全 文 ：江苏农业学报(Jiangsu J． of Agr． Sci．) ，2013，29(6) :1271 ～ 1277
h ttp:/ /www． jsn y x b． com
黄益洪，张 强，张大勇，等． 海蓬子属植物 EST序列的 SSＲ信息分析与标记开发［J］．江苏农业学报，2013，29(6) :1271-1277．
doi:10． 3969 / j． issn． 1000-4440． 2013． 06． 015
海蓬子属植物 EST序列的 SSＲ信息分析与标记开发
黄益洪1， 张 强1，2， 张大勇1， 徐照龙1， 许 玲1， 刘晓庆1， 何晓兰1， 马鸿翔1
(1．江苏省农业生物学重点实验室，江苏省农业科学院农业生物技术研究所，江苏 南京 210014;2．南京晓庄学院，江苏 南京
211171)
收稿日期:2013-08-18
基金项目:江苏省农业科技自主创新基金项目［CX(12)1005-2］
作者简介:黄益洪(1973-) ，男，贵州普定人，本科，助理研究员，主要
从事植物生物技术研究。(E-mail)hyhwr@ hotmail． com
通讯作者:张大勇，(E-mail)cotton． z@ 126． com
摘要: 为明确海蓬子 EST 序列中 SSＲ 的总体特征，开发海蓬子 EST-SSＲ 引物，从 NCBI网站下载海蓬子及其
近缘植物 EST序列，利用 Cross match等软件过滤掉载体序列、polyA /T和过短或过长的低质量序列，经 CAP3 软件
拼接后获得非冗余 EST，然后用在线软件 SSＲIT从这些序列中查找 SSＲ，采用 primer5． 0 软件设计 SSＲ引物，并进行
PCＲ扩增，对引物适用性进行评价。结果表明，截止 2013 年 5 月，NCBI数据库共有海蓬子相关 EST序列 1 439条，
经软件处理后获得无冗余 EST序列 1 139 条，总长 542 084 bp，从这些序列中搜索到 210 个 SSＲ，分布于 167 条 EST
中，出现频率为 14. 66%。SSＲ平均分布距离为 2. 58 kb，平均长度为 14. 56 bp;三核苷酸重复是主导类型，占 EST-
SSＲs 总数的 40. 95%，其次为四核苷酸和五核苷酸重复，分别占 29. 52% 和 13. 33%;二核苷酸占 11. 90%，六核苷
酸最少，仅占 4. 29%。在所有类型的重复基元中，ACT /AGT类型最多，占 10. 95%，其次为 AAT /ATT和 ACG/CGT，
分别占 8. 10%和 6. 67%。随机挑选了 30 个 SSＲ位点，根据其两侧保守序列，设计并合成了相应的 EST-SSＲ 引物，
对海蓬子 DNA进行 PCＲ 检测分析，结果有 14 对引物获得了清晰的条带，进一步将其中的 5 对引物对 10 个样本小
群体进行了验证，结果显示有较好的多态性。该研究结果表明海蓬子 EST 序列中含有高频率的 SSＲ 位点，EST-
SSＲ 标记开发效率较高，为进一步开展海蓬子分子标记研究提供了一批适用的 EST-SSＲ引物。
关键词: 海蓬子属;EST;SSＲ分析;标记开发
中图分类号: Q78 文献标识码: A 文章编号: 1000-4440(2013)06-1271-07
Characteristics of SSＲs derived from ESTs and development of EST-SSＲ
markers in Salicornia plants
HUANG Yi-hong1， ZHANG Qiang1，2， ZHANG Da-yong1， XU Zhao-long1， XU Ling1， LIU Xiao-qing1，
HE Xiao-lan1， MA Hong-xiang1
(1． Provincial Key Laboratory of Agrobiology，Institute of Agro-biotechnology，Jiangsu Academy of Agricultural Sciences，Nanjing 210014，China;2． Nan-
jing Xiaozhuang University，Nanjing 211171，China)
Abstract: To analyze the characteristics of SSＲs derived from Salicornia plants ESTs (expressed sequence tag) ，
and to develop EST-SSＲ markers，all ESTs sequences from Salicornia plants and closely related species were down loaded
