免费文献传递   相关文献

版纳甜龙竹DNA提取方法及AFLP反应体系建立研究



全 文 :华北农学报·2010,25(增刊) :32 -37
收稿日期:2010 - 04 - 04
基金项目:中科院方向知识创新项目“热带优质笋材竹种筛选评价与开发利用”;国家科技部基础条件平台项目(2004DKA30400-05-01-02)
作者简介:杨 清(1969 -) ,男,重庆忠县人,副研究员,博士,主要从事植物遗传多样性研究与森林培育工作。
通讯简介:孙启祥(1967 -) ,男,安微巢湖人,研究员,博士,主要从事森林培育与生物多样性保护研究。
版纳甜龙竹 DNA提取方法及 AFLP
反应体系建立研究
杨 清1,2,苏光荣3,韩 蕾4,王正良1,孙启祥4,彭镇华4
(1.中国科学院 西双版纳热带植物园,云南 勐腊 666303;2.国际竹藤网络中心,中国林业科学研究院 研究生院,
北京 100091;3.云南省景洪市林业局,云南 景洪 666100;4.中国林业科学研究院 林研所,北京 100091)
摘要:用改进的 CTAB法,在提取液中加入 2% PVP (V/V)和 2% β-巯基乙醇,提取到了高质量的基因组 DNA,
OD260 /OD280在 1. 7 ~ 1. 9 之间,蛋白质、多酚类、色素、RNA 等去除较彻底,适于 AFLP 分析。通过对版纳甜龙竹 DNA
提取、酶切连接、预扩增、选择性扩增等试验过程中各关键因素的比较研究,建立了优化的 AFLP 分子标记体系,得到
了清晰的 AFLP银染指纹图谱,试验结果重复性好。从 64 对 Mse I和 Pst I引物中筛选出 8 对扩增效果好的引物,利
用筛选出 8 对引物对 30 份材料进行分析,共扩增出 256 条多态性带,获得 32 490 个扩增位点,有 13 289 个位点具有
多态性,平均每对引物获得 4 061. 25 个扩增位点,其中具有多态性的位点为 1 661. 125 个,平均多态检出率为
40. 90%,8 对引物组合对版纳甜龙竹 30 个个体的区分率达到 100%。表明 AFLP用于版纳甜龙竹种内不同材料间的
遗传变异性分析是可行的 。
关键词:版纳甜龙竹;DNA提取;AFLP;影响因素
中图分类号:S795. 03 文献标识码:A 文章编号:1000 - 7091(2010)增刊 - 0032 - 06
Study on Genomic DNA Extraction Method and AFLP Amplification Reaction
System of D. hamiltonii Nees et Arn. ex Munro
YANG Qing1,2,SU Guang-rong3,HAN Lei4,WANG Zheng-liang1,SUN Qi-xiang4,PENG Zhen-hua4
(1. Xishuangbanna Tropical Botanic Gardens,Chinese Academy of Science,Menglun 666303,China;
2. Graduate School of International Centre for Bamboo and Rattan & Chinese Academy of Forestry,
Beijing 100091,China;3. Forestry Department of Jinghong City in Xishuangbanna,
Jinghong 666100,China;4. Forestry Institute of Chinese Academy of Forestry,Beijing 100091,China)
Abstract:The study on extraction of DNA with improved CTAB (cetyl-trimethyl-ammonium bromide)method
from Dendrocalamus hamiltonii Nees et Arn. ex Munro. It showed that CTAB buffer supplemented with 2% PVP
(poly vinyl pyrrolidone)and 2% β-Mercaptoethanal was suitable for the genomic DNA extraction of D. hamiltonii
