全 文 ：作物学报 ACTA AGRONOMICA SINICA 2014, 40(7): 12131219 http://zwxb.chinacrops.org/
ISSN 0496-3490; CODEN TSHPA9 E-mail: xbzw@chinajournal.net.cn
本研究由高等学校博士学科点专项科研基金新教师类资助课题 (20133515120002), 国家现代农业产业技术体系建设项目
(CARS-19-E06), 农业部东南黄红麻实验观测站(农科教发 2011)和国家自然科学基金项目(31000734)资助。
通讯作者(Corresponding author): 祁建民, E-mail: qijm863@163.com, Tel: 0591-87644898
第一作者联系方式: 张立武, E-mail: lwzhang@fafu.edu.cn, zhang_liwu@hotmail.com, Tel: 0591-86393065; 袁民航, E-mail: 947866907
@qq.com ** 同等贡献(Contributed equally to this work)
Received(收稿日期): 2013-11-08; Accepted(接受日期): 2014-03-04; Published online(网络出版日期): 2014-04-08.
URL: http://www.cnki.net/kcms/detail/11.1809.S.20140408.0854.008.html
DOI: 10.3724/SP.J.1006.2014.01213
GenBank数据库中黄麻 EST-SSR标记的开发及其通用性评价
张立武** 袁民航** 何雄威 刘 星 方平平 林荔辉 陶爱芬
徐建堂 祁建民*
福建农林大学作物科学学院 / 作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室, 福建福州 350002
摘 要: 从 GenBank公共数据库中下载黄麻表达序列标签 838条, 利用 SSRPrimer软件对其进行 SSR位点查找, 利
用 Primer 3.0 软件设计 66 对 SSR引物, 通过琼脂糖凝胶研究这些 SSR引物的 PCR扩增特点, 以检测其多态性。结
果表明, 66对 SSR引物在黄麻属 6个不同类型材料的扩增中, 42 (63.6%)对引物至少在 2个材料之间存在多态性。(AT)n
重复基元和(GC-)n丰富的三核苷酸重复基元多态性较高, 可作为黄麻 SSR标记引物设计的首选。黄麻 EST-SSR标记
开发效率较高, 不仅可以丰富黄麻分子标记的数量, 而且为剖析黄麻重要性状的遗传机制奠定基础, 这对于黄麻的
遗传基础研究具有重要应用价值。
关键词: 黄麻; EST; SSR; 标记开发; 多态性
Development and Universality Evaluation of EST-SSR Markers from GenBank
in Jute
ZHANG Li-Wu**, YUAN Min-Hang**, HE Xiong-Wei, LIU Xing, FANG Ping-Ping, LIN Li-Hui, TAO
Ai-Fen, XU Jian-Tang, and QI Jian-Min*
Key Laboratory for Genetics, Breeding and Multiple Utilization of Crops of Ministry of Education / College of Crop Science, Fujian Agriculture and
Forestry University, Fuzhou 350002, China
Abstract: In this study, a total of 838 jute expressed sequence tags (EST) were derived from GenBank. Using software Primer 3.0,
66 pairs of primers were designed based on the simple sequence repeat (SSR) sites screened by the online program SSRPrimer.
These primers were amplified in six jute accessions of different types to test their polymorphism. The agarose gel electrophoresis
results showed that 42 pairs of primers (63.6%) were polymorphic between at least two accessions and the PCR products were
clear and stable fragment. These polymorphic EST-SSRs contained rich motif (AT)n or (AC-)n, which could be considered as the
dominant motif in jute genome. Therefore, it is effective to develop SSR markers in jute from ESTs deposited in GenBank. The
EST-SSRs developed will not only facilitate genetic research in jute (Corchorus spp.), but also enrich molecular markers of jute
genome, which is the basis for various studies in molecular biology.
