全 文 ：#专论#
系统生物学与中药现代化
张继勇t ou o王庆国v o王 钊t ou 3
kt1 清华大学 医学院 o北京 tsss{w ~u1 河南中医学院 o郑州 河南 wxsss{ ~
v1 北京中医药大学 o北京 tsssu|l
≈摘要  系统生物学是旨在从整体高度理解生物系统的新的研究领域 o基于分子生物学对生命体研究的进
展 o它着重于以系统的联系性来阐释生命现象 ∀作者从中医药与系统生物学的相通性出发 o论述了以系统生物学
研究思路结合中药自身特点进行中药现代化的策略 o并提出了中药活性成分组学概念 ∀
≈关键词  系统生物学 ~中药现代化 ~活性成分组学 ~整体 ~系统
≈中图分类号  • u2sv ≈文献标识码  „ ≈文章编号  tsst2xvsukussxluu2tzux2sv
≈收稿日期  ussx2sv2ut
≈通讯作者  3王钊 oר¯ }kstslyuzzuuws oƒ¤¬}kstslyuzzuuws o∞2
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1 系统生物学的概念
系统生物学是继基因组学 !蛋白质组学等组学提出之
后 o首次在分子生物学的知识框架下 o从整体层次上研究生
命系统的一门新兴科学≈t  ∀系统生物学家们认为对于生命
体这样一个复杂的整体 o仅研究单个基因是远远不够的 o因
为基因在生命体中的存在并不是孤立的 o基因之间的相互作
用也不是简单的线性关系 o且有着复杂的调控网络≈u  ∀在生
命过程中更重要的是生命各个单元之间存在的相互影响和
相互关系 o将生命体割裂成一个个彼此孤立的单元去考虑 o
从各个单元中找到它与整个生命体的关系是片面的 ∀系统
生物学研究主张将生物系统中所有组成成分k基因 !°• ‘„ !
蛋白质等l的构成 o以及在特定条件下这些组分间的相互关
系都搞清楚 o并从相互关系着手 o建立起从分子到细胞 !器
官 !进而到生物体水平的坚实知识结构 o按照从序列 ψ结构
ψ功能到相互作用 ψ网络 ψ功能的研究思路和研究方法理
解生物系统的整体性质≈v  ∀系统生物学的出现是人类基因
组计划完成之后 o生命科学转为整合性研究的一个新的高
度 ∀
中医药理论的特色之一正是其整体性 o可是自中药现代
化的命题提出以来 o以提取分离单味药中有效单体为主的工
作为阐明中药作用的物质基础 o为新药的开发起到了一定的
作用 ∀但是随着研究的深入及大量工作的展开 o研究者们发
现 }药物的化学成分是提出来了 o可药效却降低或是消失了 o
而且 o提取纯化程度越高 o疗效越不理想 ~所制定的单味药有
效性的标志性成分并不总能标志中药的质量 ~以现代新技术
制成的中药复方制剂也往往达不到汤剂的治疗效果 o中药现
代化的研究陷入了简单重复 !水平低 !进展慢的困惑之中 ∀
2 中药的系统性
中药有效性的物质基础是其中所含的化学成分 o也正是
这些同类及不同类的化学成分相互配合才表现出了四气 !五
味 !归经 !升降浮沉 !毒性等药性 ∀组方后 o单味药的活性成
分重新组合 o或生成新的有效物质 o或相互协同而增加疗效 o
或相互拮抗而降低疗效 o或减小毒性 o或增加毒副作用等等 o
从而构成了新的更高一层的系统 o并在与人体作用时 o其活
性成分与靶系统之间发挥强大的系统与系统的作用k图 tl ∀
图 t 中药的系统性
正是中药的这种系统性决定了仅以提取有效成分 o以单
体疗效来评价中药整体疗效或是复方研究的只拆不合的方
法 o必然无法得到其本质属性 ∀对传统中药学的整体观只主
张维持中药/整体0 o不主张用现代科学技术来分析研究中药
内的诸多要素 o埋首于传统中药学的故纸堆 o也只能使中药
现代化的研究止步于现代科技的门前 ∀因此 o中医药要想继
续保持强大的生命力 o既不能囿于 / 整体观0而拒绝发展 o也
