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基于ITS2序列的中药材藤梨根DNA分子鉴定



全 文 :20 16 第十八卷 第二期 ★ Vo l. l 8 No .2
泉于 ITS2 厚列 的 中 药材慕梨柢 DNA 分子鉴走 *
高 婷 \ 朱珣之
( 1 . 青岛农业大学生命科学学院 山东省高校植物生物技术重点实验室 青岛 266 1 09 ;
2 . 江苏科技大学生物技术学院 镇江 2 1 20 18 )
摘 要 : 目 的 :通过 DNA 条形码鉴定技术 区 分 中 药 材藤梨根及其常见混伪 品 。 方法 : 对采集 的 中 药材
藤梨根样品及其 常见混伪 品进行 DNA 提取 , PCR 扩增和测序 , 运用 C odonCod eAli gne r3 .5 . 7 对所获 ITS2
序列 进行拼接 。 应 用 M EGA5 . 0 软件计算藤梨根及其常见混伪品的 Kimu ra2-parame t er(K2P )遗传距 离 ,
并构 建 NJ (邻接 ) 系统聚类树 , 最后分析种 间 ITS2 序列 的二级结构差异 。 结果 : 中 药材藤梨根两种基原植
物的 平均 种 内 K 2P 遗传距 离 分别 为 0 .00 1 和 0 .002 , 远小 于藤梨根与其 常见混伪品之间 的 平均 K2P 遗传距
离 0 . 1 20 ;藤梨根与其常见混伪品 的 ITS2 二级结构也存在 明显差异 ; NJ 树显示藤梨根的基原植物聚在一起 ,
与混伪品可明显 区 分 ,但无法 区 别 所有稀猴桃属植物。 结论 : ITS2 序列 可高效区 分藤梨根及其常见混伪品 ,
弥补 了 传统鉴定方法 的不足 ,提高 了鉴定效率及准确性 。
关键词 : 中 华猕猴桃 DNA 条形码 ITS2 序列 分子鉴定
d oi : 10 . 1 1 842/wst .20 1 6 . 02. 0 12中 图 分类号 : R282 . 5文献标识码 : A
藤梨 根 R adi xA cti n id iae 别 名 圆 専 子 、 藤 梨 、 mac ro spe rma 的干燥根猫人参在临床上常被混同为
洋桃藤 , 为猕猴桃 科猕 猴桃 属 植 物 中 华 猕猴 桃藤梨根使用 , 二者性能不同 , 前者性凉 , 后者性温
A ct in id iach in e ns isPlanch .A c ti n idi a临床效用亦异 , 故应区别使用 [6] 。 在调查中 曾发现
argu taPlan ch . 的干燥根 [ 1 ] 。 藤梨根味甘 、 咸寒 、微葛赛称猴桃 Ac ti n i iiiapo Z ygafia 做为猫人参混伪品
涩 ,具有清湿热 、降血脂 、治黄疸 、促进食欲 、 畅通乳现象 。 此外 , 50 余种猕猴桃属 植物主产于中 国 , 形
络的功效 ,在中 国分布广泛 ,应用历史悠久 12 1。 现代态类似 , 也存在一定混淆现象 。 混伪品危害 了 中 药
药理研究表明 , 藤梨根具有 明显 的抗肿瘤活性和调材藤梨根 的用药安全 , 扰乱了 中 药材市场 的秩序 。
节免疫功能 ,尤其对肠道癌疗效甚佳 [ 3 ’4] 。寻找一种高效 、可靠的 方法来 区分正伪 品 已 成为
许多 中药材经深度加工后 , 形态外观上极其相发展现代化中 医药亟需解决的关键 问题 [5] 。 然而 ,
似 。 此外 ,各类药典 医书对中药材的来源 、地方习 用目 前对藤梨根及其混伪品 猫人参等的鉴定研究大
名等记载有所差别 。 目前 , 中药材大多存在 同名 异多停 留 在传统 的 鉴定方法 上 , 如 饮 片性 状鉴别 、
物和 同 物异名 , 藤梨根亦存在混伪品扰乱市场的现显 微鉴别 、 简单理 化鉴别 等 , 但 准确性 和可 靠性
象 。 因药材饮片外形相似 ,近年来 ,称猴桃科植物镊欠佳
合蹄猴桃 A c t ira id iaiWvat a 或大軒称猴桃 以 DNA 条形码 ( DNAB arco d ing ) 技术为代表

的分子生物学鉴定方法被越来越多的应用于物种
收稿 曰期 :20 15- 1 1-29 的区分鉴定 。 DNA 条形码鉴定技术是通过 比较一
修回 日 期 :20 15- 12_07