Nees et Arn. ex Munro,with OD260 /OD280value of 1. 7 - 1. 9,representing high purity of the extracted DNA and the
complete elimination of protein,phenol,pigment and RNA. Thus the improved CTAB method was approved suitable
for further AFLP analysis of D. hamiltonii. Some key factors affecting DNA extraction,restriction-ligase reaction,pre-
amplification and amplification processes were studied and an optimized AFLP reaction system of D. hamiltonii was
established. With this AFLP reaction system,clear DNA electrophoresis fingerprints of D. hamiltonii were obtained,
and the reproducibility was high. Eight primer combinations were filtrated from sixty and four pair with Mse I and
Pst I,8 primer combinations with stable amplification and rich polymorphism for AFLP were screened,256 DNA
bands were amplified by eight pairs of AFLP primers and 40. 90% polymorphic bands per pair of primer were pro-
duced on average,which had 32 490 distinct and strong amplification bands with a bright background and 13 289 of
them were polymorphic bands from 30 individuals of D. hamiltonii,we can entirely distinguish 30 individuals by 8
增刊 杨 清等:版纳甜龙竹 DNA提取方法及 AFLP反应体系建立研究 33
primer combinations,which indicates that A FLP markers are useful for genetic analysis of D. hamiltonii
Key words:Dendrocalamus hamiltonii Nees et Arn. ex Munro;DNA extraction;AFLP;Influential factor
版纳甜龙竹(Dendrocalamus hamiltonii Nees et
Arn. ex Munro)属禾本科(Gramineae)竹亚科(Bam-
busoideae)牡竹属(Dendrocalamus)[1,2],是集笋用、
材用、观赏于一身的极具开发利用价值的优良笋材
竹种[3 - 7],是世界上有名的三大甜龙竹之一。作为
热带地区重要的优质笋材,在东南亚国家和我国西
双版纳、思茅等地的民间已广泛栽培。经过多种生
态环境条件的驯化和人工选择培养,已形成了丰富
多彩的遗传资源。关于版纳甜龙竹多样性及亲缘关
系的研究,国内外研究报道几乎没有。
AFLP (Amplified fragment length polymor-
phisms)是一种新的 DNA 分子标记技术,结合了
RFLP的专一性和 RAPD 技术的优点,具有高效、快
速、稳定、可靠等特点[8 - 13]。已广泛用于植物种质
鉴定、遗传图谱构建、目的基因定位、遗传多样性分
析等方面研究[14 - 22]。在很多竹类植物的遗传分化
