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Isolation and Expression of APETALA2 Transcription Factor Gene in Betula platyphylla

白桦APETALA2(AP2)转录因子基因的分离及其表达



全 文 :林业科学研究 2012,25(2):254 260
ForestResearch
  文章编号:10011498(2012)02025407
白桦 APETALA2(AP2)转录因子基因的
分离及其表达
张 妍,刘 瀛,孙丰宾,戴 超,刘雪梅
(东北林业大学生命科学学院,黑龙江 哈尔滨 150040)
收稿日期:20110726
基金项目:黑龙江省自然科学基金(C201040);中央高校基本科研业务费专项资金资助(DL09CA06)
作者简介:张 妍 (1986—),女,黑龙江哈尔滨人。硕士研究生,主要从事植物发育方面的研究。Email:yanyanloveyoubest@163.com
通讯作者: 刘雪梅(1972—),女,山东郓城人。副教授,博士,主要从事植物发育与分子生物学方面的研究。Email:liuxuemei@nefu.
edu.cn
关键词:白桦;AP2;转录表达;qRTPCR;花发育
中图分类号:S718.46 文献标识码:A
IsolationandExpressionofAPETALA2Transcription
FactorGeneinBetulaplatyphyla
ZHANGYan,LIUYing,SUNFengbin,DAIChao,LIUXuemei
(ColegeofLifeScience,NortheastForestryUniversity,Harbin 150040,Heilongjiang,China)
Abstract:AP2geneisakeytranscriptionfactorinvolvedinflowerdevelopmentinplants.ThefulcDNAofAP2
genewasisolatedfromBetulaplatyphylaSuk.bymethodsofreversetranscriptionpolymerasechainreaction(RT
PCR)and5’and3’rapidamplificationofcDNAends(RACE).ResultsshowedthatAP2genecontainsanopen
readingframe(ORF)of1554bpencoding517aminoacids.MolecularweightofthededucedproteinofBpAP2is
56.74kDaandthetheoreticalisoelectricpointis6.34.TheAP2functionalsitesandcharacterizeddomainswere
confirmedinthesequence,sotheisolatedgenewasnamedasBpAP2,andregisteredinGenBankwithaccession
numberJN247408.Thededucedaminoacidsequenceshared51% 77% ofidentitywithothertwelveplantspe
cies,themaximumidentitywithArabidopsisthaliana(77%)andminimumidentitywithPinusthunbergi(51%).
Aphylogenetictreewasconstructedaccordingtomultiplesequencesalignmentofalthethirteenplantspecies.
TranscriptionexpressionofBpAP2wasanalyzedbyqRTPCRindiferenttissuesandperiodsinB.platyphyla.Re
sultsshowedthatBpAP2wasmorehighlyexpressedinfloralorgansthaninvegetativeorgans,expressionquantity
morehighlyinyoungtissuesthaninmaturetissues.ItinferedthatBpAP2transfactorinvolvedintheregulationof
developmentoffloralorgansandmeristematictissuesinBetula.Inaddition,anaturalmaleinflorescenceabnormal
mutantofB.platyphylawasusedfortranscriptionanalysisofBpAP2.ResultsshowedthatBpAP2geneisexpressed
upregulatedlyinfemaleinflorescences,whiledownregulationinmaleinflorescences,youngleavesandyoung
shoots,whichpredictedthatBpAP2shouldbeinvolvedinregulationandexpressionofmultiplegenes,andnotonly
beinvolvedinthedevelopmentoffloralorgans,butalsoplaysomerolesinthedevelopmentofvegetativetissues.