with from NCBI database． A set of software such as cross match was used for the removal of vector sequence，poly A /T，
low-quality sequences，segments shorter than 100 bp or longer than 700 bp in over-long EST sequence． Non-redundant ES-
Ts was obtained by sequence assembly using CAP3 software，and analyzed online by SSＲIT，a web tool for SSＲ hunting．
Primer 5. 0 software was used to design PCＲ primers and
estimate the usability of EST-SSＲ primers． The PCＲ
products were subsequently analyzed by running non-dena-
turing PAGE gel and silver-staining method． The results
indicated that 1 139 non-redundant ESTs sequences with a
total length of 542 084 bp were identified from 1 439 ESTs
1721
up to May 12，2013 from NCBI database． 210 SSＲs was hunted in 167 non-redundant ESTs，with a frequency of 14． 66%
of SSＲ in all ESTs． The average SSＲ density was one SSＲ per 2． 58 kb of EST sequences，and the average SSＲ length was
14． 56 bp． The tri-nucleotide repeat dominated the repeat type with a percentage up to 40． 95% of the total，followed by the
tetranucleotide，which accounted for 29． 52% ． The frequency of the pentanucleotide repeats were close to the dinucleotide，
being 13． 33% and 11． 90，respectively，and the hexanucleotide repeats，accounting for 4． 29% in all SSＲs，were the least
repeat type． Ｒepeat motif ACT /AGT，comprising 10． 95% of all，was the most abundant types，and AAT /ATT and ACG/
CGT followed，with the percentages of 8. 10% and 6． 67% ． 30 SSＲ loci were chosen randomly and corresponding PCＲ
primers were designed according to the information of flank conserved sequence． 14 pairs of primers showed clear band pat-
terns，and 5 of which displayed polymorphism in a mini-population composed of 10 Salicornia plants samples． The EST-
SSＲ primers obtained in this study could be used for further studies of molecular marker of Salicornia plants．
Key words: Salicornia;EST (expressed sequence tag) ;SSＲ analysis;molecular marker development
海蓬子(Salicornia)是生长在海滩、盐碱沙地上
的一种有梗无叶的绿色植物，其幼嫩的茎富含维生
素和蛋白质，特别是含有较高的胡萝卜素及 8 种人
体不能合成的必需氨基酸，种子富含亚油酸，是非常
好的绿色保健食品，还是药用化工的高级原料。更
重要的是，海蓬子是耐盐性最强的陆生高等植物，能
