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Progress in Nuclear Polyhedrosis Virus Genomics

核型多角体病毒基因组学研究进展



全 文 :林业科学研究 2014,27(4):551 556
ForestResearch
  文章编号:10011498(2014)04055106
核型多角体病毒基因组学研究进展
罗 辑1,2,周国英2,朱积余1
(1广西壮族自治区林业科学研究院,广西 南宁 530002;2.中南林业科技大学林学院,湖南 长沙 410004)
收稿日期:20140309
基金项目:广西林科院博士后专项资金项目(林科2013号);广西优良用材林资源培育重点实验室自主课题资助项目(13A0401);广
西林科院基金项目(林科201401号)
作者简介:罗 辑(1985—),男,湖南长沙人,博士后,主要从事森林病虫害研究.
 通讯作者:教授,博士生导师,Email:gyzhou2118@163.com
摘要:昆虫病毒是专性侵染节肢动物的一类微生物,包括核型多角体病毒、颗粒体病毒、质型多角体病毒、痘病毒、虹
彩病毒等很多类群。核型多角体病毒属于杆状病毒科(Rhabdoviridae)核型多角体病毒属(Nucleopolyhedrovirus),是
昆虫病毒中最大的类群。它能够专一性地侵染并杀死一种或者几种农林害虫,并且对害虫天敌、环境、人畜无害,是
一种值得推广的绿色生物农药。本文总结了获得全基因组序列的核型多角体病毒,综述了核型多角体病毒的基因
组主要功能基因(RNA转录相关基因、DNA复制相关基因、结构相关基因)及其他基因,并对核型多角体病毒今后
的发展方向进行了展望。
关键词:核型多角体病毒;基因组学;生物防治;研究进展
中图分类号:S763.3 文献标识码:A
ProgressinNuclearPolyhedrosisVirusGenomics
LUOJi1,2,ZHOUGuoying2,ZHUJiyu1
(1.GuangxiZhuangAutonomousRegionForestryResearchInstitute,Nanning 530002,Guangxi,China;
2.ColegeofForestry,CentralSouthUniversityofForestryandTechnology,Changsha 410004,Hu’nan,China)
Abstract:Insectvirusesarethemicrobesinfectingarthropodsonly,includingnuclearpolyhedrosisvirus,granulosis
virus,cytoplasmicpolyhedrosisvirus,poxvirus,iridovirusandmanyothergroups.Thenuclearpolyhedrosisvirus
belongstoRhabdoviridaeNucleopolyhedrovirus,whichisthelargestgroupofinsectviruses.Itcaninfectandkilone
orseveralagriculturalandforestrypestsspecificaly,andisharmlesstothenaturalenemies,environment,human
andanimals.Soitisconsideredastheenvironmentfriendlybiopesticidestobeworthpromoting.Thispaperreviews
recentresearchonthegenomicsofnuclearpolyhedrosisvirus,andsummarizesthemainfunctionalgenesincluding
transcriptionrelatedgenes,DNAreplicationrelatedgenes,structurerelatedgenesandothergenes.Furthermore,
futuredevelopmentdirectionofthenuclearpolyhedrosisvirusisalsoprospected.