研究中也得到了应用[23,24]。但是,由于 AFLP 技术
要求高,过程复杂,针对不同的植物往往需作一些技
术上的改进,因而试验体系的建立成为遗传多样性
研究的首要任务。本研究以版纳甜龙竹为材料,探
讨了 AFLP 分子标记各个步骤的影响因素,并对
AFLP反应体系各关键因素进行优化,建立版纳甜
龙竹 AFLP反应体系,为进一步研究版纳甜龙竹遗
传多样性、亲缘关系及遗传分化,对种源区划、种质
资源收集保存与遗传改良也具有一定的借鉴意义。
1 材料和方法
1. 1 试验材料
根据文献调研与实地考察,共收集了版纳甜龙
竹(D. hamiltonii)材料 30 份(中国各地 29 份,印度 1
份)。样品的采集按群体取样的方法进行,每个群
体至少相隔 50 km以上,每个群体各取 10 株个体的
新鲜叶片,采无病虫害的幼嫩叶片,以 5 倍量的变色
硅胶(青岛海洋化工有限公司)在 12 h内快速干燥。
表 1 AFLP接头和引物序列
Tab. 1 The adapters and primers sequence in the AFLP experiment
DNA接头和引物
Adapters and primer
核苷酸序列
Sequence of the
nucleotide acid
备注
Remark
EcoR I接头 1 EcoR I adapter 1 5 > CTC GTA GAC TGC GTA CC < 3 连接接头
EcoR I接头 2 EcoR I adapter 2 5 > AAT TGG TAC GCA GTC TAC < 3 连接接头
Mse I接头 1 Mse I adapter 1 5 > GAC GAT GAG TCC TGA G <3 连接接头
Mse I 接头 2 Mse I adapter 2 5 > TAC TCA GGA CTC AT < 3 连接接头
EcoR I 引物 EcoR I primer
EcoR I 预扩增引物 EcoR I primer in pre-amplification 5 > GAC TGC GTA CCA ATT CA < 3 预扩增
E-AAC 5-GACTGCGTACCAATTCAAC-3 选择性扩增
E-AAG 5-GACTGCGTACCAATTCAAG-3 选择性扩增
E-ACA 5-GACTGCGTACCAATTCACA-3 选择性扩增
E-ACT 5-GACTGCGTACCAATTCACT-3 选择性扩增
E-ACC 5-GACTGCGTACCAATTCACC-3 选择性扩增
E-ACG 5-GACTGCGTACCAATTCACG-3 选择性扩增
5-GACTGCGTACCAATTCAGC-3 选择性扩增
5-GACTGCGTACCAATTCAGG-3 选择性扩增
Mse I引物 Mse I primer
Mse I预扩增引物 Mse I primer in pre-amplification 5 > GAT GAG TCC TGA GTA A C < 3 预扩增
M-CAA 5-GAT GAG TCC TGA GTA ACAA-3 选择性扩增
M-CAC 5-GAT GAG TCC TGA GTA ACAC-3 选择性扩增
M-CAG 5-GAT GAG TCC TGA GTA ACAG-3 选择性扩增
M-CAT 5-GAT GAG TCC TGA GTA ACAT-3 选择性扩增
M-CTA 5-GAT GAG TCC TGA GTA ACTA-3 选择性扩增
M-CTC 5-GAT GAG TCC TGA GTA ACTC-3 选择性扩增
M-CTG 5-GAT GAG TCC TGA GTA ACTG-3 选择性扩增
M-CTT 5-GAT GAG TCC TGA GTA ACTT-3 选择性扩增
所用主要试剂:Pst I 接头、Mse I 接头及引物均
由北京鼎国生物技术有限公司合成(接头与引物序
列见表 1)。Pst I、Mse I 内切酶、Taq 酶、dNTP、
DI2000 marker、T4 连接酶均来源于北京鼎国生物技
术有限公司。
所用主要仪器设备有:UV2550 型紫外分光光
34 华 北 农 学 报 25 卷
度仪(日本岛津公司) ;离心机(Sigma 3K-30 型) ;
PTC-200PCR 仪(MJ 公司) ;Power /PAC Basic 电泳