Keywords: Jute; EST; SSR; Marker development; Polymorphism
黄麻是椴树科(Tiliaceae)黄麻属(Corchorus)一
年生草本植物, 是重要韧皮纤维作物。在世界上黄
麻产量与种植面积仅次于棉花, 主要在亚洲(印度、
孟加拉国、中国和泰国)和拉丁美洲种植。生产上栽
培的有长果种 (Corchorus olitorius L.)和圆果种
(Corchorus capsularis L.), 染色体数均为 2n=14。黄
麻纤维细软、强力大、吸湿性好、散水快, 可纺性
好, 用途十分广阔 1。开发重复性和稳定性较好的
SSR 分子标记, 对于黄麻遗传多样性研究、重要性
状的遗传基础剖析等方面具有重要意义。
1214 作 物 学 报 第 40卷
然而, 相对于水稻等模式作物, 黄麻分子标记
开发及遗传连锁图谱的构建与其他作物差距很大 ,
目前国内外报道较少 [ 2 - 6 ]。这些研究报道多用
RAPD、AFLP和 ISSR, 少量用 SSR等为分子标记。
如 Nishat 等[5]用抗寒性有差别的 2 个亲本 O-9897
和 Acc.1805, 构建了 F2代作图群体, 用 8 个 ISSR
引物构建了总长度为 87.3 cM的包括 3个连锁群的
长果种黄麻遗传连锁图谱 , 3 个连锁群的大小在
4.8~52.9 cM 之间, 相邻标记平均距离为 8.73 cM,
该图谱远远不能满足基因定位、基因克隆等研究的
要求。Das 等[6]用纤维品质有差别的 2 个亲本 JRO524
和 PPO4, 构建了 F6代 RIL作图群体, 用 36个 SSR
标记构建长果种黄麻遗传连锁图谱 , 但只有6个连
锁群 , 标记密度达 21.8 cM。由于 SSR 标记具有高
效、高共显性等优点 , 尤其是重复性好 , 不同研
究间可互比较 , 是物种的起源与进化、遗传连锁图
谱构建等研究优先考虑的分子标记 [7]。国内外学者
采用 Primer3 等软件已开发了水稻 [8]、大麦 [9]、玉
米 [10]、油菜[11-13]等作物的 SSR标记, 为研究该作物
的遗传多样性、遗传连锁图谱构建、关联分析等打
下了基础。
本研究旨在通过对 GenBank公共数据库黄麻属
EST中 SSR信息进行分析, 发掘 SSR位点并探明其
规律, 探讨 SSR 在不同类型黄麻材料的多态性, 为
黄麻遗传研究提供 SSR信息。
1 材料与方法
1.1 供试材料
用于研究的黄麻属 2 个种 6 个不同类型材料均
来自福建农林大学麻类遗传育种研究室(表 1)。
表 1 供试黄麻种质资源的品种名称及来源
Table 1 Names and origins of tested germplasm in jute
代号
Code
名称
Name
原产地
Origin
类型
Type
1 黄麻 179 Jute 179 中国福建 Fujian, China 栽培圆果种黄麻 Cultivated C. capsularis
2 爱店野黄麻 Aidianyehuangma 中国广西 Guangxi, China 野生圆果种黄麻 Wild C. capsularis
3 琼粤青 Qiongyueqing 中国湖南 Hunan, China 栽培圆果种黄麻 Cultivated C. capsularis
4 甜麻 Tianma 中国云南 Yunnan, China 近缘长果野生种黄麻 Relative Wild C. olitorius
5 宽叶长果 Kuanyechangguo 中国湖南 Hunan, China 栽培长果种黄麻 Cultivated C. olitorius
6 马里野生长果 Mali Yeshengchangguo 马里 Mali 野生长果种黄麻 Wild C. olitorius
1.2 黄麻 SSR序列来源及引物开发
从 GenBank 公共数据库(http://misuse.ncbi.nih.
gov/)中下载黄麻表达序列标签 EST (expressed se-
quence tag) 838条(截至 2013年 11月 8日)。利用网
上 的 SSRPrimer 工 具 (http://hornbill.cspp.latrobe.