*山 东省教育厅 山 东 省高等学校科技计 划项 目 ( J 14LE 1 3 ) :基于 DNA条形 码鉴定沙参属 药 用植物 的关键技术研究 , 负 责人 : 高婷 ; 山 东省 自 然
基金委山 东省 自 然科学基金高校联合专项 资助项 目 ( ZR20 1 3HL02 1) :基于 DNA 条形码的 中药材桔梗分子鉴定研究 , 负 责人 : 高婷 ;青岛市科
技局 青岛 市应用基础研究计划项 目 ( 14- 2-4- 89-j c h ) : 北沙参转录组的 高通量测序及香豆素合成 关键酶的克隆研究 , 负责人 : 高婷 。
* *通讯作者 : 朱珣之 ,副教授 ,主要研究方向 :分子生物学与 生物多样性。
2 14 [WorldSc ienceandTechnology/Mode rnizat ion of Tr adit ional Chines eMedic ineand Ma te ria Medica ]
世界科学技术一中医药现代化★专题讨论 : DNA 条形码技术在中药材及其种源鉴定中的应用
段通用 的 DNA 序列 对物种进行快速 、 准 确地识别1 3 个下载于 G enBa nk(下 载时间 为 2 0 1 5 年 6 月 ) ;
和鉴定 的一种分子生 物学技术 [ 1 1 ] 。 DNA 条形码鉴常见混伪 品猫 人参等样 品 1 2 个 , 其 中 3 个购 自 市
定技术可用于动物 、植物 、真菌的鉴定 , 该技术鉴定场 ( 含 1 个 伪 品 ) , 8 个下载于 Ge n Ban k( 下 载时 间
速度快 , 重复性和稳定性高 ; 非专业 分类鉴定人 员为 2 0 1 5 年 6 月 ) ; 1 个来源于野外采集的新鲜叶 片 ,
亦可操作 ;可 利用互联 网 和信息平台实现统一管理详见表 1 。 实验材料 由青岛农业大学辛华教授进行
和共享 [ 1 2 ] 。 在 中 药材鉴定领域 , IT S2 条形码序 列经典鉴定 ,凭证样本保存于青 岛农业大学植物组标
表现出 良好 的潜力 。 红景天 、金 银花 、羌活 、板蓝根本室 。 此外 , 从 GenB an k 中 下载猕猴桃属 其他 24
等 中药材均进行了ITS2 条形码验证 , 并取得令人满个近缘物种的 7 2 份 ITS2 序列 (表 4 ) 纳人分析 。
意的结果 [ 1 3 _ 1 5 ] 。 已建立 的 中 药 材 ITS 2+pM- iTO //1 . 2 方 法
的 DN A 条形码鉴定 系统有利 于推进中 药鉴定标准 1 . 2 . 1D NA 提取
化和 国 际化 ^ 1 7 】 。 《 中 国药典 》 ( 2 0 1 0 年版第三 增选取无霉变 的药材用 7 5% 的酒精擦拭其表面
补本 ) 现已 收载 中药材 DNA 条形码分子鉴定指导并剪成碎片 , 无 水 乙 醇浸泡 5m i n 脱水 , 避免外 源
原则作为 中药材质量控制 的新方法 | 1 8 ] 。DNA 污染 。 D NA 提取方法参照文献 | 2° ] 。
本研究拟采用 D NA 条形码鉴别物种原则 _ 区 1 .2 . 2PCR 扩 增及 测序
分 中 药材藤梨根及其混 伪 品猫人参 等 , 检验 D NAP C R 引 物 、反应体 系及扩增程 序参照前人研究
条形码技术 的有效性 。方法 |M ] 。 P CR 扩增产物 纯化后 由上海桑尼生物科
, t .,± 技有 限公司采用 AB I3 7 30 正反双 向测序完成 。
1 材料与万法
,
1 . 2 . 3数据分析
1 . 1 材料 利 用 C od o nC od eA l i g n e r3 . 5 . 7 软件对测序所获
实验所取藤梨根 的 1 9 个样 品 , 其中 4 个购 自 市得的 IT S2 序列 进行拼接与 校对 , 利 用 M EGA 5 . 0 软
场 (含 1 个伪 品 ) , 2 个来源于野外米集 的新鲜 叶片 , 件计算各 个样 品 的 K imu ra2-p a ram e te r(K2P) 遗

表 1 藤梨根及常见混伪品样本来源

拉丁 名中文名药材名样品编号采样时间 样品类型登录号
/ 购 头地
Actinidiachinens is中华鄉猴桃藤梨根1河北安 国20 1 3 . 12药材KU 1 707 78