不能仅停留在提取 !提纯有效成分的水平上 o应该以中医药
理论为指导 o借助现代生物医学的先进研究方法 o上升到对
中药系统性的研究 o建立一个全新的与现代学科同质≈w 的理
论体系 ∀
3 以系统生物学的研究思路指导中药研究
系统生物学不同于以往的还原论生物学 ) ) ) 仅关心个
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第 vs卷第 uu期
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中 国 中 药 杂 志
Χηινα ϑουρναλ οφ Χηινεσε Ματερια Μεδιχα
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别的基因或蛋白质 o抹煞各部分之间及部分与整体之间的作
用和联系 o也不同于控制论 o仅研究输入与输出 ∀而是在以
往分子生物学提供的大量基因 !蛋白质等系统构成信息的基
础上将单个生物分子放在整体中加以研究≈t  o并以了解整体
层次的功能为最终目的 ∀
正如生物学的研究一样 o中药现代化既需要研究单味药
及复方中各化学成分的理化性质及生物活性 o又需要研究化
学成分间的反应规律及与人体作用的靶系统和其协同作用
方式 o这种/发现的科学k§¬¶¦²√ µ¨¼ ¶¦¬¨±¦¨l0与/假设驱动的科
学k«¼³²·«¨¶¬¶2§µ¬√ ±¨ ¶¦¬¨±¦¨l0≈x 的相互结合才可以阐述中药
作用的本质 ∀为此 o作者认为应在大量/分0的研究的基础之
上 o建立以中药活性成分组学研究为主的/合0的研究 ∀
311 中药活性成分组学研究
中药活性成分组学即是利用中药化学研究提供的信息
和产物 o发展和应用新的实验手段 o通过在活性成分组或系
统水平上全面分析中药的功能 o使中药研究从对单一成分研
究转向对多个成分同时进行研究 o并着重探讨成分间相互关
系的一门科学 ∀它在探讨中药有效性时 o在中药活性成分单
体化学及药理活性信息的基础之上 o从整体的角度探讨某一
组或多组活性成分构成 !成分间反应及其功能的系统作用 ∀
活性成分不仅仅指生物活性物质 o而是指在单味药或是
复方中对疾病治疗有贡献的所有化学成分 ∀其具体研究内
容应包括以下几点 }
≠中药活性成分在植物 !动物 !矿物体内的动态产生过
程 o及其所含活性成分与气候 !土壤及其他栽培条件的关系 ∀
中药在加工炮制过程中化学物质的动态变化过程 o进
而研究其组成药对 !复方后各种化学成分的降解 !构型转变
及成分间反应规律 ∀
≈ 单味药 !药对及复方中化学单体的药理活性及作用靶
点 ∀
…单味药 !药对及复方成分的整体药理活性及活性成分
组的确定 ∀
 中药化学信息及药理活性数据库的构建 !数据分析及
中药全部系统行为的模型与模拟 ∀
因此 o活性成分组学研究面临的工作主要有三项 }数据
收集 !数据分析 !系统建模及预测 ∀为此 o可以制定以下研究
策略 }第一 o以高效率 !高速度的提取分离技术进行药物化学
构成及化学动态反应规律的探寻 o建立化学模型 o预测控制
及药物化学组成 ∀第二 o建立适当的活性评价模型 o以高通
量k«¬ª«2·«µ²∏ª«³∏·l≈y  !高内涵k«¬ª«2¦²±·¨±·l≈z 的药物活性成
分检测手段进行活性筛选 ∀这一筛选不仅要筛选单体 o更要
与传统的整体理论及宏观调控相接合筛选活性成分组 ∀第
三 o从活性成分组学角度应用数学方法及计算机技术平台分
析建模 o预测系统行为 o最终指导新药研究k图 ul ∀
图 u 中药活性成分组学研究
中药活性成分组学研究与以往提出的中药的各种组学
研究不同之处 o一是关于活性成分的界定不同 o它强调从中
药的加工 !炮制 !配伍 !组方等各个方面都发挥了作用的物