仪、Power /PAC-3000 电泳仪(BIO. RAD 公司) ;Gene
Amp PCR System 9600 (Perkin Elmer,USA) ;Sigma
3K18 型低温冷冻离心机(Sigma,USA) ;测序仪 ABI
PRISM 377 sequencer等。
1. 2 试验方法
1. 2. 1 DNA提取及质量检测
1. 2. 1. 1 DNA提取 根据邹喻苹[25,26]的 CTAB 法
作了改良,采用改进的 CTAB裂解一硅珠吸附法,提
取总 DNA。主要是在 2 × CTAB 提取缓冲液中加入
60 μL 2% PVP (Polyvinylpyrrolidone,聚乙烯吡咯烷
酮)、2% β-巯基乙醇(β-Mercaptoethanol,BME) ,其
他方法都一样。
1. 2. 1. 2 检测 DNA质量 采用 0. 8%琼脂糖凝胶
电泳和紫外吸收法。取 15 μL DNA 样品加入超纯
水稀释 100 倍,用紫外分光光度计检测,并根据
A260 /A280和 A260 /A230比值判断 DNA 纯度,根据 A260
值计算 DNA浓度[DNA浓度(μg /mL)= 50 × A260 ×
稀释倍数]和 DNA 得率[DNA 得率(μg /g)= DNA
浓度 ×体叶片量(g) ]。
1. 2. 2 AFLP反应体系得建立与优化 版纳甜龙竹
AFLP反应体系得建立参照 Vos 等[12]的方法,并对
各关键影响因素进行优化。酶切和连接使用北京鼎
国生物技术有限公司 FISH. AFLP 试剂盒。各体系
见表 2。
表 2 AFLP反应体系
Tab. 2 The Systems of AFLP Reaction
酶切连接体系
Digestion & Ligation
预扩增体系
Pre-amp lification
选择扩增体系
Selective Amplification
4 μL DNA(50 ng /μL) 2 μL 酶切连接模板 2 μL 预扩增稀释样品
2. 5 μL 10 x Reaction Buffer 1 μL Pre-ampmix 2. 5 μL 10 x PCR buffer
2. 5 μL 10 mmol /L ATP 1 μL dNTPs 0. 5 μL dNTPS
1 μL T4 Ligase 2. 5 μL 10 x PCR buffer 1 μL EcoR I primer
1 μL Adapter 0. 5 μL Taq DNA polymerase 1 μL Mse I primer
2 μL EcoR I /Mse I 0. 5 μL Taq
7 μL AFLP-Water 补足 dd H 18 μL 补足 dd H 17. 5 μL
总体积 20 μL 总体积 25 μL 总体积 25 μL
1. 2. 3 AFLP关键步骤的优化
1. 2. 3. 1 模板 DNA 的获得 将改进的 CTAB 法提
取的版纳甜龙竹 DNA 用 1 × TE 稀释并标定到 50
ng /μL作为模板,比较不同模板浓度(50,100,150,
200,250,300 ng)对 AFLP 反应的影响。分别提取 3
次,用于后续的 AFIJP 流程以检验版纳甜龙竹 AFLP
标记体系的重复性。
1. 2. 3. 2 限制性酶切和连接 采用 Pst I和 Mse I双
酶切模板 DNA,酶切连接分两步进行。双酶切反应
体系按北京鼎国生物技术有限公司的内切酶产品说
明设计,酶切时间设 3,4. 5,6,7. 5 h 共 4 个处理,分
析不同的酶切时间对酶切效果的影响。在 PCR仪上
37℃酶切后,80℃灭活酶 20 min 以终止反应;然后用
加入接头连接液,16℃连接过夜。酶切产物用 1. 2%
琼脂糖凝胶电泳检测,5 V /cm电泳 30 min。酶切、连
接体系见表 2。
1. 2. 3. 3 预扩增 预扩增体系见表 2。将酶切连接
产物稀释 10 倍作为预扩增模板,采用 2 组 DNA样品
从 64 对 EcoR I + A /Mse I + C 引物组合,选择性扩增
采用 EcoR I + 3 /Mse I + 3 引物组合,筛选出扩增图谱
清晰的 8 对进行选择性扩增反应(表 2)。PCR 扩增
程序为:94℃ 2 min,1 个循环;94℃ 30 s,56℃ 30 s,