Keywords:nuclearpolyhedrosisvirus;nucleopolyhedrovirus;genomics;biologicalcontrol;researchprogress
近年来,随着人们环境保护意识的增强,对环境
影响小并且能高效杀死害虫的生物农药越来越受到
人们的青睐。特别是2008年以来,在北京奥运中深
入人心的绿色概念被人们普遍接受和认可,加上政
府对绿色农业和林业的大力度支持,使得研制新型
生物农药成为各高校和研究机构研究的重要课题。
核型多角体病毒以昆虫为宿主,由于其专一性较高,
对水体、土壤、天敌、人畜等无害,成为很具吸引力的
新型生物农药,被列入农业部首批公布的《无公害农
产品生产推荐使用农药品种名单》,具有广阔的市场
前景。
昆虫病毒包括上千种,已报道的有1600多种,
林 业 科 学 研 究 第27卷
分属13科21属[1]。本文所探讨的核型多角体病毒
属于杆状病毒科(Rhabdoviridae)核型多角体病毒属
(Nucleopolyhedrovirus)。该科病毒还包括颗粒体病
毒属(Granulovirus),它们都主要寄生于节肢动物特
别是昆虫体内,是无脊椎动物病毒中最大的类群。
核型多角体病毒的多角体颗粒在光学显微镜下为多
种形态,有三角形、四边形、五边形、六边形、多边形、
圆形等,但大多为五边形和六边形。核型多角体病
毒直径一般为0.5 15μm,而大多数在0.6 2.5
μm之间。其大小与所包含病毒粒子或者病毒束的
数量具有一定的关系,包含数量越多颗粒体一般会
越大。
1 核型多角体病毒基因组
核型多角体病毒的核酸为双链环状 DNA,大小
一般在80 180kb之间。随着科学技术的发展,在
人们已知的几百种核型多角体病毒中,有40种已经
进行了全基因组测序。它们的寄主范围主要是鳞翅
目昆虫,达到10科26属,另外还包括双翅目蚊科1
种以及膜翅目叶蜂科3种(见表1)。这些核型多角
体病毒的全基因组测序为后续的深入分子生物学研
究提供了一定的基础数据,也为核型多角体病毒更
好地应用奠定了基础。
表1 已经获得全基因组序列的核型多角体病毒(截至2013年)
寄主目 寄主科 核型多角体病毒名 基因组大小(bp) GeneBank
鳞翅目 菜蛾科 Plutelaxylostelamultiplenucleopolyhedrovirus 134417 NC_008349
蚕蛾科 Bombyxmandarinanucleopolyhedrovirus 126770 NC_012672
Bombyxmorinucleopolyhedrovirus 128413 NC_001962
尺蛾科 Apocheimacinerariumnucleopolyhedrovirus 123876 NC_018504
Ectropisobliquanucleopolyhedrovirus 131204 NC_008586
大蚕蛾科 Antheraeapernyinucleopolyhedrovirus 126629 NC_008035
Hemileucasp.nucleopolyhedrovirus 140633 NC_021923
灯蛾科 Hyphantriacuneanucleopolyhedrovirus 132959 NC_007767
毒蛾科 Euproctispseudoconspersanucleopolyhedrovirus 141291 NC_012639
Lymantriadisparmultiplenucleopolyhedrovirus 161046 NC_001973
Lymantriaxylinamultiplenucleopolyhedrovirus 156344 NC_013953
Orgyialeucostigmanucleopolyhedrovirus 156179 NC_010276
Orgyiapseudotsugatamultiplenucleopolyhedrovirus 131995 NC_001875
卷蛾科 Adoxophyeshonmainucleopolyhedrovirus 113220 NC_004690
Adoxophyesorananucleopolyhedrovirus 111724 NC_011423