吸收富集周围土壤中的盐分，植株含盐量高达 37%
左右，能改造沿海滩涂和盐碱地，控制土地沙化，对
于沿海地区的生态保持和农业结构的改善具有重要
意义［1-3］。可见海蓬子的深度开发和应用具有重大
社会和经济效益。我们从不同地域收集了一些不同
的海蓬子种质资源，为更有效地利用这些资源，有必
要对其进行进一步的分类鉴定，开展群体遗传结构
及多样性等多方面的研究，明确其相互间的亲缘关
系。近年来，分子标记技术已经广泛应用于各种作
物品种鉴定与分类、种质资源遗传多样性、亲缘关系
分析及杂种后代检测等多个领域。在众多的分子标
记技术中，SSＲ 标记由于具有独特的优越性而倍受
关注［4］。SSＲ 标记具有丰富且遍布基因组、超变异
性、特异性、通常表现共显性及重复性好［5］等优点，
已被广泛应用于植物遗传研究和育种实践中。但是
在基因组测序未完成之前，开发 SSＲ 标记需要投入
大量的人力物力。利用表达序列标签 (Expressed
sequence tag，EST)开发 SSＲ 避免了 SSＲ 引物开发
过程中的克隆和测序步骤，充分利用现有数据，降低
开发成本。由于 EST-SSＲ 标记来源于转录区域，保
守性较好［6］，在近缘物种间具有通用性，并在动植
物上得到了广泛的验证，尤其是属内或更近的物种
间具有更高的通用性［7］。近年来，大量快速增长的
EST 数据已成为 SSＲ 的重要来源，玉米、水稻、大
麦、小麦、柑橘、番茄、花生等［8-14］多种植物都开展了
EST-SSＲ 标记的开发与利用，是一种有多方面利用
价值的分子标记［15］。海蓬子分子标记研究取得了
一定的进展，如利用 SＲAP 标记研究海蓬子遗传多
样性［16］，藜科植物 EST-SSＲ在海蓬子上具有很高的
通用性［17］，以及有关海蓬子 cDNA 文库建立和 EST
大量序列获得等［18-19］，但尚无有关海蓬子 EST 中
SSＲ总体特征及分布规律以及针对海蓬子本身
EST-SSＲ标记开发应用的报道。
随着 GenBank中公布的海蓬子属植物的 EST
不断增长，截至目前为止，NCBI 上已登录了1 400
多条海蓬子属植物相关 EST 序列，为开发适用性
更高、更多的 EST-SSＲ 标记奠定了基础。本研究
拟对这批 EST 序列中的 SSＲ 信息进行分析，以了
解海蓬子 EST-SSＲ 的发生频率和特点，探讨开发
海蓬子 EST-SSＲ 的可行性，并开发一批 EST-SSＲ
引物，以期揭示海蓬子耐盐性的遗传基础及机理，
为重要性状定位、品种鉴定、种质创新及遗传育种
等工作奠定基础。
1 材料与方法
1． 1 植物材料
海蓬子种子为本实验室保存，属北美海蓬子。
将种子播种于温室盆钵中，约 7 d 后出苗，待小苗长
至 1 ～ 2 cm时开始以 1． 2%的 NaCl 溶液浇灌，处理
21 ～ 35 d待小苗株高约 10 cm 时，分单株随机剪取
幼嫩的茎部组织，洗净后用干净吸水纸轻轻拭干，立
即放入液氮中速冻并保存于 － 70 ℃冰箱保存备用。
1． 2 方法
1． 2． 1 海蓬子 EST检索下载与 SSＲ分析 在 Gen-
Bank的 dbEST 数据库(http:/ /www． ncbi． him． nih．
gov /dbEST / index． html)中，以 Salicornia 为关键词搜
2721 江 苏 农 业 学 报 2013 年 第 29 卷 第 6 期
索并下载海蓬子及其相关植物 EST 序列。利用
Cross match 软件去除载体序列，Perl est_trimmer 软
件去除 polyA /T、小于 100 bp 的过短序列及去除过
长序列中大于 700 bp 部分的低可靠性序列，然后利
用 CAP3 进行拼接以除去冗余序列，利用 SSＲIT 软
件查找 SSＲ，选择重复基元碱基数在 2 ～ 6 bp、重复
3 次以上、而且重复单元内碱基数与该单元重复次
数之积大于或等于 12 的 SSＲ 序列。SSＲ 按不同重
复基元与类型、重复核苷酸数目、重复次数、SSＲ 长
度及优势 SSＲ类型等归类并统计，计算各类 SSＲ 所
占比例、出现频率、平均距离等。其中重复基元类型
分类的具体方法是将所有回纹重复序列及其互补序
列的重复基元归为一类［20］，如 AAC 基序代表所有
AAC、ACA、CAA、GTT、TGT 和 TTG 的 SSＲ。
1． 2． 2 EST-SSＲ 引物设计 利用 SSＲ 保守的两侧
DNA 序列为模板，通过在线引物设计软件 Primer-
Premier5． 0 (http:/ / www． premierbiosoft． com /prim-
erdesign / index． html)设计 PCＲ引物，长度和退火温
度(Tm)分别为18 ～ 26 bp和 50 ～ 60 ℃，正反向引物