72℃ 80 s,72℃ 5 min,PCR扩增循环 30 轮;4℃保存。
预扩增产物用 1. 5%琼脂糖凝胶电泳检测,5 V /cm
电泳 30 min。本试验采用带有 1 个选择性碱基的引
物来进行预扩增。EcoR I的碱基序列为 5-GAC TGC
GTA CCA ATT CA-3,Mse I 的碱基序列为 5-GAT
GAG TCC TGAGTA AC-3。连接完后的 DNA 稀释浓
度设了 5 倍、10 倍、20 倍和 50 倍 4 个梯度,比较不同
倍数对预扩增的影响。
1. 2. 3. 4 选择性扩增 选扩体系见表 2。将预扩产
物 1∶ 20 稀释,作为选扩模板,用以上的反应条件,筛
选了 64 对 AFLP扩增引物组合。按下列参数在 Gene
Amp PCR System 9600(Perkin Elmer,USA)上进行
PCR循环:94℃ 30 S,65℃ 30 s,72℃ 80 s;以后每轮
循环温度递减 0. 7℃,扩增 12 轮;最后按下列参数扩
增 23 轮:94℃ 30 s,55℃ 30 s. 72℃ 80 S;4℃保存。
1. 2. 3. 5 AFLP扩增产物的银染检测 本研究采用
荧光标记引物扩增产物在自动测序仪上扫描鉴定。
2 结果与分析
2. 1 DNA提取及检测结果
利用 SDS法和传统 CTAB 法直接提取版纳甜龙
竹 DNA,其氯仿抽提后样液颜色为棕褐色或棕黄色,
杂质含量较多,以这两种方法提取的总 DNA为模版,
进行 PCR扩增,不能得到清晰的条带,说明 SDS法和
增刊 杨 清等:版纳甜龙竹 DNA提取方法及 AFLP反应体系建立研究 35
传统 CTAB法不适宜版纳甜龙竹 DNA提取。本试验
对原 CTAB法进行了改良:在提取液中加入 2% PVP
(V /V)、2%的 β-巯基乙醇,在裂解液中加入 20 μL 3
mol /L NaAC,-20℃沉淀 1 h。紫外分光光度法检测表
明,用改进的 CTAB 法,得到的 DNA 量多色浅,电泳
结果显示提取的 DNA 较完整(图 1) ,所提取基因组
DNA主带清晰,无降解,无 RNA,样品间均匀。新鲜
叶片的 DNA得率在 72 ~ 100 μg /g,表明该法能较完
全地去除蛋白质、酚类及多糖类等杂质,提取时残留
的氯仿、乙醇、无机盐等小分子也基本去除,即 DNA
纯度符合质量标准,已达到 AFLP分析下游操作的要
求。所提取的版纳甜龙竹 DNA A260 /A280在 1. 7 ~ 1. 9
范围内。
图 1 改良 CTAB法提取版纳甜龙竹的总 DNA电泳检测
Fig. 1 The electrophoresis of genomic DNA of
D. hamiltonii by modified CTAB extraction
2. 2 AFLP体系得建立与优化结果
2. 2. 1 模版 DNA 的准备 本试验所设置的 50 ~
300 ng 6 个版纳甜龙竹 DNA 模板浓度,均能得到清
晰的 AFLP图谱,表明版纳甜龙竹 AFLP体系对 50 ~
300 ng范围内的模板 DNA浓度变化不敏感。
2. 2. 2 酶切与连接 本试验采用 Pst I与 Mse I限制
性内切酶双酶切,酶切产物在凝胶上呈现出连续的大
小不同的 DNA 片段,表明 DNA能被 Pst I与 Mse I彻
底消化。对设置的 5 个酶切时间进行分析,结果发现
3 h酶切 DNA主带未消失,酶切不完全;4. 5 h部分酶
切片断较大,酶切也不完全;6,7. 5 h,酶切完全,片断
大小在 400 bp,符合 AFLP酶切的技术要求。考虑到
试验效率问题,采用 6 h作为酶切时间比较适宜。
2. 2. 3 预扩增 预扩增产物的电泳结果表明,预扩
增片段范围较大,一般在 100 ~ 750 bp,扩增信号较
强,各样品间相对一致,表明基因组 DNA的提取和酶
切连接操作符合要求。稀释 10 倍到 50 倍都能得到
选择性扩增产物,稀释 20 倍的 DNA与稀释 10 倍、50
倍差异不大,以稀释 20 倍扩增效果最好,稀释 50 倍
时扩增产物条带电泳检测亮度较弱。
2. 2. 4 选择性扩增反应体系得筛选 通过对影响选
择性扩增反应的关键因素(Mg2 + 浓度、dNTP 浓度、
Taq酶浓度、引物浓度、预扩增产物用量)进行对比研
究,筛选出 20 μL选择性扩增体系中各关键因素的最