质 o即使是仅发挥物理作用的物质 ∀二是这里引入了系统生
物学处理大量数据时的分析与建模的方法来研究中药复杂
成分之间的关系 ∀
312 模型与模拟问题
在对系统的研究中 o为研究微观信息的整体性质 o其中
一个重要问题就是模型与模拟的问题 o而对于中药活性成分
组学研究来讲 o如何将采用化学方法得到的微观化学成分的
信息整合而得到中药整体层次上的四气五味 !升降沉浮性质
及功效等也是进行活性成分组学研究的一个重要问题 ∀在
系统生物学的研究中 o生物学家们采用了多种模型建立方
法 o如贝叶斯网络 !人工神经网络模型及模块分析法等 ∀这
些模型及模拟的方法同样可以应用于中药的研究中 ∀如 }对
于某些过于复杂的中药活性组分系统 o很难获得其所有互相
联系的组分信息时 o可以采用贝叶斯网络k…¤¼¨ ¶¬¤±l来对已经
获得的有限数据进行建模并描绘出药物整体活性及活性成
分间所表现出的相辅相成的作用规律k图 vl≈{ o|  ∀
再如 o对于中药自身代谢 !加工 !炮制 !组方及体内代谢
及与靶点作用的过程中存在的复杂化学及生物化学反应体
系 o可以采用模式识别和人工神经网络方法k¤µ·¬©¬¦¬¤¯ ±¨ ∏µ¤¯
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±¨ ·º²µ®o„‘‘l处理这些体系的实测数据 o不仅有助于对这些
复杂现象的理解 o而且为实用目的控制反应过程提供数学模
型和优化控制策略k图 wl≈tt otu  ∀
图 v 贝叶斯网络表示基因关系的示意图
图中基因 u只有在基因 t和基因 w表达后才能得到表达 o
而基因 u又调控着基因 x的表达等≈ts 
此外 o模块分析法也是构建系统模型 o模拟系统行为常
用的方法之一≈tv  ∀这些模型与模拟的方法都可以为中药活
性成分组学研究所借鉴 o为中药活性成分的微观信息与中药
药性的宏观整体性质架起一座桥梁 ∀
图 w 一种具有输入层 !输出层和隐含层
三个层次的人工神经网络形状
4 结语
系统生物学的发展及新技术的应用将会使医学在未来
ts ∗ us 年内转变为预防性的医学 o并最终实现个体化用
药≈tw  ∀中医药学整体性思想和用药规律与系统生物学的相
通性 o不仅会促使中医药学在其自身发展中借助系统生物这
门现代生物学的语言 !手段和成果去阐述和进行理论创新 o
还会为系统生物学在对生命体各层次元素整合时提供有宜
的指导 ∀如果说生物学传统还原论的研究方法将生命现象
归结为某个孤立基因的功能与中医学完全相背 o如果说现代
基因组学 !蛋白质组学的研究方法的层次不够丰富 o不足以
阐释动态的在各层次互相交织的生命现象 o那么系统生物学
这个以生命各个层次动态的 o整体的观点为研究思路的新的
学科给了中药研究以很好的启示 ∀
的确 o中医学与现代科学面临着传统文化与现代科学的

冲突 o而将这样两种不同哲学背景的科学达到共容就像是将
一门科学的语言翻译为另一门科学的语言 o将是一件困难的
事情 o常常由于/没有共同语言0而举步维艰 ∀但这正像威尔
逊在他的著作5融会贯通6k≤²±¶¬¯¬¨±¦¨ o¥¼ ∞§º¤µ§ ’1 • ¬¯¶²±o
„¯©µ¨§ „1 Ž±²³©ot||{l中所描述的人文科学与现代科学的关
系一样 o应把/边界看成是一块既宽 o大部分又未被探索过的
领地 o而不是一条边界 o这个领地等待着科学和人文文化互
相协作共同开拓 o误解来自对这块领地的无知0 ∀
≈参考文献 
≈t  Ž¬·¤±² ‹ q ƒ²∏±§¤·¬²±¶²©¶¼¶·¨°¶¥¬²¯²ª¼o¦«¤³·¨µ¶¼¶·¨°¶¥¬²¯²ª¼}
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大学学报 ot||{ ouukul }tsw q