Tm值相差不高于 5 ℃，扩增片段包含 SSＲ 位点，预
期产物大小在100 ～ 300 bp。引物由上海英潍捷基
贸易有限公司合成。
1． 2． 3 海蓬子 DNA提取与 EST-SSＲ引物验证 采
用 CTAB法提取冷冻保存的海蓬子 DNA。提取的
DNA样品经 1. 0%凝胶电泳检测其质量，用紫外分
光光度法测定 OD260值，计算其浓度，最终调整至 10
ng /μl左右，用于 EST-SSＲ的分析试验。
海蓬子 EST-SSＲ分析所使用的 PCＲ 反应总体
积为 10. 0 μl，包括模板 DNA (10 ng /μl)2. 0 μl、正
反向引物(10 μmol /L)各 0. 2 μl、10 × PCＲ buffer
1. 0 μl，MgCl2 (25 mmol /L) 0. 6 μl、dNTP (2. 5
mmol /L)0. 5 μl，rTaq (5 U /μl)0. 1 μl ，ddH2O 5. 4
μl。反应程序为 94 ℃ 3 min;94 ℃ 30 s，58 ℃ 30
s，72 ℃ 1 min，32 个循环;72 ℃ 10 min。PCＲ产物
用 12%的非变性 PAGE 胶在 150 V 电压、50 mA 电
流下电泳 3 ～ 5 h，用银染法染色［21］。
2 结 果
2． 1 海蓬子 EST中的 SSＲ分布与特点
截止 2013 年 5 月，在 GenBank 中海蓬子属
(Salicornia)植物相关 EST 序列共收录了 1 439 条
(http:/ /www． ncbi． nlm． nih． gov /nucest /? term =
salicornia 2013) ，其中1 432条来自海蓬子属植物
(Salicornia) ，6 条来自龙胆属(Gentianales) ，1 条来
自大麦属(Hordeum)。经载体序列、PolyA /T、低质
量序列去除及聚类拼接去冗余等处理后共获得 1
139 条高质量、无冗余的 EST，序列总长度为 542
084 bp。按照查找标准，在 167 条 EST 中共查找
出 210 个 SSＲ，平均 18． 44%的无冗余 EST 中存在
SSＲ 位点。只包含 1 个 SSＲ位点的 EST 129 条，含
2 个 SSＲ位点的 33 条，3 个 SSＲ 位点的 5 条，实际
14. 66%的无冗余 EST 序列中存在一个以上的
SSＲ。海蓬子属植物 EST-SSＲ 的数目、出现频率和
平均距离见表 1。
表 1 海蓬子属植物 EST-SSＲ 的数量、频率和平均距离
Table 1 Number，frequency and average distance of EST-SSＲs in
Salicornia plants
重复类型 数目
所占比例
(%)
出现频率
(%)
平均距离
(kb /SSＲ)
二核苷酸重复 25 11． 90 2． 19 21． 68
三核苷酸重复 86 40． 95 7． 55 6． 30
四核苷酸重复 62 29． 52 5． 44 8． 74
五核苷酸重复 28 13． 33 2． 46 19． 36
六核苷酸重复 9 4． 29 0． 79 60． 23
总数 210 100． 00 18． 44 2． 58
出现频率 =检出的 SSＲ 数目 /无冗余 EST 总数;平均距离 =无冗余
EST总长度 /SSＲ总数。
海蓬子属植物的 EST-SSＲ 种类丰富，从二核苷
酸重复到六核苷酸重复均有出现，但各类型的 EST －
SSＲ间的差异很大，最优势重复基元为三核苷酸，占
所有 SSＲ的 40%，其次为四核苷酸，占了近 30%，五
核苷酸和二核苷酸各占约 10%，最少的六核苷酸重
复不到 5%。从 SSＲ 的分布情况看，不同重复单元出
现的平均距离各不一致，SSＲ 出现的频率越高，其平
均距离越小。如最多的三核苷酸重复，平均 6. 3 kb
EST中就有一个此类 SSＲ存在，而最少的六核苷酸重
复则每相隔约 60 kb才有 1个 SSＲ。SSＲ平均分布距
离为 2. 58 kb，SSＲ平均长度为 14. 56 bp。
2． 2 海蓬子属植物 EST-SSＲ 基序的特点和性质
在查找到的海蓬子属植物 EST-SSＲ 中共观察
到 122 种重复基元，若将所有回纹重复序列及其互
补序列的重复基元归为一类，则共有 47 类。海蓬子
属植物 EST-SSＲ 类别、重复基元、重复次数与 SSＲ
长度见表 2。
3721黄益洪等:海蓬子属植物 EST序列的 SSＲ信息分析与标记开发
表 2 海蓬子属植物 EST-SSＲ 的类型、重复基元、重复次数和 SSＲ
长度
Table 2 EST-SSＲ types，repeat motifs，number of repeat and SSＲ
length in Salicornia plants
重复类型
SSＲ类型