Keywords:Betulaplatyphyla;AP2;transcriptionexpression;qRTPCR;flowerdevelopment
第2期 张 妍等:白桦APETALA2(AP2)转录因子基因的分离及其表达
白桦(BetulaplatyphylaSuk.)是我国常见阔叶
树种,用途广泛。其花单性,雌雄花均为不完全花,
只有两轮花器官,雌雄同株,其雌雄花发育特殊,同
年生雌雄花异熟,花期不遇,且雄花发育存在越冬宿
存现象[1]。这些不同于模式植物两性花的特征,预
示着单性花发育的特殊性,具有重要的研究价值。
虽然在白桦雌雄花发育的细胞学研究和分子机理研
究方面已有少数报道[2-4],但还缺乏深入系统的研
究。对于该物种花器官发育的重要基因的挖掘及其
功能研究具有重要意义。
AP2基因作为成花器官的A类基因参与花分生
组织特性建立、花器官特性的特化以及调控。AP2
基因编码 AP2/EREBP转录因子家族,此类转录因
子家族成员的主要特征是都含有至少一个 AP2结
合域,由60 70个左右的氨基酸组成,且高度保
守,起到识别 DNA并与之结合的作用[5]。早在
1994年,JofukuK.Diane研究小组首先发现 AP2除
了在整个拟南芥(Arabidopsisthaliana(L.)Heynh.)
的花发育过程中所有4轮花组织和器官中有所表达
外,同时在非花组织———茎和营养叶部位表达[6],
而另一物种矮牵牛PhAp2A基因是拟南芥 AP2基因
的同源进化产物,MaesTamara等发现,PhAp2A在
花序分生组织和花蕾的初期阶段已开始表达,在花
瓣的发育整个过程和幼嫩的心皮中都有较强的表
达[7]。因此,了解AP2基因的功能对于研究花发育
的机理非常重要。
本研究以白桦作为研究对象,分离了白桦
BpAP2基因的全长cDNA,并分析了它在不同组织和
发育阶段的转录表达水平,并检测了该基因在白桦
雄花序突变体中各组织的表达情况,初步推测其功
能,为以后系统深入研究 BpAP2基因的生物学功能
提供帮助和基础。
1 材料与方法
1.1 实验材料
2010年采自东北林业大学实验林场20年生白
桦,由于白桦生殖发育周期比较长,并根据其雌雄花
的细胞学发育特征为依据[1],因此雌花序于5月28
日至7月15日,每12天取材1次;雄花序于7月15
日至9月1日,每8 11天取材1次。各组织如雌
花花柄、幼叶、幼叶柄、成熟叶、成熟叶柄、幼茎、老茎
(老茎用刀片刮取发育的次生木质部)取自7月15
日;另于7月17日取白桦雄花突变体和野生型的雌
花、雄花、幼叶、幼茎组织,经过液氮速冻后放入-80
℃冰箱储存。AP2基因片段选自本研究小组所构建
的抑制消减杂交文库的ESTs[8]。
1.2 总RNA提取及cDNA合成
将叶片用液氮充分研磨后,加入700μL冰浴缓
冲液(1.4mol·L-1NaCl,0.1mol·L-1TrisClpH
值8.0,0.025mol·L-1EDTApH值8.0)冰上放置
10min,4℃,12000r·min-1离心 2min后去上
清,然后采用 CTAB法和 LiCl沉淀法提取总
RNA[9]。其余部位直接采用CTAB法提取总RNA。
各白桦组织的总 RNA经 DNaseI(MBI公司)消
化除去DNA,并用 RNA清洁纯化试剂盒(北京盖宁
金诺生物技术有限责任公司)纯化回收,0.8%琼脂
糖凝胶电泳检测,紫外分光光度计检测其纯度及
浓度。
以5μgRNA为初始材料,反转录体系:5μg
RNA,4.3μLOligo(dT)(20μmol·L-1),ddH2O
补足12.5μL,65℃,5min,再加入4μL5×Bufer,
0.5μLRibonucleaseInhibitor,2μLdNTP,3μL反转
录酶,42℃,2h,70℃,10min终止反应。进行 cD