适用量为:2. 5 mmoL /L Mg2 +、0. 8 mmol /L dNTP、1 U
Taq、0. 5 μmol / /L 引物、1. 5 μL 预扩增稀释 20 倍
DNA,选择性扩增产物稀释 10 倍后,在 ABI 377(ABI
PRISM 377 sequencer)型自动测序仪上经 6%聚丙烯
酰胺凝胶电泳检测,得到了清晰、多态性好的电泳
谱带。
图 2 引物 E-AAC/M-CTA在 30 份版
纳甜龙竹种质资源的扩增图谱
Fig. 2 AFLP amplification patterns in 30
D. hamiltonii materials by primer E-AAC/M-CTA
表 3 版纳甜龙竹种质资源 AFLP分析所
选用的引物组合及其扩增结果
Tab. 3 The amplification results of AFLP
primer combination in D. hamiltonii Samples
引物
Primer
combination
扩增位点数
No. of
amplified loci
多态位点数
No. of
polymor-
phic loci
多态位点
的比例 /%
Ratio of
polymorphic
loci
E-ACT /M-CTC 6-6 3 600 1 377 38. 25
E-ACC / M-CTA 7-5 4 050 1 549 38. 25
E-ACC / M-CAG 7-3 4 200 1 531 36. 45
E-ACA / M-CAT5-4 4 260 1 730 40. 61
E-ACA / M-CTT5-8 4 050 1 830 45. 18
E-ACT / M-CAC6-2 4 470 1 657 37. 07
E-ACT / M-CTT 6-8 4 320 2 049 47. 43
E-ACT / M-CTG6-7 3 540 1 566 44. 24
总计 Total 32 490 13 289 40. 90
注:E. EcoR Ⅰ;M. MseⅠ.
2. 2. 5 引物对的筛选及重复性试验 通过观察比较
不同引物扩增位点的数量和带的清晰度,从 64 对 E-
3 /M-3 引物组合中选出扩增带纹丰富、清晰,且多态
性位点百分比较高的引物组合 8 对,分别是 E-AAC /
M-CAC、E-AGC /M-CAA、E-ACT /M-CTC、E-ACT /M-
CTC、E-ACT /M-CTC、E-ACT /M-CTC、E-ACT /M-CTC、
E-ACT /M-CTC。并利用这 8 对引物对 30 个 DNA 样
品进行了 PCR 扩增,图 2 为引物 E-AAC /M-CTA 在
30 份版纳甜龙竹材料的扩增图谱。根据数据统计分
析结果显示 8 对引物扩增出的位点数比较接近,在
3 540 ~ 4 470 之间,扩增位点数最多的是引物 E-ACT
/ M-CAC,为 4 470 点;扩增位点数最少的是引物 E-
36 华 北 农 学 报 25 卷
ACT / M-CTG,为 3 540 点。多态性检出率最高的是
引物 E-ACT / M-CTT,获得 2 049 个多态性位点,多
态率达到 47. 43%;多态性检出率最低是引物 E-ACC
/ M- CTA 和 E-ACT /M-CTC,为 38. 25%。8 对引物
在 30 份材料中共获得 32 490 个扩增位点,有 13 289
个位点具有多态性,平均每对引物获得 4 061. 25 个
扩增位点,其中具有多态性的位点为 1 661. 125 个,
平均多态检出率为 40. 90%,8 对引物组合对版纳甜
龙竹 30 个个体的区分率达到 100%。这也表明版纳
甜龙竹遗传背景的复杂性,另一方面也表现出各变异
类型的共同性。这为后续的不同地理种群版纳甜龙
竹 AFLP分析奠定了基础。
3 讨论
由于 AFLP 分析对供试 DNA 的要求高,所以提
取高质量、高纯度的 DNA 是 AFLP 分析成功的关键
之一。传统的 CTAB 法不适宜版纳甜龙竹 DNA 提
取,其氯仿抽提后样液颜色为棕褐色或棕黄色,提取
的 DNA纯度不够,所含色素和酚类物质较多,这些色
素类物质和氧化后的酚类物质与 DNA 共价结合,使
DNA带棕色或褐色,在反应体系中抑制了 DNA 特殊