edu.au/ssrdiscovery.html)搜索这些序列所包含的
SSR, 筛选 SSR的标准为: 二核苷酸重复次数>6次,
三核苷酸重复次数>4 次, 四核苷酸重复次数>3 次,
五核苷酸重复次数>2 次。利用 Primer3 软件对其进
行 SSR 位点查找, 设计 113 对引物。通过与发表文
献比较, 剔除已发表的 SSR, 共合成 66 对 EST-SSR
引物, 其中编号 CcSSR001~CcSSR045 为圆果种黄
麻 EST-SSR, CoSSR046~CoSSR066 为长果种黄麻
EST-SSR。这 66对 SSR引物由生工生物工程(上海)
有限公司合成。
1.3 基因组 DNA提取
采用改良的 CTAB法提取黄麻基因组 DNA 14。
1.4 SSR的 PCR及电泳
PCR体系 10 μL, 含 50 ng μL–1 DNA 2.0 μL、10
μmol L–1引物 0.5 μL、0.5 U μL–1 Taq酶 0.1 μL、10
mmol L–1 dNTPs 0.2 μL、10×PCR buffer 1 μL、50
mmol L–1 Mg2+ 0.8 μL、dd H2O 5.4 μL。PCR程序为
94℃预变性 3 min; 94℃变性 30 s, 60℃退火 30 s,
72℃延伸 45 s, 共 10个循环, 每个循环退火温度降
低 0.5℃; 94℃变性 30 s, 55℃退火 30 s, 72℃延伸
45 s, 共 35个循环; 最后 72℃延伸 10 min, 10℃保存
10 min。Taq酶、dNTP等试剂购自生工生物工程(上
海)有限公司, 采用 1.5%琼脂糖凝胶电泳。
2 结果与分析
2.1 GenBank 数据库中 EST-SSR 不同重复类型
的频率分布
从 GenBank 数据库 EST 中总共开发113个 SSR
(表2), 其中三核苷酸重复所占比例最多, 为69.9%,
第 7期 张立武等: GenBank数据库中黄麻 EST-SSR标记的开发及其通用性评价 1215
表 2 黄麻 EST中 SSR分布频率
Table 2 Frequencies of SSR number in jute EST
重复类型
Repeat type
SSR数目
Number of SSR
比例
Percentage (%)
重复总长度
Total length (bp)
平均长度
Average length (bp)
二核酸 Dinucleotide 11 9.7 159 14.5
三核酸 Trinucleotide 79 69.9 1426 18.1
四核酸 Tetranucleotide 15 13.3 197 13.1
五核酸 Pentanucleotide 8 7.1 145 18.1
总计 Total 113 100.0 1927 17.1
其次是四核苷酸重复, 占 13.3%, 二核苷酸重复和
五核苷酸重复比较少, 分别占 9.7%和 7.1%, 在二至
五核苷酸重复类型中三核苷酸和五核苷酸重复序列
平均长度最长, 均为 18.1 bp, 最短的是四核苷酸重
复, 为 13.1 bp。
2.2 GenBank 数据库中 EST-SSR 的重复基元种
类及其频率分布
在这 113 个 EST-SSR 中共找到 43 种不同类型
的重复基元, 其中二核苷酸重复 3 种、三核苷酸重
复 23 种、四核苷酸重复 11 种、五核苷酸重复有 6
种(表 3)。其中二核苷酸重复基元以(CT)n和(AT)n为
主, 三核苷酸重复基元中(ACC)n、(CGA)n和(AGA)n
所占比例高。
2.3 GenBank 数据库中 EST-SSR 的多态性和扩
增效率
通过与已发表文献 3-4,6比较, 剔除已发表的引
物, 共合成 66 对 EST-SSR引物。利用这 66 对 SSR
引物对黄麻属 2个种 6个不同类型材料进行扩增(表
4和图 1), 64 (97.0%)对引物得到强且清晰的 PCR产
物, 42 (63.6%)对引物至少在 2个材料间存在差异,
表现出多态性。其中, 有些引物在这 6个材料中表现
出种间和种内多态性, 如 CcSSR008、CcSSR013、
CcSSR016、CcSSR024、CcSSR029、CcSSR040、
CoSSR049、CoSSR050、CoSSR052和 CoSSR053等;
有些引物仅表现出种间多态性 , 如 CcSSR007、
CcSSR015、CcSSR026 等。分析这些有多态性引物
的重复基元构成(表 4), 我们可以看出, (AT)n重复基
元和(AC-)n 丰富的三核苷酸重复基元多态性较高 ,
可作为黄麻 SSR标记引物设计的首选。
3 讨论
3.1 GenBank 数据库中黄麻 EST-SSR 优势重复
基元分析
本研究从 GenBank数据库中下载黄麻 EST序列
838条, 共包含有 113个 SSR。结果表明, 大部分重
复基元为二至五核苷酸, 其中三核苷酸重复类型数
量较多, 所占比例为 69.9%。而这与在大多数植物基
因组中三核苷酸重复的分布频率较高的结果是一致
的11-13。Hong 等15分析白菜中 SSR 重复基元发现,
三核苷酸重复出现的频率是 37%。Goff等16在水稻
中, 也发现基因组 SSR 中三核苷酸重复占 59%。本