Achimmis中华猕猴桃藤梨根2浙江某地20 1 3 . 1 2药材
Actin idia sp.猕猴桃属某种 藤椠根 (伪品 )3河南 某地20 1 3 . 12药材
Axhinemis中华猕猴桃藤梨根4安徽亳州20 13 . 12药材
, ^?,
KC5 19784

KC5 19785
, KC832302-Ach ̄中 ir猕猴桃 藤裂根5- 14GenB a.k--KC832307 , KC8323 15 ,KC8323 1 6
Actinidiaarguta软奉猕猴桃藤梨根1 5- 1 7GenBank--JF9803 25 , AF3 23835 , AF32383 6
Aarguta软枣称猴桃藤裂根2 6山 东青岛20 1 3 .6新鲜叶片KU 1 7078 I
Aarg uta 软参猕猴桃藤梨根27山 东青岛20 1 3 .6新鲜叶片KU 1 70782
Actinidia vakata摄合猕猴桃猫人参1 8河北安国20 1 3 . 1 2药材KU 1 70779
A mtea镊合猕猴桃猫人参2 1-24GenBank--AF3 23842 ,KC5 1 9762-KC 5 19764
Act inidia macrosperma 欠杆称猴桃猫人参1 9浙江某地20 1 3 . 1 2药材KU 1 70780
A.macrosperma大抒鄉振桃猫人参25GenBank--AF323834
Act inidia ,ip .猕猴桃属某种 猫人参 (伪品 )2 0安徽亳州20 1 3 . 12药材
Apolygama葛奉猕猴桃木天蓼28山 东青岛20 1 3 .6新鲜叶 片KU 1 70783
A .polygama葛枣猕猴桃木天蓼29-3 1GenBank--KC5 1 9765 , KC5 1 9766 , A F323796
[ Wo rld Sc ienceandTe chnology/Modern iza t ionofTradit ion al C hi nes eMed ic ine andM ate ria Med ica]2 15
20 1 6 第十八卷 第二期 * ¥〇1 . 1 8 如.2
传距离 ,并 以 此为基础构建 I TS 2 序列的 N J 树 , N j本共有 2 个单倍型 , 1 5 - 1 7 , 27 号样本序列 均 属 于
树各分支置信度 自举检测 ( bo o t s tra p ) 为 1000 次 ,1 个单倍型 ; 26 号样本序列 属 于 1 个单倍型 , 仅与
依据 Ge n Ban k 在线 B LAST 比对获得序列相似度值 ; 第一单倍型有 1 个位点存在变异 (表 2种 内 K 2P
依据 I TS2 数据库及信息平台预测 ITS2 序列的二级距离为 〇 .〇 〇〇- 〇 . 〇〇5 ,种 内平均 K2P 距离为 0 .0 〇 2 。
结构 [ 2 1 〗 。2 . 2藤梨根与 常见混伪 品种 间 变异
^ 藤梨根各常见混淆品 样品 的 ITS2 序列 长度均2 为 223bP 。 藤梨根与各混淆品种 间 序 列存在较多
2 . 1 藤梨根基原植物种 内 变 异的变异位点 。 种 间 K 2 P 距离 为 0 . 02 8-0 . 1 9 5 , 种 间
1 3 个 中 华猕猴桃 样 品 的 I TS 2 序列 长 度均为平均 K 2 P距离为 0 . 1 20( 表 3) 。其中 , 中华猕猴桃 ( 1,
2 1 9b p ,GC 含量分别 为 5 1 . 6% , 52 . 1 % 。 种 内样本9 , 1 0) 与葛 枣猕猴桃 ( 2 8- 3 1) 遗传距离较近 , 与镊
共 有 2 个单倍 型 , 1 -2 号 , 4-8 号 , 1 1 - 1 4 号样本均合猕猴桃 ( 1 8 , 2 1 -24 ) 和大籽猕猴桃 ( 1 9 , 2 5 ) 距离
属 于一个单倍型 ; 9 、 1 0 号样本序列属 于另一个单倍较 远 ; 软枣猕猴桃 ( 1 5 , 26) 则 反之 , 与镊合猕猴桃
型 , 与第一单倍型有 2 个位点存在变异 , 其他各个位和大籽猕猴桃遗传距离较近 , 而与葛枣猕猴桃距离
点 碱基均无差异 ( 表 2 ) 。 种 内 K2 P 距离 为 0 . 0 00 -较远 。