NA链的合成。
1.3 白桦 AP2基因 5’和 3’末端 cDNA的扩增
(RACE)
取2010年5月28日的雌花做模板,AP2基因
5’端的扩增序列按5’FulRACEKit(TaKaRa)说明
书进行操作,其5’RACE的特异引物 GSP1和 GSP2
如表1所示。
3’RACE的反转录体系为:总RNA4.5μL,Oli
go(dT)(10μmol·L-1)1.5μL,70℃ 10min,冰浴
15min,加入 dNTP(10mmol·L-1)2.5μL,RT
Bufer(5×)5μL,RTace1μL,DEPCH2O10.5μL,
42℃恒温反应1h,反转录产物-20℃保存备用。
设计3’RACE的特异引物 GSP1和 GSP2,引物
序列如表 1。3’RACEOuterPCR反应体系:模板
cDNA1μL,Bufer2.5μL,Mg2+ 2μL,dNTP(10
mmol· -1)0.5μL,Taq酶0.125μL,3’RACEOuter
Primer1.25μL,3’RACEGSP11.25μL,去离子水
补足总体积25μL。3’RACEOuterPCR反应条件:
94℃3min,94℃30s,61℃30s,72℃,1min30
s,共20个循环,72℃延伸,10min。3’RACEInner
PCR反应体系与 3’RACEOuterPCR反应体系一
样,两引物分别为3’RACEInnerPrimer和3’RACE
GSP2。3’RACEInnerPCR反应条件:94℃ 3min,
552
林 业 科 学 研 究 第25卷
94℃ 30s,57℃30s,72℃,1min30s,共30个
循环,72℃延伸,10min。
分别将5’和3’RACEInnerPCR产物进行琼脂
糖凝胶电泳,回收后连接到 pMD18T载体上,并转
化DH5α感受态细胞,由北京六合华大基因科技股
份有限公司测序。
表1 5’RACE和3’RACE克隆引物序列
引物名称 引物序列(5’→3’)
5’RACEOuterPrimer CATGGCTACATGCTGACAGCCTA
5’RACEInnerPrimer CGCGGATCCACAGCCTACTGATGATCAGTCGATG
5’RACEGSP1 AACTCTTCCTTGGTTAGATTGCTC
5’RACEGSP2 CTGTTTCAAGTCTTCCTCATAGTC
3’RACEOuterPrimer AGGATCCGCGGACTAGTGTTTTTTTTTTT
3’RACEInnerPrimer AGGATCCGCGGACTAGTG
3’RACEGSP1 GGTGGGAGTCTCACATATGGG
3’RACEGSP2 AAGCAAGTTTATCCTGGGTGG
1.4 白桦AP2基因全长cDNA的获得与序列分析
将测序结果利用 NCBI网站中的 BLASTn程序
进行比对,同时通过 DNAStar软件将以上 cDNA片
段进行拼接获得cDNA全长序列。以其两端序列设
计特异引物扩增全长,并测序鉴定。用 BLASTx程
序进行序列同源性搜索,并用 DNAMAN和 MEGA
4.0软件进行多序列比对并构建其系统进化树。用
ProtParam软件计算推导的蛋白质分子量、理论等
电点。
1.5 半定量RTPCR
以白桦肌动蛋白 Actin基因作为内参基因[10],
根据已有的获得的白桦 AP2基因序列,利用 Primer
5.0设计特异引物,由北京华大生物公司合成,引物
序列如表2。
表2 Actin和AP2引物序列
项目 引物
Actin Up:CATCTCTGATCGGAATGGAAG
Down:AGATCCTTTCTGATATCCACG
AP2 Up:GCAAGTTTATCCTGGGTGG
Down:TGAAATTGATGTCTGCCTCC