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掘中的应用 q清华大学学报 ousst owtktl }w| q
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息与控制 oussw ovvkwl }wxz q
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µ¨¶©²µ·«¨µ¤³¨ ∏·¬¦¬±·¨µ√ ±¨·¬²±q Χυρρ Οπιν Μολε Τηερoussw oykyl }
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方制剂和中药分析中的应用 q药物分析杂志 ot||y otykvl }
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≈tv  沈树泉 o管又飞 q系统生物学 ) ) ) 从生物分子到机体反应过
程 q生理科学进展 oussw ovxkvl }u{t q
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( Τονγϕι Ηοσπιταλ, Τονγϕι Μεδιχαλ Χολλεγε , Ηυαζηονγ Υνιϖερσιτψ οφ Σχιενχε & Τεχηνολογψ, Ωυηαν wvssvs , Χηινα)
[ Αβστραχτ] Οβϕεχτιϖε : ײ ¬¨³¯²µ¨ ·«¨ ©¨©¨¦·¶²©§µ∏ª2¦¤µµ¬¨§¶¨µ∏° ²©·«¨ §¬©©¨µ¨±·³¤µ·¶²© Πορτυλαχε ολεραχε ²± ¦¼·²®¬±¨ בƒ2Α¤±§
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[ Κεψ ωορδσ] Πορτυλαχε ολεραχε ; ¤§¬³²¶¨ ¦¨¯¯ ~בƒ2Α~Œ2y
≈责任编辑 方文贤 
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(t1 Μεδιχαλ Σχηοολ, Τσινγηυα Υνιϖερσιτψ, Βειϕινγ tsss{w , Χηινα ;
u . Ηεναν Υνιϖερσιτψ οφ Τραδιτιοναλ Χηινεσε Μεδιχινε , Ζηενγζηου wxsss{ , Χηινα ;
v . Βειϕινγ Υνιϖερσιτψ οφ Τραδιτιναλ Χηινεσε Μεδιχινε , Βειϕινγ tsssu| , Χηινα)
[ Αβστραχτ] ≥¼¶·¨°¶¥¬²¯²ª¼¬¶¤ ±¨ º ©¬¨ §¯¬± ¥¬²¯²ª¼·«¤·¤¬°¶¤·¶¼¶·¨°2¯ √¨¨¯ ∏±§¨µ¶·¤±§¬±ª²©¥¬²¯²ª¬¦¤¯ ¶¼¶·¨°¶q…¤¶¨§²±·«¨ µ¨2
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©²µ·«¨ µ¨¶¨¤µ¦«²©×≤  °²§¨µ±¬½¤·¬²± º¤¶µ¨©¨µµ¨§oº«¬¦«¬±√²¯√ ¶¨¤ ±¨ º ¦²±¦¨³·o¦²°³²±¨ ±·²°¬¦¶q
[ Κεψ ωορδσ] ¶¼¶·¨°¶¥¬²¯²ª¼~·µ¤§¬·¬²±¤¯ ≤«¬±¨ ¶¨ ° §¨¬¦¬±¨ °²§¨µ±¬½¤·¬²±~¦²°³²±¨ ±·²°¬¦¶~«²¯¬¶° ~¶¼¶·¨°
≈责任编辑 方文贤 
热烈庆祝5中国中药杂志6创刊 xs周年
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