0 . 005 , 种 内平均 K2 P距离 为 0 . 00 1 。2 . 3藤梨根及其 常见混伪 品 I TS2 序 列 的 二级结构
5 个软枣猕猴桃种 内样 品 的 ITS 2 序 列 长度均本研 究选 取 藤梨根 与其 常 见 混 伪 品 种进 行
为 2 2 0b p ,GC 含量分别为 6 2 . 3% , 6 2 . 7% 。 种 内样IT S 2 序列二级结构 预测 , 如 图 1 。 藤梨根与其常 见
混伪品 的 4 个螺旋区 在茎环数 目 、 大小 、 位 置及螺
表 2 藤梨根 ITS2 序 列的种 内变异位点旋发 出 角 度均有较大差异 。 例如 , 中 华猕猴桃在螺
旋区 I 有 5 个茎环 , 2 大 3 小 ; 葛枣猕猴桃在螺旋 区
1 80 bp203 bp42 bp丨 有 4 个茎环 , 1 大 3 小 。 由二级结构预测图 可知 ,
中华称猴桃I i_2 ,4-8 , 1 1- 1 4GC中 华称猴桃与 其混伪品 的 ITS 2 序列一级结构有 明
I I9 , 10TT 显差异 。
软朿猕猴桃I1 5- 17 , 27 C2 .4 称猴桃属 N J 树聚 类分析及伪品 鉴定
u26T从 GenB an k 中 下载猕猴桃属其他 24 个近缘物
种 的 72 份 I TS 2 序列信息 ( 表 4 ) ,结合本实验数 据
表 3 藤梨根与常见混伪 品种 间 K2P 距离共 1 0 3 份样本共同构建 NJ 树 , 见 图 2 。 从 N J 树 中
样本编号^i^^可 以看 出 藤梨根基原植物 中华猕猴桃不 同来源 的
3^^^^ ̄样 品 聚在一支 ; 藤梨根 另一基原植物软枣猕猴桃聚
190 128〇 1230. 1 10〇. 1 16在另一支 ; 同 时藤梨根 的混伪 品 葛枣猕猴桃 、镊合
25〇 1 28〇

] 2 3〇 n〇〇 1 1 6猕猴桃和大籽猕猴桃也各 聚为一支 。 葛枣猕猴桃与
18〇 , 22〇 n 7〇 1〇4〇 1 ] 〇软枣猕猴桃 、 镊合或大 籽猕猴桃聚 的较近 , 而 与 中
2 1〇 1 34〇128〇〇6〇m华猕猴桃聚 的较远 。 藤梨根与其混伪 品很容易加 以
区分 。
220 . 1 220 . 1 1 70. 1040 . 1 1 0
230, 220 . 1 , 7隨0, , 0鄕大多数 同种M桃属 物种 能够聚,1上 ,这表明 ITS 2 条形码序 列鉴定能力较强 ; 但也存am0. H7〇 - i 〇4_錄分样^未能贿的雜-支上 , 例如安息香猕
° ' 139〇 ' 133猴桃 的 3 个样 品 。 这种 现象的存在说明 基于 IT S2
° ' 150°' 1 44条形码序列构建 N J 树对大量样品 的物种鉴定存在
0 0580 0530 - 1 390 - 133
一定局 限 。 结合 N J 树聚 类及 B LAST 在线 比 对结
_8〇 -〇530A39〇 - 1 33果 ( ITS2 序 列 相似度 均 为 1 00% ) 预 测 : 2 0 号混伪
_^ ^ ^^1—品应 为葛枣猕猴桃 ; 3 号混伪品 可能为河南猕猴桃
2 1 6[World, Sci enceandTechno logy/Modernizationof Trad it io na lCh in ese Medi c in ean dMa t er iaMedica ]
世界科学技术一中医药现代化 ★专题讨论 : D NA 条形码技术在中药材及其种源鉴定中的应用
A ct i n id iahe nanen s isAc t in idia流程建设 | 1 _ | 。 I TS 2 序列 条形码鉴定技术 已 广泛应
ca ll o sav a r . s tr ig i l lo sa 。 用 于中 药材 的混伪 品鉴定 中 心― 24 】 。 C he n 等 以 IT S2

为主体序 列 , 为辅助序 列创建 了 中药材
D NA 条形码鉴定体系 对植物 类 中 药 材进行鉴定 。
中药材相关 出 口 贸易 近年来迅速增 加 , 这就要在 2 0 1 0 版 《 中 国药典 》 增补 本 中 列 入的 “ 中药材
求一种高效 、便捷的方法能在短时间 内 鉴定大量 中DNA 条形码分子鉴定指导原则 ” 将 ITS2 序 列列 为