将白桦各组织的反转录产物稀释 20倍作为
PCR模板,PCR反应体系:2μLcDNA,1.5μL正向
引物(10μmol·L-1),1.5μL反向引物(10μmol
·L-1),0.5μLdNTP(10mmol·L-1),2.5μL
10×Bufer,2μLMgCl2,0.15μLTaq酶(5U·μL
-1),用ddH2O补足25μL总体积。反应条件:95
℃ 5min,94℃30s,58℃30s,72℃,30s,共30
个循环,72℃延伸,10min。2%琼脂糖凝胶电泳检
测,使用 GENE全自动凝胶成像分析仪(SYN
GENE)照相。
1.6 qRTPCR
以白桦肌动蛋白Actin基因作为内参基因,采用
SYBRGreenRealtimePCRMasterMix荧光染料(东
洋坊)进行 RealtimePCR反应,体系如下:cDNA2
μL,MasterMix10μL,正向引物 (10μmol·L-1)
1μL,反向引物(10μmol·L-1)1μL,用ddH2O补
足总体积至 20μL。PCR反应在荧光定量 PCR仪
OpticonMonitorⅡ上(MJResearchDNAEngineOPTI
CON RealTimeSystems)完成,程序为95℃预变性
1min30s,95℃变性30s,58℃退火30s,72℃延
伸30s,79℃1s,读板。40次循环。依文献[11]进
行数据处理。
2 结果与分析
2.1 白桦AP2基因全长cDNA的克隆及序列分析
通过DNAStar软件进行拼接获得cDNA全长序
列,以其编码区两端序列设计特异引物扩增全长,并
测序鉴定(图1)。白桦AP2基因全长cDNA序列为
2154bp,5’非翻译区为432bp,3’非翻译区为168
bp,开放阅读框为1554bp,编码517个氨基酸,命
名为 BpAP2,并 在 GenBank注 册,登 录 号 为
JN247408。预测编码蛋白的分子量为56.74kDa,理
论等电点为6.34,此蛋白为一酸性蛋白。
M:MarkerDL2000,1:5’RACE扩增结果,2:3’RACE
扩增结果,3:ORF扩增结果
图1 白桦BpAP2cDNA全长扩增
筛选出其它 12种植物 AP2基因的序列,用
DNAMAN和 MEGA4.0进行比较分析,发现白桦与
拟南芥、蓖麻、毛果杨、节节麦、烟草的相似性高达
652
第2期 张 妍等:白桦APETALA2(AP2)转录因子基因的分离及其表达
70%以上,与葡萄、柑桔枳、苹果、矮牵牛、甘蓝型油
菜的亲缘关系相似性在62%以上,与豌豆和黑松的
相似性较低,分别为58%和51%。
将白桦 BpAP2基因预测的氨基酸序列与其它
12种植物AP2基因的氨基酸序列比较并构建进化
树(图2),发现毛果杨与蓖麻聚为一类,在进化上显
示亲缘关系最近,并与白桦、葡萄、苹果、矮牵牛、柑
桔枳、豌豆聚为一类,这为推测 BpAP2的功能提供
一定的线索;拟南芥与甘蓝型油菜聚为一类,然后再
同以上类群聚合在一起,最后与黑松、烟草、节节麦
聚在一起归于一类。其中节节麦在聚类中显示其进
化属较远分枝。
NP_195410.1:拟南芥(Arabidopsisthaliana(L.)Heynh.),ADU04499:甘蓝型油菜(BrasicanapusL.),ACG63707.1:柑桔枳(Citrus
trifoliateL.),ADE41133.1:苹果(Malus×domestica),AAD39439.1:矮牵牛(Petunia×hybrida),AAK14326.1:豌豆
(PisumsatiumLinn.),BAD16603.1:黑松(PinusthunbergiParl.),XP_002310715.1:毛果杨(Populustrichocarpa