Choristoneurafumiferanamultiplenucleopolyhedrovirus 131160 NC_005137
Choristoneuraoccidentalisalphabaculovirus 128446 NC_021925
Choristoneurarosaceanaalphabaculovirus 129052 NC_021924
Epiphyaspostvitananucleopolyhedrovirus 118584 NC_003083
螟蛾科 Marucavitratanucleopolyhedrovirus 111953 NC_008725
天蛾科 Clanisbilineatanucleopolyhedrovirus 135454 NC_008293
夜蛾科 Agrotisipsilonmultiplenucleopolyhedrovirus 155122 NC_011345
Agrotissegetumnucleopolyhedrovirus 147544 NC_007921
Anticarsiagemmatalisnucleopolyhedrovirus 132239 NC_008520
Autographacalifornicamultiplenucleopolyhedrovirus 133894 NC_001623
Chrysodeixischalcitesnucleopolyhedrovirus 149622 NC_007151
Helicoverpaarmigeranucleopolyhedrovirus 130759 NC_002654
Helicoverpazeasinglenucleopolyhedrovirus 130869 NC_003349
Leucaniaseparatanucleopolyhedrovirus 168041 NC_008348
MamestraconfiguratanucleopolyhedrovirusA 155060 NC_003529
MamestraconfiguratanucleopolyhedrovirusB 158482 NC_004117
Rachiplusiaoumultiplenucleopolyhedrovirus 131526 NC_004323
Spodopteraexiguamultiplenucleopolyhedrovirus 135611 NC_002169
Spodopterafrugiperdamultiplenucleopolyhedrovirus 131331 NC_009011
Spodopteralituranucleopolyhedrovirus 139342 NC_003102
Thysanoplusiaorichalceanucleopolyhedrovirus 132978 NC_019945
Trichoplusianisinglenucleopolyhedrovirus 134394 NC_007383
双翅目 蚊科 Culexnigripalpusnucleopolyhedrovirus 108252 NC_003084
膜翅目 叶蜂科 Neodiprionabietisnucleopolyhedrovirus 84264 NC_008252
Neodiprionleconteinucleopolyhedrovirus 81755 NC_005906
Neodiprionsertifernucleopolyhedrovirus 86462 NC_005905
255
第4期 罗 辑等:核型多角体病毒基因组学研究进展
人们对苜蓿丫纹夜蛾核型多角体病毒(Autogra
phacalifornicaNPV,AcNPV)的基因表达情况研究得
比较多,发现病毒侵染过程中基因表达可分为4个
时期:极早期(immediateearly)、早期(delayedear
ly)、晚期(late)和极晚期(verylate)[2]。而根据病毒
基因的功能可以将病毒基因大致分成几类:RNA转
录相关基因、DNA复制相关基因、结构相关基因及
其他基因。
2 RNA转录相关基因
RNA转录相关基因是很重要的一类基因,因为
病毒侵染和增殖过程中所需的酶都要从病毒基因组
中转录,而转录所需要的酶一方面来自宿主的转录
