性状有过渡和重叠现象!分布
区也有交叉重叠)1*在叶表皮形态),*(核型(等位
酶(杂交试验分析中!黄甘草为较进化类型!亦具有
丰富的遗传多样性)*!与胀果甘草(乌拉尔甘草杂交
亲和指数高)#%*!
>>@
指纹图谱显示新疆巴楚黄甘草
与同域分布的光果甘草在
#"G
H
左右处有共有带!
而新疆石河子的黄甘草与同域分布的胀果甘草(乌
拉尔甘草在
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H
处有共有带!说明黄甘草在
#"
G
H
(
!!"G
H
的位点分别与光果甘草!胀果甘草和乌
拉尔甘草基因共享!不同居群的黄甘草遗传特性可
能会因同域分布的亲本种不同!而出现不同的
>>@
扩增带!但亲本分析还有待进行多样本的
>>@

记本研究结果显示!黄甘草可能是胀果甘草与乌
拉尔甘草的杂交种!或者胀果甘草与光果甘草的杂
交种
#11
年的/亚洲中部植物0"第

册第
#

册#将黄甘草作为胀果甘草的异名处理)%*本研究
中!
>>@
多态扩增图谱和聚类分析均表明
!
个居群
的黄甘草与胀果甘草遗传差异较大!这与
@EA的
研究结果一致)1*!将其归并胀果甘草是不合理的!这
将会掩盖其特有的遗传背景!失去有价值的性状
>>@
聚类结果显示新疆巴楚分布的黄甘草与同域
分布的光果甘草单独聚为一支!亲缘关系最近&而新
疆石河子分布的黄甘草则与胀果甘草聚为一支!亲
缘关系最近黄甘草这种种内遗传差异大于种间的
现象!表明不同居群的黄甘草遗传背景的差异!极有
可能是由于与同域分布的亲本种反复渐渗回交而导
致的基因向某一亲本融合造成的!有的可能趋向于
母本!有的则表现为父本倾向!其渐渗杂交的机制有
待进一步研究
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