Tor.etGroy),ACO52508.1:葡萄(VitisviniferaL.),ABY53104:节节麦(AegilopstauschiCoss.),
ACY30435:烟草(NicotianatabacumL.),XP_002534399.1:蓖麻(RicinuscommunisL.)。
图2 不同物种AP2基因的系统进化关系
2.2 白桦BpAP2基因的转录表达特征
以白桦肌动蛋白Actin基因作为内参基因,利用
半定量及 qRTPCR方法对 BpAP2基因进行雌雄花
不同发育阶段的转录表达分析。结果表明,BpAP2
基因在白桦各个发育阶段中均有表达(图3.AC),
但表达量有差异(图3.B,C)。6月初至7月中旬是
雌花序胚胎发育的重要阶段,BpAP2在胚胎发育早
期的表达量较高,并逐渐增强,6月末其表达量达到
最高,但在胚胎发育后期表达量明显降低(图4)。7
月至9月是雄花序发育的重要阶段,在最初的减数
分裂时期(7月15日—8月14日)表达量较高,并呈
较小的降低趋势,然而在减数分裂完成后,单核小孢
子发育时期(8月23日—9月1日)表达量较低,但
在9月初其表达量却出乎意料地上升(图5)。可以
看出,BpAP2基因可能参与雌雄花各阶段的发育。
A:雌花序,5月28日至7月15日,每12天取1次样;B:雄花序,7月15日至9月1日,每8 11天取1次样;C:7月15日的雌花
序(FI)、雄花序(MI)、雌花花柄(FFH)、幼叶(YL)、幼叶柄(YP)、成熟叶片(ML)、成熟叶柄(MP)、幼茎(YS)、成熟茎(MS)
图3 白桦不同时期不同组织AP2mRNA水平的表达分析
752
林 业 科 学 研 究 第25卷
图4 白桦BpAP2基因在雌花序发育中的表达
图5 白桦BpAP2基因在雄花序中的表达
  另外,检测了BpAP2基因在不同组织中的表达
量差异。结果显示,不同组织中 BpAP2的表达量有
明显差异。在雌雄花的表达量较高,且在雄花序中
表达量最高,而在其它多数营养组织中表达较低(图
3,图6)。另外,在幼嫩组织中有较强表达,如幼叶
和幼茎高于成熟叶片和茎。但在叶柄中,却是成熟
叶柄高于幼嫩叶柄(图6)。这些结果表明:BpAP2
基因在各组织中均有不同程度的表达,推测该基因
参与各组织的发育,但其表达机制及调控发育的模
式在不同组织中有所差异。
7月15日的雌花序(FI)、雄花序(MI)、雌花花柄(FFH)、幼叶(YL)、
幼叶柄(YP)、幼茎(YS)、成熟叶(ML)、成熟叶柄(MP)、成熟茎(MS)
图6 白桦不同组织BpAP2的转录表达特征
为了初步研究 BpAP2基因的功能,利用 qRT
PCR技术对野生型(WT)白桦和雄花序突变体(M)
进行该基因的表达比较(图7),该基因在突变植株
的雄花序、幼叶和幼茎中均为下调表达,在雌花序中
明显上调表达,而且在雌雄花序中的表达量和变化
幅度较大,说明BpAP2基因在雌雄花发育中具有重
要作用,但同时,它在突变体营养器官中表达受到抑
制,可能影响了其转录调控作用。
7月17日的雄花(MI)、雌花(FI)、幼叶(YL)、幼茎(YS)
图7 白桦BpAP2基因在野生型和突变型中的转录水平分析
3 讨论
AP2基因作为花器官的A类基因,是植物花发
育中一类重要的参与因子,参与植物生长、发育和
多种生理生化反应的信号转导[12-13]。本研究发现
白桦的BpAP2基因在花器官中的表达比其它组织
较高(图6),且发育初期高于后期,推测BpAP2基因
在花器官发育中起重要作用。但该基因在各营养组
织中有较大的表达差异,说明 BpAP2不是花器官特
异表达的基因,也参与营养器官的发育。在其它植
物中,AP2基因也有类似情况。周盛梅等[14]分离了
苹果的MAP2A基因,发现 MAP2A在苹果的多种组
织中表达,例如花芽、萼片、花瓣、雌雄蕊、子房和叶