研究中, 黄麻 EST-SSR 的分析结果显示, 二、三、
四核苷酸中所有的重复基元类型都有, 但不同重复
基元的比例存在显著差异。其中二核苷酸重复中
(AT)n 和(CT)n 类型最丰富 , 三核苷酸重复中(AC-)n
最多, 这种分布趋势与 Das 等6对来源于长果种黄
麻 BAC 末端序列 SSR 的分析结果一致。四核苷酸
重复中具有较高比例的(AAGA)n 和(AAAT)n 基元 ,
这与 Mir等3对黄麻 SSR的分析结果类似。
Temnykh 等 [8]研究发现 , SSR长度大于或等于
20 bp的 SSR具有较高的多态性。为保证开发的 SSR
标记具有较高的多态性, 我们也采用这样方法开发
了 113个 EST-SSR标记。其中二核苷酸的(AT)n基元
和三核苷酸的(AC-)n 基元在基因组中出现的频率较
高, 而且在黄麻中扩增的多态性也较高, 是开发黄
麻 SSR 引物的优势重复基元。因此, 通过黄麻 EST
序列开发 SSR 标记是可行的, 表现较高多态性和具
有比对信息的 SSR 标记, 不仅可以丰富分子标记的
数量, 有利于高密度遗传图谱构建, 还将为在分子
水平上研究黄麻重要性状的遗传基础及黄麻的起源
与进化奠定基础。
3.2 GenBank数据库中黄麻 EST-SSR扩增效率
目前黄麻属约有 40 多个种, 具有栽培价值的 2
个种是圆果种黄麻和长果种黄麻1。利用黄麻属 2
个种间 6个不同类型材料进行多态性检测, 可以检
测出 2 个种间以及种内的多态性。张亚东等17分析
不同杨树种间的遗传差异发现, EST-SSR 比基因组
的 SSR在不同杨树种间具有更好的通用性。这是因
为 EST-SSR 标记来源于相对保守的转录区域, EST-
SSR在近缘物种甚至远缘物种间具有更好的通用性。
1216 作 物 学 报 第 40卷
表 3 黄麻 EST-SSR中不同重复基元的分布
Table 3 Frequencies of EST-SSR repeat types in jute
重复类型
Repeat type
重复基元
Repeat
数目
Number
重复总长度
Total length (bp)
平均长度
Average length (bp)
二核酸 Dinucleotide AT/AT 4 58 14.5
CA/TG 1 15 15.0
CT/AG 6 86 14.3
合计或平均 Total or average 11 159 14.5
三核酸 Trinucleotide AAC/GTT 4 60 15.0
AAG/CTT 4 53 13.2
ACC/GGT 11 283 25.7
ACG/CGT 1 13 13.0
AGA/TCT 9 175 19.4
AGG/CCT 1 13 13.0
AGT/ACT 2 39 19.5
ATC/GAT 1 15 15.0
ATG/CAT 2 54 27.0
ATT/AAT 1 14 14.0
CAA/TTG 2 30 15.0
CAC/GTG 1 16 16.0
CAG/CTG 2 41 20.5
CAT/ATG 6 97 16.2
CCG/CGG 3 54 18.0
CCT/AGG 5 66 13.2
CGA/TCG 10 180 18.0
CGC/GCG 2 32 16.0
CGT/ACG 1 12 12.0
CTA/TAG 6 98 16.3
CTC/GAG 1 13 13.0
CTG/CAG 1 24 24.0
CTT/AAG 3 44 14.7
合计或平均 Total or average 79 1426 18.0
四核酸 Tetranucleotide AAAT/ATTT 2 24 12.0
AATT/AATT 2 24 12.0
ACAT/ATGT 1 20 20.0
ATGC/GCAT 2 28 14.0
CGTA/TACG 1 12 12.0
CTTT/AAAG 1 12 12.0
CTCC/GGAG 1 13 13.0
CTAC/GTAG 1 12 12.0
ACGA/TCGT 1 13 13.0
AAGA/TCTT 2 26 13.0
AAAG/CTTT 1 13 13.0
合计或平均 Total or average 15 197 13.1
五核酸 Pentanucleotide AAAAG/CTTTT 1 17 17.0
ATAAA/TTTAT 2 37 18.5
ATTAT/ATAAT 1 19 19.0
AGAGT/ACTCT 1 25 25.0
AGAAA/TTTCT 1 15 15.0
ACCAA/TTGGT 2 32 16.0
合计或平均 Total or average 8 145 18.1
第 7期 张立武等: GenBank数据库中黄麻 EST-SSR标记的开发及其通用性评价 1217
表 4 黄麻 EST-SSR的多态性和扩增效率
Table 4 Amplified and polymorphic primers of EST-SSR in jute
标记
Marker
GenBank ID
重复基元
Repeat
片段大小
Predicted
product size
(bp)
左引物
退火温度
Left primer
Tm
右引物
退火温度
Right primer
Tm
扩增产物
Amplifi-
cation
多态性
Polymor
-phism
条带数
No. of
