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Comparison of sampling method of intracellular metabolites in Mortierella alpina and the analysis of the metabolites by GC-MS

高山被孢霉淬灭方法及胞内代谢产物的气相色谱-质谱分析比较



全 文 :第 11 卷第 6 期
2013 年 11 月
生  物  加  工  过  程
Chinese Journal of Bioprocess Engineering
Vol. 11 No. 6
Nov. 2013
doi:10. 3969 / j. issn. 1672 - 3678. 2013. 06. 013
收稿日期:2012 - 09 - 29
基金项目:国家自然科学基金(21176124);国家自然科学基金重点项目(20936002);国家科技支撑计划(2011BAD23B03);江苏省高校优势学
科建设工程
作者简介:刘  欣(1983—),女,吉林长春人,博士研究生,研究方向:微生物发酵与代谢工程;黄  和(联系人):教授,E⁃mail:biotech@ njut.
edu. cn
高山被孢霉淬灭方法及胞内代谢
产物的气相色谱 质谱分析比较
刘  欣1,傅宁华1,张红漫2,纪晓俊1,张  鑫2,杨健健1,黄  和1
(1.南京工业大学 生物与制药工程学院 材料化学工程国家重点实验室,南京 210009;
2.南京工业大学 理学院,南京 210009)
摘  要:在花生四烯酸生产菌高山被孢霉代谢组学研究中,需利用胞内代谢物的提取手段并基于气相色谱 质谱
(GC⁃MS)分析方法对其进行检测。 比较了 3 种胞内代谢物提取方法及不同色谱柱条件下 GC⁃MS 分析结果。 研究
表明:采用冷甲醇淬灭分别较液氮直接淬灭及真空过滤后,减少了胞内代谢物的泄露并更好地实现了胞外及胞内
代谢物的分离。 在对代谢物分析的比较中,极性色谱柱(DB⁃FFAP)检出的代谢物仅为 11 种,主要为有机酸、醛类;
而代谢物经衍生化后采用非极性色谱柱(DB 5)共检出 32 种化合物,主要为糖、糖苷及醇类。
关键词:花生四烯酸;高山被孢霉;代谢组学;代谢产物; 取样;GC⁃MS分析
中图分类号:S182        文献标志码:A        文章编号:1672 - 3678(2013)06 - 0063 - 05
Comparison of sampling method of intracellular metabolites in
Mortierella alpina and the analysis of the metabolites by GC⁃MS
LIU Xin1,FU Ninghua1,ZHANG Hongman2,JI Xiaojun1,ZHANG Xin2,YANG Jianjian1,HUANG He1
(1. State Key Laboratory of Materials⁃Oriented Chemical Engineering,College of Biotechnology and
Pharmaceutical Engineering,Nanjing University of Technology,Nanjing 210009;
2. College of Sciences,Nanjing University of Technology,Nanjing 10009)
Abstract:In the metabolomics study on arachidonic acid production by Mortierella alpina, sampling
method of intracellular metabolites and their detection based on GC⁃MS analysis are needed. The
comparisons of three sampling methods and GC⁃MS analysis results in two chromatographic columns were
carried out. The results showed that cold methanol quenching caused less metabolites leakage and more
effective separation of extra⁃and intracellular metabolites than direct quenching in liquid nitrogen and
vacuum filtration followed by quenching in liquid nitrogen. In the comparison of analysis of metabolites,
only 11 metabolites were determined by polar column ( DB⁃FFAP ), including organic acids and
aldehydes. However,32 metabolites were determined by non polar column (DB⁃5), including sugars,
glycosides,and alcohols.