片段的扩增反应。针对版纳甜龙竹色素和酚类物质
较多的特点,在 CTAB 提取液中添加较高浓度的
PVP40(V /V)和 β-巯基乙醇,能够有效地去除多酚
类、色素等物质的影响,提高 DNA的纯度。进一步的
AFLP分析证明,用改进的 CTAB法,在提取缓冲液中
加入 2% PVP40(V /V)和 2% β-巯基乙醇所提取的
DNA符合 AFLP分析要求,条带丰富,多态性高。
版纳甜龙竹 AFLP分析过程中的影响因素较多,
除对模板 DNA的质量要求较高外,引物的筛选、酶切
连接与预扩增反应体系、选择性扩增反应体系中各关
键影响因素的浓度都很关键。DNA 模板的质量和浓
度是影响 AFLP 扩增结果的一个重要因子。本试验
表明版纳甜龙竹 AFLP扩增对模板 DNA 浓度要求不
高。在香蕉等植物中,也同样发现 AFLP对模板浓度
不敏感[17]。
酶切时间是双酶切时易忽视的问题,但却是酶切
成败的关键。不同的植物酶切时间变化很大,从 2 ~
14 h[17,18]。在版纳甜龙竹中,用 6 h 的酶切时间,酶
切充分,得到多态性较高的指纹图谱。同时,预扩增
是检验酶切和连接效果的必要手段。在苹果 AFLP
研究中,预扩增片段范围较宽,约 50 ~ 1 500 bp[16],
与之相比,版纳甜龙竹的范围略小,约为 50 ~ 500 bp,
这可能是版纳甜龙竹基因组中含有较少的引物识别
位点所致。
国内外许多学者曾利用同工酶标记、限制性片段
长度多态性 (Restriction fragment length polymor-
phism,RFLP)、随机扩增多态性 DNA(Random ampli-
fied polymorphic DNA,RAPD)等分子标记技术进行
竹类植物研究比较多,并取得了一些丰硕的成
果[9,11,14]。但主要是研究竹类植物种间和属间的遗
传多样性和系统演化关系[9,14,27],而研究竹类植物种
下水平的遗传多样性并不多见。本试验首先对 AFLP
流程进行了优化,并建立了有效的版纳甜龙竹 AFLP
分子标记体系,为版纳甜龙竹分子水平的研究奠定了
基础,采用 8 对引物组合酶切版纳甜龙竹基因组
DNA的 AFLP技术适合于研究版纳甜龙竹种下水平
的亲缘关系和遗传多样性,为其遗传多样性、种源区
划及其种质资源收集保存提供实验方法和理论依据。
致谢:本试验得到北京鼎国生物技术有限公司的大力支
持,特此致谢。
参考文献:
[1] 耿平介,王正平. 中国植物志第九卷第一分册[M]. 北
京:科学出版社,1996:196 - 197.
[2] 李延辉.西双版纳高等植物名录[M].昆明:云南民族出
版社,1996:205 - 206.
[3] 李金泽.西双版纳甜龙竹:托起绿色经济新希望[J].生
态经济,2003(12) :77 - 79.
[4] Sundriyal M,Sundriyal R C. Wild edible plants of the Sik-
kim Himalaya:Marketing value addition and implications
for management[J]. Economic Botany,2004,58(2) :300 -
315.
[5] Bhatt B P,Singh K,Singh Alka. Nutritional values of some
commercial edible bamboo species of the North Eastern Hi-
malayan region[J]. India Journal of Bamboo and Rattan,
2005,4(2) :111 - 124.
[6] 杜 凡.云南重要经济竹种特性及其生产中存在问题
[J].西南林学院学报,2003,23(2) :26 - 30.
[7] 杨 清,苏光荣,许丛恒,等.版纳甜龙竹化学成分与制
浆性能研究[J].中华纸业,2007,28(6) :83 - 86.
[8] Doyle J J. DNA protocols for plants—CTAB total DNA iso-
lation[M]/ /Hewitt G M,Johnston. A Molecular Technique
in Taxonomy. Berlin,Springer-Verlag,1991:283 - 293.