bands
带型
Scorability
CcSSR001 112136062 (AAAAG)4 244 58.1 58.9 + + 2 A
CcSSR002 112136096 (ATGC)4 155 60.1 57.2 + + 2 A
CcSSR003 112136110 (TTG)5 174 60.0 57.7 + – 1 A
CcSSR004 112136120 (CAG)8 181 60.2 60.0 + + 1 A
CcSSR005 112136121 (CTG)8 151 60.0 60.2 + – 1 A
CcSSR006 112136129 (TCT)6 185 59.7 58.9 + + 1 A
CcSSR007 194395676 (ATG)9 235 59.8 58.6 + + 1 A
CcSSR008 194395679 (CAT)6 250 59.4 59.0 + + 3 A
CcSSR009 194395680 (CAT)6 250 57.9 57.5 + + 1 A
CcSSR010 194395697 (GAT)5 155 58.4 59.7 + + 1 C
CcSSR011 194395700 (TCA)7 241 59.3 59.5 + + 2 B
CcSSR012 194395710 (GCG)6 250 60.7 59.4 + + 2 B
CcSSR013 194395722 (GAGG)3 178 60.3 59.4 + – 1 A
CcSSR014 194395729 (TA)8 202 59.9 59.5 + + 2 B
CcSSR015 194395733 (TTCT)3 203 57.3 57.8 + + 2 A
CcSSR016 194395738 (AAAT)3 220 59.2 59.4 + – 1 A
CcSSR017 194395740 (AATT)3 155 58.8 57.1 + – 1 A
CcSSR018 194395754 (AGA)6 199 59.0 58.4 + – 1 A
CcSSR019 194395756 (CCG)5 163 59.8 60.0 + + 2 A
CcSSR020 194395782 (CTT)6 189 58.1 57.8 + + 2 A
CcSSR021 194395791 (GA)6 216 57.0 60.0 + – 1 A
CcSSR022 194395793 (CT)8 244 58.3 60.3 + – 1 A
CcSSR023 194395795 (GT)8 250 59.2 59.6 + – 1 A
CcSSR024 194395797 (GTG)5 195 59.0 59.8 + + 2 A
CcSSR025 194395807 (AATT)3 207 57.4 57.0 + + 2 A
CcSSR026 194395858 (AAG)4 176 60.0 59.1 + + 2 A
CcSSR027 194395868 (CT)8 243 59.6 58.3 + + 1 A
CcSSR028 194395881 (AGA)6 185 58.9 59.7 + – 1 A
CcSSR029 222876067 (GAA)4 250 58.8 57.7 + + 2 A
CcSSR030 222876073 (AAG)4 178 60.0 59.9 + + 2 A
CcSSR031 222876092 (CAT)6 241 60.0 59.1 + + 2 A
CcSSR032 222876097 (GAT)9 167 58.4 57.1 + – 1 B
CcSSR033 222876103 (GGC)9 239 59.6 60.0 + – 1 A
CcSSR034 222876143 (AAG)5 234 60.2 59.9 + – 1 A
CcSSR035 260098990 (TGGTT)3 213 59.7 57.6 + + 2 A
CcSSR036 260099036 (GAT)6 174 60.0 57.2 + + 2 A
CcSSR037 260099099 (CAT)4 185 59.9 57.7 + – 1 A
CcSSR038 365732691 (CCT)4 214 59.3 57.3 + + 3 A
1218 作 物 学 报 第 40卷
(续表 4)
标记
Marker
GenBank ID
重复基元
Repeat
片段大小
Predicted
product size
(bp)
左引物
退火温度
Left primer
Tm
右引物
退火温度
Right primer
Tm
扩增产物
Amplifi-
cation
多态性
Polymor
-phism
条带数
No. of
bands
带型
Scorability
CcSSR039 365732703 (TCT)9 242 57.7 59.8 + + 2 A
CcSSR040 365732731 (CAA)4 222 59.2 57.4 + + 2 A
CcSSR041 375150553 (ACAT)5 114 57.7 59.2 + – 1 A
CcSSR042 375150558 (CT)6 178 59.0 58.8 + + 3 A