Key words:arachidonic acid;Mortierella alpina;metabolomics;metabolites;sampling;GC⁃MS analysis
    花生四烯酸(arachidonic acid,ARA),即全顺式
5,8,11,14 二十碳四烯酸,是属于 ω 6 系列的必
需长链多不饱和脂肪酸(PUFAs),对促进大脑功能
和提高视网膜发育是不可或缺的物质[1]。 此外,
ARA还具有降低血脂、增强免疫力、抗癌等功效,被
广泛应用于功能保健、生物医药、化妆品及饲料添
加剂等方面[2]。
高山被孢霉(Mortierella alpina)是生产 ARA 的
重要工业菌株,利用代谢组学技术可以深入了解微生
物代谢产物之间的相互关系[3],对以高山被孢霉为代
表的工业微生物进行研究有利于进一步认识和改造
它们。 微生物代谢组学研究中,试样的采集和代谢物
分析是获取代谢物组数据并进行生物学解析的前提,
对它们的方法进行研究是十分必要的。
试样采集过程为保持细胞收集时刻的生理状
态不发生改变,需要对细胞进行快速取样及淬灭。
液氮淬灭技术作为一种标准方法常用于丝状真菌
及其他生物中[4]。 此方法的优点是淬灭代谢反应
迅速,且淬灭剂无极性、无残留。 但直接对发酵液
进行淬灭后,得到的试样包含了胞内及胞外的所有
代谢物。 因此,淬灭前的分离是改进此方法的重要
环节。 由于丝状真菌的培养基具有高黏度、非均一
且不易收集的特点[5],通常采用真空过滤的方式分
离[6]。 此外,冷甲醇溶液( - 45 ℃)也被广泛用于
细菌[7]、酵母[8]及丝状真菌[5,9]的代谢反应淬灭中,
此方法具有较温和的特点。 笔者拟考察基于 3 种不
同淬灭方法的取样技术对于胞内代谢物泄露的影
响,为后续的实验奠定基础。
气相色谱 质谱(GC⁃MS)系统在代谢物的分离
与鉴定中起着关键作用。 除仪器型号不同外,其主
要的区别归于色谱柱型号。 对于非极性色谱柱
DB 5而言,对试样进行分析前需要进行柱前衍生
化。 而对于极性柱 DB FFAP 而言,试样无需衍生
化就可以直接进样。 同时基于 Deans switch 的 GC⁃
MS直接进样的方法,在 DB FFAP极性柱上可以实
现对代谢物水溶液进行直接分析的过程。 笔者主
要比较非极性 DB 5 及极性 DB FFAP 2 种色谱柱
对代谢物的分析能力,以获得最适合用于 M. alpina
胞内代谢物的分析方法。
1  材料与方法
1. 1  菌种
经紫外诱变后获得的高山被孢霉 ME 1
(Mortierella alpina ME 1)菌株在马铃薯葡萄糖琼
脂(PDA)斜面上于 4 ℃ 条件下保藏,每 3 个月进行
转接。
1. 2  培养基与培养条件
取已培养好的新鲜斜面菌种,用无菌水洗下菌
丝,接种于种子培养基中(g / L):葡萄糖 30,酵母膏
5􀆰 0 ,KH2PO4 3􀆰 0。 转速 120 r / min,25 ℃培养 48 ~
72 h。 待种子生长至对数生长期转接 5 mL 种子液
至 50 mL 发酵培养基中(g / L):葡萄糖 80,酵母膏
6􀆰 0,KH2PO4 4􀆰 0,NaNO3 3􀆰 0,MgSO4·7H2O 1􀆰 0,pH
6􀆰 0 ~ 8􀆰 0。 培养条件为转速 120 r / min,温度 23 ℃,
发酵 7 d,于对数生长后期取样(约 96 h)。
1. 3  淬灭方法
1. 3. 1  液氮直接淬灭
5 mL发酵液直接投入装有 50 mL 液氮的研磨
钵中迅速淬灭。 淬灭后于 - 50 ℃、2 kPa 真空度条