[9] Friar E,Kochea G. Bamboo germplasm screening with nu-
clear restriction fragment length polymorphisms[J]. Theo-
retical and Applied Genetics,1991,182:697 - 703.
[10] Smith J J,Scottemig J S,Leadbetter J R. Charaterization of
random amplified polymorphic DNA (RAPD) products
from Xanthomonas campesris and some comments on the
use of BAPD products in phylogenetie analysis[J]. Mol
Phylogenet Evol,1994,3:135 - 145.
[11] Becket J. Combined mapping of AFLP markers in barley
增刊 杨 清等:版纳甜龙竹 DNA提取方法及 AFLP反应体系建立研究 37
[J]. Mol Gen Genet,1995,249:65 - 73.
[12] Vos P,Hogers R,Bleeker M,et al. AFLP-a new technique
for DNA-fingerprinting[J]. Nucleic Acids Res,23:4407
– 4414.
[13] 邹喻苹,汪小全,雷一丁,等.几种濒危植物及其近缘类
群总 DNA的提取与鉴定[J].植物学报,1994,36(7) :
528 - 533.
[14] Friar E,Kochea G. A study of genetic variation and evolu-
tion of PhyHostaehys (Bambusoideae:Poaeeae)using nu-
clear restriction fragment length polymorphisms[J]. Theo-
retical and Applied Genetics,1994,89:265 - 270.
[15] 房经贵,刘大钧,章 镇.两个芒果品种的 AFLP 指纹
图谱[J].南京农业大学学报,1999,22(2) :25 - 27.
[16] 祝 军,王 涛,李光晨,等.苹果 AFLP 分析体系的建
立[J].中国农业大学学报,2000,5(3) :63 - 67.
[17] 易干军,于晓英,霍合强,等.香蕉种质资源的 AFLP 鉴
别与分类中 DNA模板的制备[J],果树学报,2001,18
(6) :345 - 348.
[18] 赵 宏,王省芬,张桂寅,等.棉花 AFLP 技术体系的摸
索与建立[J].河北农业大学学报,2002,25(1) :1 - 4.
[19] 高文娜,陈万权,王中康. AFLP 双酶切和连接方法探
讨[J].植物保护,2003,29(6) :35 - 40
[20] 候义龙,曹 同,蔡丽娜,等.苔藓植物 DNA 提取方法
研究[J].广西植物,2003,23(5) :425 - 428
[21] 刘 勇,孙中海,刘德春,等. 柚类种质资源 AFLP 与
SSR遗传多样性分析[J]. 中国农业科学,2005,38
(11) :2308 - 2315.
[22] Zhang L,Huang B B,Kai G Y,Guo M L. Analysis of in
transpeeifie variation of Chinese Carthamus tinctorius L. u-
sing AFLP marke [J]. Acta Pharmaceut Sin,2006,41
(1) :91 - 96.
[23] Trevor R H,Stephen A R,Graínne N C,et al. A Compari-
son of ITS Nuclear rDNA Sequence Data and AFLP Mark-
ers for Phylogenetic Studies in Phyllostachys (Bambuso-
ideae,Poaceae) [J]. Journal of Plant Research,2000,113
(3) :259 - 269.
[24] Koen G,Johan G,Hilde P et al. Somatic embryogenesis
from mature Bambusa balcooa Roxburgh as basis for mass
production of elite forestry bamboos[J]. Plant Cell,Tissue
and Organ Culture,2007,91(2) :115 - 123.
[25] 邹喻苹,葛 颂,王晓东.系统与进化植物学中的分子
标记[M].北京:科学出版社,2001:16 - 17.
[26] Doyle J J and Doyle J L. A rapid DNA isolation procedure
for small quantities of fresh leaf tissue[J]. Phytochem
Bull Bot So. Amer,1987,19:11 - 15.
[27] 张汉尧,刘小珍,龚秀会,等.竹子 DNA 提取方法改良
及 ITS-RFLP分析的初步研究[J].江西林业科技,2006
(3) :3 - 5.