酶,另一方面来自病毒基因组编码。与转录相关的
酶中,最重要的是核型多角体病毒的 RNA聚合酶。
该酶由4个基因编码,lef8就是编码病毒 RNA聚合
酶最大亚基的基因,编码另外3个亚基的基因分别
为lef4、lef9、p47[3-4]。这4个基因在不同种类的
核型多角体病毒中具有较高的保守性,尤其是 lef8
和lef9能够作为鉴定病毒种类的依据[5]。而 lef4
则是一个多功能的基因,其除了可编码 RNA聚合酶
的一个亚基外,还具有 RNA三磷酸酶、GTP结合与
鸟苷酸转移酶、加帽酶的功能[6-9]。此4个基因编
码蛋白的相互关系也有了一定的研究,发现 LEF8
和LEF9以及P47和其他3个蛋白之间都具有相互
作用;LEF4和 LEF8之间只有在 P47蛋白存在的
情况下才会有相互作用;LEF4和 LEF9之间有弱
的相互作用[4],这可能说明 P47在这4个亚基中处
于中心位置,与其他3个亚基均有关联,而LEF4和
LEF8之间没有关联并且相距较远,LEF4和 LEF9
之间虽然也没有关联但相距较近。
除了这4个基因,还有其他基因与病毒的转录
有关。ie1基因就是其中之一,其编码的蛋白 IE1是
核型多角体病毒转录调控的重要因子。IE1是一个
位点特异性的DNA结合蛋白,具有调控病毒基因表
达和促进病毒基因组复制的双重功能[10-11]。lef5
基因也具有调控某些基因转录的作用,Su等人用敲
除lef5基因的核型多角体病毒侵染宿主细胞系,发
现部分晚期基因的表达受到了抑制[12],这说明其与
部分晚期基因的转录有着密切的关系。在 AcNPV
中,Bm34的同源基因Ac43也有着类似的功能,是病
毒晚期和极晚期基因表达的必需基因[13]。vlf1则
是极晚期转录时的必需基因,并且与整合酶和游离
酶具有序列同源性[14],它的缺失对 BmNPV的 DNA
复制起始没有明显的影响,但是可能会影响之后的
病毒装配和侵染过程[15]。因此其可能除了与病毒
基因的转录相关,还有可能与病毒基因组和宿主基
因组的整合和脱离相关。
3 DNA复制相关基因
另一类对核型多角体病毒十分重要的基因是病
毒DNA复制相关基因,这些基因直接关系到病毒的
增殖。其中最重要也是研究的比较多的是 DNA聚
合酶基因(dnapol),它是病毒进行 DNA复制时的核
心基因。其为一个单体酶,分子量大约110KD,而
且所有的核型多角体病毒自身都编码这个基因[16]。
核型多角体病毒的 DNA聚合酶除了具有聚合酶的
作用外,还具有核酸外切酶的活性,并且具有持续合
成能力以及一定的链置换能力[17-19]。Feng等人在
2012年对苜蓿丫纹夜蛾核型多角体病毒的研究发
现,dnapol基因一些地方的点突变能够增强病毒对
某些药物的抗性,影响病毒的形态发生,但对病毒的
复制影响有限[20],这说明此基因还一定程度上与病
毒的抗性以及病毒的形态发生相关。
像前面所提到的那样,IE1除了病毒转录相关
功能外,还具有 DNA复制相关的功能。通过对 ie1
的结构分析,发现其具有一个依赖细胞周期蛋白的
激酶磷酸化位点,如果该位点发生突变,病毒的
DNA复制过程将受到影响。这说明磷酸化影响 IE1
对病毒 DNA复制活性的开启[10]。IE0具有与 IE1
类似的功能,都是在病毒侵染早期与 DNA复制等重
要过程有密切关系的DNA结合蛋白,并且两者之间
有着一定的相互作用[11,21]。
还有一些基因与病毒的 DNA复制有着一定的
关联。LEF3作为一种 DNA结合蛋白,能够结合单
链DNA,还具有一个重要的功能,即运送病毒 DNA
解旋酶进入宿主细胞核中[22-23]。DNA解旋酶基因
helicase也是核型多角体病毒复制时的关键基因,其
编码的解旋酶主要参与超螺旋化的病毒 DNA的解
旋过程,只有解旋的核酸才能进行复制,否则参与复
制的其他酶将无法识别和结合到核酸上[24]。DNA
解旋酶和 LEF3都具有种特异性,同一物种的 LEF
3才能与同种的 DNA解旋酶结合并运送到宿主细
胞核中[22]。helicase基因除了具有DNA解旋酶的功
能,还很大程度上与病毒的宿主范围有关[25-27]。吴
小锋等人[28]将 AcNPV的 helicase基因全长及其前
355
林 业 科 学 研 究 第27卷
后辅助序列克隆到载体上,与家蚕核型多角体病毒
基因组 DNA共转染家蚕 BmN细胞系,最终得到了