件下冻干除去发酵液中的水分 ( FreeZone Plus
2􀆰 5 L、低压冻系统,美国 Labconco 公司),干菌体用
于胞内代谢产物提取。
1. 3. 2  真空过滤后于液氮中淬灭并研磨
5 mL发酵液通过直径 60 mm 的滤纸(孔径 5
μm)于真空抽滤装置中迅速过滤除去发酵液,同时
采用去离子水清洗菌丝细胞。 过滤后的菌体直接
迅速地投入装有 25 mL 液氮的研磨钵中迅速淬灭,
并伴随快速持续的机械研磨,直至被研成粉末,菌
粉用于胞内代谢产物提取。
1. 3. 3  甲醇淬灭
5 mL发酵液直接投入 - 40 ℃的 25 mL 甲醇溶
液中(体积分数 60% ,含 10 mmol / L 4 羟乙基哌嗪
乙磺酸 ( HEPES), pH = 7􀆰 0 )。 混合物于 6 000
r / min、 - 10 ℃条件下离心 3 min,菌体沉淀物用于
胞内代谢物提取。
1. 4  提取方法
细胞淬灭后得到的上述干菌体、菌体沉淀及菌
粉于 1 mL含 60 mmol / L HEPES缓冲液的乙醇溶液
中 (体积分数 75% , 80 ℃) 提取 3 min 后于
10 000 r / min, - 10 ℃条件下离线 2 min,收集上清
液用于代谢产物的检测。
1. 5  GC⁃MS检测方法
1. 5. 1  基于 DB FFAP色谱柱的分析方法
气质色谱仪,5975C MSD / 7890A GC(Agilent 公
司)。 进样体积 1 μL,分流比,10 ∶ 1,石英毛细管色
谱柱 (30 m × 0􀆰 25 mm × 0􀆰 25 μm,DB FFAP,
46 生  物  加  工  过  程    第 11 卷 
Agilent公司);进样口温度,250 ℃。 升温程序为初
始温度 70 ℃,以 5 ℃ / min 升温至 140 ℃,以 8
℃ / min升温至 180 ℃,保持 10 min,最后以 5 ℃ / min
升温至 230 ℃,并保持 6 min。 质谱条件为传输线温
度,250 ℃;离子源温度,230 ℃;电子轰击模式,EI
70 eV。 四级杆质量分析器温度,150 ℃;采集质量
数范围为 30 ~ 500 amu。 He 为载气,采用横流模
式,流速 1􀆰 5 mL / min载气。 溶剂延迟,3 min。 基于
Deans Switch 系统,在特定时间将部分色谱柱流出
试样进入 TCD 检测器而不通过 MS。 Deans Switch
切割起始时间 4􀆰 10 min,结束时间 7􀆰 00 min。 TCD
检测器温度,220 ℃。
1􀆰 5􀆰 2  基于 DB 5 色谱柱的柱前衍生化及分析
方法
100 μL提取物于 N2 浓缩仪中干燥。 干燥后的
试样加入 50 μL甲氧基铵盐酸盐(20 mg / mL的吡啶
溶液),于 40 ℃条件下反应 80 min,其后加入 80 μL
N 甲基 N (三甲基硅氧烷 ) 三氟乙酰胺
(MSTFA),40 ℃条件下反应 80 min。
衍生化后的试样用于 GC⁃MS分析检测。 进样体
积 1 μL,不分流进样。 石英毛细管色谱柱(30 m ×
0􀆰 25 mm ×0􀆰 25 μm,DB 5MS,Agilent公司);进样口
温度,250 ℃。 升温程序为初始温度 70 ℃,保持 2
min,以 5 ℃ / min 升至 300 ℃,保持 3 min。 质谱条件
为传输线与离子源温度 280 ℃,电子轰击模式,IE 70
eV。 采集质量数范围为50 ~ 600 m/ z。 He 为载气,采
用横流模式,流速 1 mL / min[10]。