CcSSR043 375150561 (CAA)6 200 58.1 57.0 + + 2 B
CcSSR044 375150562 (CCT)4 249 60.3 58.5 + + 2 B
CcSSR045 375150586 (TGC)4 189 60.0 60.0 + + 2 B
CoSSR046 311146658 (TGG)9 160 59.8 60.0 + – 1 B
CoSSR047 311157368 (TGG)9 165 59.8 58.8 + – 1 B
CoSSR048 311157371 (GCT)6 152 59.5 57.6 + – 1 B
CoSSR049 150174518 (TCTTT)3 202 57.0 57.4 + + 2 B
CoSSR050 1112000549 (CCT)5 243 59.6 58.9 + + 1 A
CoSSR051 1112000555 (AAC)5 232 57.7 60.1 + + 2 A
CoSSR052 1112000578 (CAT)6 220 57.2 60.0 + + 2 A
CoSSR053 1112000581 (TGCT)3 229 60.0 60.1 + + 2 B
CoSSR054 1112000583 (GAA)5 178 59.6 60.0 + + 2 A
CoSSR055 1112000590 (TGG)5 235 60.3 60.2 + + 2 B
CoSSR056 1112000595 (ATAAA)4 113 60.2 57.2 + – 1 B
CoSSR057 1112000596 (TCTCA)5 224 59.7 58.9 + + 2 A
CoSSR058 1112000618 (TAATA)4 150 57.4 59.3 + + 2 A
CoSSR059 1112008416 (TCA)6 233 57.4 59.2 + – 1 A
CoSSR060 1112008423 (GATG)3 153 59.8 59.3 + – 1 A
CoSSR061 1112008466 (TCT)5 166 59.3 59.8 + – 1 A
CoSSR062 1112008468 (TA)7 250 57.3 58.7 + + 2 A
CoSSR063 1112008500 (TTTC)3 228 59.9 59.8 – – No No
CoSSR064 1112008512 (AT)8 300 58.9 58.0 + + 2 A
CoSSR065 1112000586 (CAG)6 229 60.9 58.3 + + 2 A
CoSSR066 1112000637 (TTC)4 103 59.7 59.8 – – No No
ABCD表示电泳带型清晰等级, A为最清晰的带型。+表示扩增条带存在, –表示不存在。
ABCD represents the scorability of amplification, and A is the most clear. +: the presence of amplification; –: the absence of
amplification.
图 1 SSR标记(CoSSR50-53)对黄麻属 6个不同类型材料的扩增结果
Fig. 1 Amplification results of SSR primers (CoSSR50-53) in six jute accessions of different types
1: 179; 2: 爱店野生; 3: 甜麻; 4: 宽叶长果; 5: 琼粤青; 6: 马里野生长果; M: DL2000。
1: 179; 2: Aidianyesheng; 3: Tianma; 4: Kuanyechangguo; 5: Qiongyueqing; 6: Mali Yeshengchangguo; M: DL2000.
第 7期 张立武等: GenBank数据库中黄麻 EST-SSR标记的开发及其通用性评价 1219
基于此, 本研究开发的 EST-SSR 也可以在圆果种、
长果种和假黄麻(Corchorus acutangulus Lam)等黄麻
属不同种间得到应用。
此外, 由于基因组包含内含子, 与外显子相比,
内含子在植物进化过程中受人类驯化的选择相对较少,
保留了大量的序列多态性, 所以, 通常情况下基因组
多态性高于 EST 多态性8。但本研究表明, GenBank
数据库中EST-SSR有 65.6%呈现出清晰的多态性条带,
说明 EST-SSR也具有较高多态性。但不同研究者, 由
于使用的材料不同, 可能结果也不一致。Basu 等4用
SSR及 AFLP标记分析时, 却认为 SSR标记在黄麻种
质资源中的多态性较低。这可能跟该研究只使用长果
栽培种和圆果栽培种作为试验材料有关。在本研究中,
EST-SSR 检测出的多态性包含黄麻属不同种间的多态
性, 所以表现出较高的多态性。
4 结论
利用 GenBank 公共 EST数据库成功开发出 66
对 SSR引物, 这些 SSR标记具有较好的稳定性和多
态性。(AT)n重复基元和(AC-)n丰富的三核苷酸重复
基元多态性高, 可作为黄麻 SSR标记引物设计的首
选。
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