药 材 的 真伪 , 传统 的鉴 定方法 无法很好 的满足 要植物类药材核心条形码序列 。
求 。 D NA 条形码鉴定技术 为 中药材快速 、准确 鉴定本实验利用 ITS2 序列 对藤梨根及其常见混伪
提供了一个强大 的工具 , 加快 了 中药材 鉴定标准化品猫人参等进行鉴别 , 研究发现依据 ITS2 序列 的种
mWW

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尹*晨'*
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I : I I

1 8 ’■? 、贫,必
IIr ?, ?, :*>?-*
/〇辦 :吟浐
中华#猴桃 A c/z /weAM’/s葛 参猕、猴桃 /i .po /ygama
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…Ar
摄合称猴桃 Avcr /v〇f^7软参称猴桃 Aflrgw/fl
图 1 藤梨根及其常见混伪品种的 ITS2 序 列二级结构
[ World.Sc ienceandTechno logy/Mode rn iza tion of Tradi ti ona lCh ineseMedi c ine and Mat eriaMedica]2 / 7
20 1 6 第十八卷 第二期 ★ V〇 1 . 1 8 N〇 .2
 表 4 猕猴桃属植物样品表
拉丁 名 中文名 ITS2 序列号
A .melanandra 黑蕊猕猴才此 AF4432 1 1 , AF323 82 1 ,AF323 820 , AF323808
A eriantha毛花猕猴桃AF44320 1 , AF323 800
A . erianthaf.cdba 白花毛花猕猴桃AF32380 1
A. rufa 腺齿猕猴桃 JF9 80333 ,AF3 23839 , AF323838
A.fulvicoma var. lanata绵毛称狼桃AF323799
Afdvkoma 黄毛猕猴桃 KC5 19745 , KC5 19742
A .henanensis 河南猕猴桃AF323841 ,AF323 840
狗奉猕糇桃 AF323837
A .macrospermavar.mumoides掩叶称狼桃AF323832 , AF323 83 1
A .deliciosa美味猕猴桃 AF323830 ,L42 1 97 , KC5 1 9786-KC5 1 978 8 , KC832308-KC83 23 14
A . cal osa var. strigillosa毛叶硬齿鄉猴桃AF323826-AF323 829
A .callosa va r.henryi 京梨猕猴桃 KC5 197 53
A . callos avar. discolor^AF323803 ,AF323 804 , KC5 19739
A latifolia阔叶猕猴桃 ?AF323825 ,KC5 1974 1 , KC5 1 9738
A .styracifolia 安息香猕猴桃AF323822-AF323 824
A .zhejiangensis 浙江猕猴桃 AF3 238 17-AF3238 19
桃花鄉猴桃AF3238 14-AF3238 16
A .sabiifolia清风藤猕猴桃 AF3238 12 ,AF3238 1 3
A .  indochinensis 中越猕猴桃AF3 23809-AF323 81 1 , KC5 1 9767 ,KC5 1 9768
A. cyli ndricavar.re ticulata网脉称猴桃 AF323806 , AF323807
A .cylindrica柱果猕猴桃KC5 19746 , KC5 19748-KC 5 19749
A .hems leyam 长叶猕猴桃 AF3 23802 ,KC5 1 978 1 -KC5 19783
A .glaucophylh 华南猕猴桃AF3 23798
A c /wys anf/w金花猕猴桃 AF3 23797 , KC5 197 54-KC5 1975 5 , KC5 1975 2 , KC5 1 9740
内种 间距离 、 N J 树及二级结构均可把藤梨根与其常的不 足之处在于部分物种 的基原植物样本采集量