2  结果与讨论
2. 1  淬灭方法对代谢产物泄漏的影响
由于 NADPH、NADH、丙酮酸( pyruvate)、葡萄
糖 6 磷酸(G6P)、NADP、NAD以及 ATP的快速降
解速率,因此它们常作为不稳定的代谢物代表被用
于考察采样技术对代谢产物的泄漏情况[5,11]。 代谢
物的胞外含量占总量的百分比定义为代谢物的胞
外相对含量。 其中采用液氮对发酵液直接进行淬
灭可以得到胞内及胞外代谢产物的总量,通过检测
发酵液上清中代谢物含量,计算得到代谢物的胞外
相对含量,反映了淬灭前原始的胞外代谢产物信
息,并将其作为对照;采用真空过滤后于液氮中淬
灭的方法是通过检测滤液中代谢物含量与其和胞
内代谢物之和的比值得到代谢物的相对含量;而采
用甲醇淬灭的方法则通过淬火后混合物上清中代
谢物的含量与其和胞内代谢物之和的比值得到代
谢物的相对含量。 本文中笔者通过后 2 种淬灭方法
计算得到代谢物的胞外相对含量与对照的差异,从
而比较它们对胞内代谢物泄露的影响。 考察不同
淬灭方法对 M. alpina胞内代谢产物泄漏的影响,结
果见图 1。
图 1  淬灭方法对 M. alpina胞内代谢
产物泄漏的影响
Fig. 1  Effects of different quenching methods on the
leakage of intracellular metabolites in M. alpina
由图 1 可知:采用甲醇淬灭及过滤后液氮淬灭
2 种采样技术时,NAD 和 NADP 几乎不会从细胞中
泄漏出来。 与对照相比,过滤后于液氮中淬灭的方
法导致 NADPH、G6P 和 NADH 的胞外相对泄漏量
分别为 44􀆰 7% 、21􀆰 3% 和 16􀆰 2% ,差异十分显著。
这可能由于真空过滤时细胞内外的巨大压力差对
细胞产生胁迫从而导致代谢产物的大量泄漏。 虽
然这一方法从整体的淬火过程处理来看与 MS 相比
耗时短、过程简单,但从代谢产物的完整性和稳定
性上来看并不是最好的。 而采用甲醇淬灭时胞外
代谢物的相对含量与对照相比相差范围在
- 5􀆰 8% ~21􀆰 9% 。 由此,采用甲醇淬灭的方法所产
生的泄漏相对较小,可以作为 M. alpina 于天然培养
基条件下进行代谢反应淬灭的最佳方法。
2. 2  基于 DB⁃FFAP质谱柱的代谢产物检测
表 1 为 M. alpina 胞内代谢产物经极性质谱柱
DB⁃FFAP分离后检测出的代谢产物结果。 由表 1
可知:经分析检测出的代谢产物总数为 11 个,其中
包括有机酸、酮类、醛类及醇类等极性化合物。
2. 3  基于 DB 5 质谱柱的代谢产物检测
表 2 为 M. alpina 胞内代谢产物经非极性柱
DB 5分离后的检测结果。 由表 2 可知,总检出代谢
物个数为 32,主要为糖类、糖苷类及醇类代谢产物。
56  第 6 期 刘  欣等:高山被孢霉淬灭方法及胞内代谢产物的气相色谱 质谱分析比较
表 1  基于 DB⁃FFAP色谱的 3组平行实验中重现的代谢产物
Table 1  Reproducible metabolites of three sets of parallel
experiments based on DB⁃FFAP column
分类 保留时间 /min 化合物名称
匹配度 /

有机酸
14􀆰 29 乙酸 91
15􀆰 87 甲酸 47
20􀆰 31 2 氯苯胺 5 磺酸 64
酮类
11􀆰 41 1 羟基,2 丙酮 46
17􀆰 94 2 环戊烯 1,4 二酮 64
醛类
14􀆰 93 呋喃醛 90
16􀆰 24 N,N 二甲基酰胺二异丙基乙缩醛 47