AcNPVBmNPV融合型杂交重组病毒,其基因组中
helicase基因中有一部分是与 AcNPV的同源部分重
组的,因此此重组病毒既可以侵染家蚕又可以侵染
苜蓿丫纹夜蛾,从而扩大了其宿主范围。
4 结构相关基因
与核型多角体病毒形态结构相关的基因是一个
比较大的类群,大致可以分成两类:第一类是病毒的
结构蛋白基因,其编码的蛋白是病毒结构的组成成
分;另一类是编码病毒装配过程中所需要的酶等各
种蛋白的基因。
结构蛋白中首先要提到的就是多角体蛋白基因
(polh),从其命名上就可以看出,它是组成核型多角
体病毒颗粒的主要成分,其能达到整个病毒颗粒的
95%以上,并且其在极晚期的表达量可以达到细胞
可溶性蛋白的1/3以上[29]。而在基因工程改造后
的核型多角体病毒中,polh的表达量则可能随环境
的改变而改变。Cheng等人用fp25k基因突变的Ac
NPV侵染3种细胞系,发现polh大部分在Sf21细胞
系中比在Sf9和Hi5细胞系中表达量高[30]。还有研
究发现在某些基因中插入部分polh的片段能大幅度
提高这个基因的表达量,这也成为提高这些基因表
达的一种可选方法[31-33]。
由于核型多角体病毒的核酸是包裹在囊膜中,
因此囊膜蛋白也是组成病毒结构的一个重要部分。
囊膜蛋白是存在于囊膜上多种膜蛋白的统称,因此
由不同基因编码不同的囊膜蛋白,而它们也具有不
同的功能。例如家蚕核型多角体病毒 Bm91及
Bm51基因编码的囊膜蛋白不是病毒增殖的必须基
因,但其与病毒侵染宿主的能力相关[34-35],而家蚕
Bm79基因则编码了病毒囊膜上的一个结构蛋
白[36]。相兴伟等人通过对家蚕核型多角体病毒囊
膜蛋白E25和E56的表达和定位分析发现,其不仅
在病毒粒子包涵入多角体的过程中起信号引导作
用,并能引导外源目的蛋白进入多角体[37-38]。在
AcNPV中的研究发现其p74基因编码的囊膜蛋白在
病毒与宿主中肠细胞的结合与融合过程中起重要
作用[39]。
在病毒装配过程中涉及到很多蛋白,但大部分
都没有研究得特别清楚,仅仅知道其与病毒的装配
有关,而具体在装配过程中起到什么作用还不是十
分确定。例如在棉铃虫核型多角体病毒中,38k基
因就与病毒核衣壳的组装有关[40]。再比如 p6.9基
因编码的蛋白又称DNA结合蛋白,是一种富含精氨
酸的碱性蛋白,其功能是与病毒基因组 DNA结合呈
微型核小体样结构,使基因组 DNA高度浓缩后包装
进核衣壳[41]。
5 前景展望
在我国已经开发和应用的昆虫病毒种类中,
85%为核型多角体病毒,不到15%为质型多角体病
毒和其它病毒[42]。随着绿色生态概念的深入人心,
昆虫病毒将具有更大的发展前景[43]。它不但可作
为基础研究中的一种重要的基因工程载体为研究宿
主的功能基因提供方便,亦可作为一种新型的生物
农药为农业和林业生产中的害虫防控提供新的选
择。但由于其自身的特点也具有一定的局限性,这
可能成为将来科研攻关和开发新制剂的发展方向。
首先,核型多角体病毒具有高特异性的特点,只
能侵染特定的一种或者几种宿主,作为一种农药,它
对生物环境相对安全,这是其一大优点。但一般农
林害虫并不是单一发生的,往往是几种害虫同时或
者轮流发生,这时生产上就需要能够同时杀灭这几
种害虫的生物农药,而这恰恰是核型多角体病毒的
短板。而在基础研究中由于并不是所有的核型多角
体病毒都研究得比较透彻,因此对于研究较少的病
毒由于基础信息的缺乏很难进行深入研究,但如果
通过拓展其宿主域,在已经研究较多的宿主中进行
基因操作,则能够更好的更深入的对其进行基因组
学方面的研究。所以在今后的研究中,如何有针对
性的扩大其宿主范围,达到科研工作中的需要是下
一步需要努力的方向。
其次,其作为一种新型的生物农药,相对于普通
农药最大的一个缺点就是起效时间比较长,如果在
害虫的暴食期,一天所造成的损失就会成倍增长,因
此起效时间越短则防控效果越好。而起效时间受很
多因素的影响,一方面是环境因素,这需要在实际生
产应用中慢慢摸索;另一方面则是由病毒自身的性
状所决定,因此通过对病毒自身基因组学的深入研
究,并对改变其遗传性状或者增加增效因子从而缩
短其起效时间,是另一个有价值的研究方向。
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