见混伪 品 区 分开 。 ITS 2 条形码分子鉴定与经典形较少或未采集到样本 , 部分物种 的分析数据仅来 自
态分类结果 可以 很好的吻合 : 在药店或 药材市场购于 GenB an k , 后续有待进一步采集样本 , 补充验证 。
买的藤梨根和猫人参样 品均存在一定混伪品现象 ,本研究将 DNA 条形码鉴定技术应用于藤梨根
依据分子手段可 以进一步实现混伪 品的准确鉴定 。 及其混伪品 的鉴定区分中 , 为藤梨根真伪鉴定提供
IT S2 序列仍存在一定的局限性 , 推广应用 到猕猴桃了一种可靠 、稳定 、有效的手段 , 是传统鉴 定技术的
属大量物种鉴定时存在部分分类混乱 。有效补充 。 该技术为中 药材基原物种鉴定提供了有
本实验中购 自市场的藤梨根饮片来 自 猕猴桃属力 的科技支撑 ,将在 中药材及 中成药流通监管 、 道
植物 的根 ,将其洗净 , 晒干而成 , 切 碎而后进行人药地药材鉴别 、 保健食品 和食品质量安全控制等领域
使用 。 因饮 片仅仅简单切 制 、 低温 干燥 , 未 进行深发挥重要作用 [ 1 7 1 。 同时 , 随着 DNA 条形码技术 与
度炮制 , 因此药材 的 DNA 未严重降解 , 因此在本实计算机信息 系统 的结合 , 二维 DNA 条形码 的 出 现
验 中可以 成功进行 DN A 提取 、扩增 、测序 。 而对 于将会大大推进中药鉴定数字化和标准化进程 | 26 '2 7 1 。
一 些经过深度炮制加工的饮片 , 或储存时间较久 、
贮藏养护方式不当 的 中 药材 、 饮片等 , D NA 条形码致谢 : 感谢 中国 海洋大学侯俊硕 士为本研究提供的
分子鉴定法则 可能具有局限性 [” , 25 ] 。 此外 , 本研究实验帮助 。
2 1 8[WorldSc ienc eand Techn ology/Modern izat ionofTraditiona lCh ine seMedic i neand Mat eria Medi ca ]
世界科学技术一中医药现代化★ 专题讨论 : D NA条形码技术在中约材及其种源鉴定中的应用
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图 2 基于 ITS2 序列构建的猕猴桃属植物 NJ 树
注 : b oo t s t rap1000 次 重复 , 支上数值仅显示 自 展支持率 彡 5 0%
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20 1 6 第十八卷 第—期 ★ V 〇1. 18 N o .2
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83 3 7 .2 1S chu h zJ ,Mu ll e rT ,A c h t zi ge rM, e tal .The i n te rn altran sc r i bed
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DNAMo l ec u l ar I dent i ficat i ono fRad ixA c t in i d ia eBa sedo nITS 2Seq u en ce
GaoTing1 , ZhuXunzhi 丨 ? 2
( 1 .KeyLa b o rat o ryofPla ntB io te chno logyin Unive rs i tie sof Sh ando ngProv ince ,Co l legeojL ifeScien ces ,Q ing da o
Agr icu l t uralUniv ers ity,Q ingda o 2 661 09,Ch ina ;Sch oo lof B io l ogyand Chem i ca lEngin eeri ng ,ji angsu
Univers i tyof Sc ienc eandTechno logy,Zhenj iang2J 20 1 8,China)