片,但在幼果中检测不到 MAP2A基因的表达,说明
MAP2A基因不仅调节花器官的发育,也参与营养组
织的调控。王晨等[15]从葡萄中分离出 VvAP2基
因,试验证明VvAP2在花序和花中的表达明显高于
叶和茎,说明VvAP2对葡萄的营养与生殖器官的发
育具有不同的作用。
另外,白桦BpAP2基因在幼嫩组织(叶片和茎)
中的表达要高于成熟组织(叶片和茎)(图6),估计
该基因在分生组织发育中具有重要作用。MaesTa
mara等[7]发现矮牵牛中的 PhAp2A在幼嫩器官原基
中的表达均一,信号较强;随着器官成熟,在苞叶、萼
片、花瓣、子房壁等器官外层中的表达强度逐渐降
852
第2期 张 妍等:白桦APETALA2(AP2)转录因子基因的分离及其表达
低,直到消失。值得注意的是,BpAP2基因在幼嫩组
织中,叶柄中的表达量均低于叶片和茎,但成熟组织
中却均高于叶片和茎(图6),暗示着叶柄作为叶片
和茎的疏导通路,对该基因在这两种组织中的表达
起着一定的调节功能。
突变体是研究基因功能的理想材料,已找到天
然的白桦雄花序发育突变体,该突变体的雄花序明
显异常,表现为着生部位不同,发育迟缓,形态长且
细,花药初期为绿色,花药及雄配子体发育晚,小孢
子发育异常,在越冬后败育,不能散粉[16]。分析了
BpAP2基因在该突变体与野生型不同组织中转录水
平的表达量,其结果预示 BpAP2基因在雌花发育中
起着重要作用,在突变体的雄花、幼叶及幼茎中表达
受到抑制。2004年ShigyoMikao[17]从裸子植物黑松
中分离出 AP2的同系物 PtAP2L1和 PtAP2L2,发现
它们在花器官发育中起重要作用,PtAP2L1在雌球
花的整个发育阶段都有表达且表达强度高于雄球花
和营养叶片,而PtAP2L2在雌雄球花中均有表达,在
叶片中也有微量表达。植物 AP2转录因子的这种
多重功能在拟南芥中也有报道,拟南芥的 AP2基因
与胚、胚乳、种皮[18]和雌蕊[6,19]发育有关,并使雄蕊
数目减少[6]及萼片转化叶结构[20]。
除模式植物拟南芥外,研究者们在其它物种中
对AP2基因也进行了一些研究。JingZhuang等[12]
从玉米中分离得到AP2like基因,并在玉米的18种
组织中检测AP2基因的表达,其中颖组织的表达水
平最高,而糊粉层中并没有 AP2基因的表达。Os
AP2LP基因在水稻中优先在根、穗、成熟胚中表达,
但在胚胎发育和幼穗中起重要的作用[21]。OsAP21
基因在花和根中有高表达,在芽和叶中有微弱表达,
其转录物在成熟的花粉中也有出现[22]。
需要指出的是,由于白桦雌雄花的结构特征限
制,选择雌雄花序进行BpAP2基因的qRTPCR表达
分析,尽管反映了在花序中的真实表达,但其中的花
序苞片会多少影响BpAP2基因在花器官(雌蕊和心
皮)中的真实表达,因此,后续研究有必要进行花器
官不同组织的定位表达和更为精准的转基因功能
研究。
由于AP2转录因子可通过不同方式与多类基
因形成一定的相互作用,比如AP2与 AP1是协同叠
加作用[23]、AP2与 LFY是相互正调作用、AP2与
TFL是相互负调作用[24-25]、AP2与 AG是拮抗作
用[20,26]等,这些都在花发育过程中组成了复杂的调
控网络,影响着花发育的各个环节[19]。因此,在研
究AP2在花发育中的作用时,应该同时关注这些基
因的表达及所控制的表型变化。
更为重要的是,作为植物花发育的一个关键基
因,AP2基因的生物学功能还有待于更系统深入的
研究,今后不仅仅在两性花植物中开展,如果选择单
性花植物或不完全花树种进行研究,将会更全面地
揭示该基因的功能及调节机制,这将是我们今后关
注和探索的重点。
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