(种)
重复基元
(种)
重复次数
SSＲ长度
(bp)
二核苷酸重复 4 9 6 ～ 10 12 ～ 20
三核苷酸重复 8 39 4 ～ 10 12 ～ 30
四核苷酸重复 14 44 3 ～ 10 12 ～ 40
五核苷酸重复 13 21 3 ～ 5 15 ～ 25
六核苷酸重复 8 9 3 ～ 4 18 ～ 24
总数 47 122 － －
海蓬子属植物 EST中二核苷酸重复的 SSＲ有 4
种类型，各包含了 1 ～ 11 个 SSＲ，除重复类型最多的
AT /AT外(表 2、表 3) ，AC /GT、AG /CT也较多，分别
占 36%和 16%，4 种类型 SSＲ总共包含了 9 种二核
苷酸重复基元，各含有 1 ～ 6 个 SSＲ，其中最多的是
“AT”型，其次为“TA”型，再次为“TC”、“CT”等，而
CG /CG类型仅有一种重复基元“GC”;三核苷酸重
复类型可归为 8 种类型，各含1 ～ 23种 SSＲ，以 ACT /
AGT 最 多，占 26. 74%，其 次 为 AAT /ATT
(19. 77%) ，较多的还有 ACG /CGT (16. 28%)、
AAG /CTT (13. 95%) ，三核苷酸重复类型共含有不
同的重复基元 39 种，各含 SSＲ 1 ～ 8 个，重复基元
“ATG”最多，其次为“CTG”、“GAT”、“TAT”几种;四
核苷酸重复有 14 种类型，各含 SSＲ 1 ～ 13 个，
“AACT /AGTT”类型最多，占 20. 97%，其次为
AATT /AATT(14. 52%)、AAAT /ATTT (11. 29%)。
四核苷酸重复 SSＲ 含重复基元 44 种，SSＲ 各1 ～ 4
个，“ATAC”最多占 6. 45%，其次为“ATTA”、
“TTAA”;五核苷酸重复 13 类，各含 SSＲ 1 ～ 7 个，
“AAAAG /CTTTT”类型占了 1 /4，其次为 AAAAT /
ATTTT(14. 29%)、AACCT /AGGTT(10. 71%) ，重复
基元 21 种，GAAAA 类型最多，占 14. 29%;六核苷
酸重复 8 种类型，每种含 SSＲ 1 ～ 2 个，重复基元 9
种，每种仅含 1 个 SSＲ，是最少的一类，没有明显的
优势 SSＲ类型及重复基元。海蓬子属植物 EST 中
含量较多的几种 SSＲ类型统计如图 1。
表 3 海蓬子属植物 EST的 SSＲ优势类型、优势重复基元及其所占比例
Table 3 Dominant EST-SSＲ types，repeat motifs and their proportion in Salicornia plants
重复类型
优势 SSＲ
类型 所占比例(%)
优势重复基元
类型 所占比例 (%)
二核苷酸重复 AT /AT 44． 00 AT 24． 00
三核苷酸重复 ACT /AGT 26． 74 ATG 9． 30
四核苷酸重复 AACT /AGTT 20． 97 ATAC 6． 45
五核苷酸重复 AAAAG /CTTTT 25． 00 GAAAA 14． 29
六核苷酸重复 AAATTT /AAATTT 22． 22 － －
2． 3 海蓬子属植物 EST-SSＲ 的可用性与有效性
评价
海蓬子属植物 EST 中 SSＲ 以低级重复基元
为主，二、三、四核苷酸重复类型合占 82. 38%，
长度均在 12 bp 以上，距 EST 5端超过 100 bp 的
SSＲ 153 个，3端超过 100 bp 的 SSＲ 180 个，5和
3 两 端 均 超 过 100 bp 的 SSＲ 123 个，占
58. 57%，便于设计较好的 SSＲ 引物用于分子标
记分析。表明本研究发掘的 EST-SSＲ 大部分具
有较高的利用价值。
为验证海蓬子属植物 EST-SSＲ 标记的有效
性，选取了其中 30 个 SSＲ 位点设计 PCＲ 引物。
PCＲ产物经非变性 PAGE 胶电泳后银染，结果表
明 14 对引物能扩增出清晰的条带(图 2) ，进一步
用含 10 个样本的海蓬子小群体 DNA进行验证，结
果表明 5 对引物有很好的多态性(图 3)。这表明
本研究所开发的 EST-SSＲ 引物可用于海蓬子材料
的标记分析研究。
4721 江 苏 农 业 学 报 2013 年 第 29 卷 第 6 期
图 1 海蓬子属植物 EST-SSＲ中各种重复基元出现频率
Fig． 1 The frequency distribution of various repeat motifs of EST-SSＲs in Salicornia plants
1 ～ 30 为用 30 个 SSＲ位点设计的不同引物的 PCＲ结果。
图 2 海蓬子属植物 EST-SSＲ引物的非变性 PAGE胶银染结果
