全 文 ：园 艺 学 报 ， （增刊）： 2011 38 2519 http: // www. ahs. ac. cn
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收稿日期：2011–08–01
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利用高通量测序发现草莓中保守的和新的micro-
RNAs
葛安静1,*，张 希1，董清华1，宋长年2
（1北京农学院植物科学技术学院，北京 102206；2南京农业大学园艺学院，南京 210095）
MicroRNAs（miRNAs）是近年来新发现的一类非编码蛋白的 18 ~ 25 nt单链小分子 RNA，它通
过介导靶基因的裂解或抑制靶基因的翻译从而在调控植物生长发育、激素信号及环境胁迫等方面起
重要作用。为了大规模地发现草莓中的 miRNAs，对草莓果实进行通量测序，以期发现与果实性状
相关的 miRNAs，为认识草莓果实的发育机理奠定一定的工作基础。
植物材料为草莓品种‘甜查理’5个发育时期的果实（小绿果、中绿果、白果、红白果、红果）。
用改良的 CTAB 法提取 RNA，由华大公司进行 Sloexa 深度测序。通过生物信息学分析对所获得的
序列进行 miRNA的预测分析和验证。
利用源于草莓不同发育时期果实的小 RNA文库进行 Sloexa深度测序共得到了 23 282 309条序
列。经分析发现这些序列代表了 5 382 963个独立的序列（unique sequences）。基于 miRNAs相似
性序列和二级结构预测，从测序结果中发现了 164个保守的 miRNAs和 37个新的 miRNAs。通过半
定量 PCR 对 37 个新的 miRNAs 进行了验证，并进一步预测了新的 miRNA 的潜在靶基因。对其进
行功能注释分析发现它们可能编码 SNARE蛋白、PLAC8家族蛋白、RNA结合蛋白、NAC转录因
子等功能蛋白。各类 miRNAs被测序到的比较高的频次表明多数 miRNAs在草莓果实中有很高的表
达量，说明它们参与了草莓果实的生长发育。

关键词：草莓；microRNAs；果实发育；Sloexa深度测序
中图分类号：S 668.4 文献标识码：A 文章编号：0513-353X（2011）S-2519-01