17􀆰 52 5 甲基 2 呋喃羟基乙醛 94
醇类
13􀆰 696 1 庚烯 4 醇 90
19􀆰 11 2 呋喃甲醇 86
胺类 27􀆰 15 三亚乙基二胺 96
表 2  DB 5 分离得到的代谢产物检出情况
Table 2  Detection of metabolites isolated by DB⁃5 column
分类 保留时间 /min 化合物名称
匹配度 /

糖类
18􀆰 14 木酮糖 66
19􀆰 24 D 呋喃核糖 72
19􀆰 52 β DL 树胶醛吡喃糖 96
19􀆰 65 D 木呋喃糖 90
19􀆰 81 α L 甘露呋喃糖 42
20􀆰 13 L 阿卓糖 60
20􀆰 20 乙酰氨基葡糖 82
20􀆰 47 D 果糖 65
20􀆰 98 吡喃葡萄糖 43
21􀆰 24 D 葡萄糖 51
21􀆰 34 吡喃半乳糖 43
21􀆰 59 甘露糖 85
21􀆰 64 β DL 来苏吡喃糖 73
22􀆰 04 塔罗糖 64
22􀆰 38 D 阿卓糖 68
22􀆰 61 D 吡喃甘露糖 82
23􀆰 79 半乳糖 80
29􀆰 05 麦芽糖 64
30􀆰 33 D 果糖 α D 葡萄糖吡喃糖基 32
30􀆰 79 己吡喃糖 42
31􀆰 68 松二糖 62
表 2(续表)
分类 保留时间 /min 化合物名称
匹配度 /

糖苷
19􀆰 70 来苏吡喃糖苷 88
21􀆰 67 α D 呋喃糖苷 94
29􀆰 28 α D 吡喃葡萄糖苷β D 果糖呋喃糖基 81

15􀆰 06 1,2,3,4 四羟基丁醇 52
18􀆰 82 1,2,4,5,6 五羟基 己糖醇 54
19􀆰 36 3 脱氧 D 核己糖醇 96
21􀆰 39 D 甘露醇 63
有机酸
7􀆰 05 丙酸 70
30􀆰 6 β D 吡喃葡萄糖苷糖醛酸 32
其他
11􀆰 06 磷酸 98
22􀆰 89 十六烷酸,软脂酸,棕榈酸 84
2. 4  DB FFAP及 DB 5 质谱柱对代谢产物分析
比较
    表 3为极性色谱柱及非极性色谱柱对代谢产物
的分析比较结果。 由表 3 可知:极性色谱柱 DB
FFAP在无衍生化条件下有利于酮类、醛类等极性的
代谢产物的分析;而基于非极性柱(DB 5)的分析代
谢产物经衍生化后具有更好的稳定性和挥发性适合
于糖类、糖苷类、醇类等带有羟基的化合物的气相色
谱的检测,因此在实际试样分析中对于以全部代谢物
为目标的分析需同时采用 2种柱子,对于特定目标的
代谢产物应采用不同特性的色谱柱进行分析。
表 3  代谢产物总检出情况
Table 3  Total amount of detected metabolites
分类 DB FFAP色谱柱检出代谢物数量
DB 5 色谱柱检出
代谢物数量
糖 — 21
糖苷 — 3
醇 2 4
有机酸 3 2
酮 2 —
醛 3 —
胺 1 —
其他 — 2
总计 11 32
66 生  物  加  工  过  程    第 11 卷 
3  结  论
在对 M. alpina胞内代谢物采集方法中,甲醇淬
灭方法产生的代谢物泄露比真空过滤后再于液氮
中淬灭的结果要低。 对于极性的代谢产物可以无
需衍生化采用极性的质谱柱直接实现分离;而对于
难挥发的糖类、糖苷类等化合物的检测较适合经衍
生化后通过非极性质谱柱分离。 对于同一生物试
样采用不同极性的色谱柱可以实现不同种类化合
物的定性检测。 因此根据目标需求可以采用单一
色谱柱或两种色谱柱进行分析。
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