Fig． 2 The patterns of PCＲ products of EST-SSＲ in Salicornia plant by running non-denaturing PAGE gel and silver-staining
图 3 5 对 EST-SSＲ引物在 10 个海蓬子样品中显示多态性
Fig． 3 The polymorphism of 5 pairs of EST-SSＲ primers for 10 DNA samples from Salilcornia plant
4 讨 论
SSＲ是目前在植物遗传研究与分子标记辅助育
种中使用最广泛的标记技术。SSＲ标记开发主要有
基因组 SSＲ、EST-SSＲ 及通过同源转移 SSＲ 等途
径［22］。由于海蓬子基因组测序尚未进行，研究报道
偏少，因此 DNA 序列信息缺乏，只能通过利用 EST
数据开发 EST-SSＲ 标记，本研究对上传到 NCBI 数
据库的1 439条海蓬子属植物相关 EST 序列进行
SSＲ分析，找到了 210 个 SSＲ，有 14. 66%的非冗余
EST含有 1 个以上的 SSＲ 位点，SSＲ 的丰度与花生
(13. 22%)［14］、番茄(13. 00%)［13］和荔枝(16. 53%)［4］
等相近。值得注意的是，在进行 SSＲ 分析时由于所
用软件、搜索的标准(如 SSＲ 重复类型，长度等)、
分析方法不尽相同，分析数据多少不统一，最终获得
的 SSＲ数量也会有所差异，并且每个物种 EST 序列
是一个不断更新的动态数据库，其 SSＲ 丰度数值可
能会在一定范围内有小的变化，不同物种间 SSＲ 丰
度的比较应明确是在同一 SSＲ 检索标准之下的一
个大致参考值。
5721黄益洪等:海蓬子属植物 EST序列的 SSＲ信息分析与标记开发
不同物种间主导重复基元的类型有所差异。大
多数研究结果表明，三核苷酸是存在最广泛的重复
基元［23］，其次为二核苷酸与四核苷酸重复类
型［8，10］。本研究结果表明海蓬子中三核苷酸重复类
型也是最多的，占总 EST-SSＲ 数量的比例高达
40. 95%，其中以 ACT /AGT 最多，占所有 SSＲ 的
10. 95%，其次是 AAT /ATT、ACG /CGT、AAG /CTT。
但有些植物则以二核苷酸重复出现的频率最高。如
荔枝中二核苷酸重复 GA /TC(16. 82%)最为丰
富［4］，棉花中 AT /AT 最多［24-25］，小麦、水稻、玉米［8］
中出现频率最高的是 AG /CT。有意思的是，许多植
物如水稻、玉米、大豆［26］、荔枝［4］等均无 CG /CG 类
型重复基元，但在海蓬子中出现了 1 次，占总 SSＲ
的 0. 45%;海蓬子 EST-SSＲ中二、五、六核苷酸重复
基元虽有出现，但类型较少，三者总计合占
29. 53%，大大低于三、四核苷酸重复的比例(二者
合占 70. 47%) ，表现出明显的偏倚性。鉴于本研究
所用的海蓬子 EST 序列还不是很多，所出现的碱基
偏倚性是海蓬子 EST-SSＲ的真实反映，还是 EST 分
析数量较少造成的，尚须进一步研究。
EST 序列中 SSＲ 的长度比基因组中的 SSＲ
短［27］，Temnykh等［28］认为当 SSＲ 基序长度大于或
等于 20 bp 时多态性较高，长度在 12 bp与 20 bp 之
间的 SSＲ多态性中等，而长度在 12 bp 以下时多态
性极低，但对水稻、拟南芥、油菜及鸡［9］的研究显
示，短的 SSＲ 的多态性频率高于长的 SSＲ，表明 SSＲ
的长度和物种特性决定了 SSＲ 的多态性频率，而有
的研究显示 SSＲ 重复次数与多态性间不存在相关
性［29-30］。本研究中海蓬子 SSＲ长度主要介于 12 bp
与 20 bp，也有少数介于 20 bp 与 40 bp，SSＲ长度与
其引物多态性之间的关系究竟如何还有待进一步研
究。
从本研究结果看，海蓬子 EST 中的 SSＲ 不但出
现频率高，而且类型丰富，在随机合成的 30 对引物
中，14 对引物在海篷子植物中能扩增出清晰条带，
占到了近一半左右，表明本研究设计的 EST-SSＲ 引
物适用性较高，可以用于后续的诸如遗传结构和多
样性以及关联分析研究。海篷子作为耐盐碱的先锋
植物之一，从中挖掘有用耐逆基因资源和选育优质
海水蔬菜势必将越来越受到研究者的重视，相信随
着生物信息学、高通量二代测序技术的不断发展和
进步，海蓬子序列信息数据库将不断增加，可为开发
高通量分子标记提供大量序列，使大规模开发海蓬
子分子标记并将其用于海蓬子遗传连锁图谱的构
建、种质资源的遗传多样性研究和分子标记辅助选
择育种等领域成为可能。
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(责任编辑:汪恒英)
7721黄益洪等:海蓬子属植物 EST序列的 SSＲ信息分析与标记开发