A bs tr ac t :Thegoalo f th ein v e s t iga t i onwast oi dent i fyRad ixAc t in id iae (t eng l igen)from i tscomm onadu l teran ts
u s ingDNAb arc ode ( ITS 2) .DNAsfromRadi xAc t i ni di aeandi tsc omm onadu l t eran tssamp le swe reab s t ra c ted
th enpu r i fiedb yPCR .ITS 2reg io nsof thesamp le swer es equ en ce dandob ta i nedfromt hepur ifi edPCR
p rod u ct s .C odoC od eA li gne r3 . 5 . 7w asp e rfo rme dt oas semb l et h eITS2s equen c e s .I n ter —andin tra— sp e c i fic
K im u ra2 ̄P a rame te r(K2P)d i s t anc e swe reca l cu la tedb yMEGA5 .0sof twa re .Then th eNe igh bo r - Jo in ing(NJ )
t re ewasbu i l t .A tlas t ,IT S2sec onda rys truc tu re swer epred i ct ed ,wh i ledi fferen c e sam ongthes tru ctu re swe re
fou nd .I twa sfou ndth a tRad ixAc t i nidi aeder iv edfromtwod i ffe ren torig in alp la nts .Theav e rageint ra— sp ec i fic
K2 Pd i s ta nc e so f t hetwoo r ig in a lpl an t swe re0 . 00 1and0 .002 ,re spec t ive l y ,wh ichwerefa rl owe r thanth e
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spe c i fi cK2Pd i s t anc e ,0 . 1 2 0 ,fromRad ixAc tin idi aeand i t scomm onad ul t e rantssam p les .Radi x
A c t in id i a ewa sa l sod i s t i ngu i sh edfromi tsadu l t erant sw i thNJt reeands econd arys t ruc tu reofITS2 .H owever ,
ITS2wa sfa i led ini den t i fy inga l lth esp ec i e sin th egen usAc t in idi athro ughN Jtree .I tw asc onc lu d ed tha tITS2
c anb ereg ard eda sava lu ablem a rkerfor id ent ifi ca ti ono fRad ixAc tin id iaefrom i tsadu lt erant sw i t heffi ci ency
an daccu rac y ,wh i chc om p lem entedth ede fe c tsoft rad i t i ona liden t ific a t io nm e th ods .
K eywo rd s :Rad ixAc t ini d i ae ,DNAb arc od i ng ,ITS2 ,m o le cu la r id ent i fica t i on
(责任编辑 : 马雅静 张志华 , 责任译 审 : 朱黎婷 王 晶 )
220[World. Sci en ceandTechnology/Modern izat ionof Tradit iona lCh inese Med ic ineand Mat eriaMed ica ]