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基于ITS2序列鉴定红白二丸药材及其近缘易混品



全 文 :20 1 6 第十八卷 第二期 ★Vol . l8 No .2
基于 ITS2 厚 列签走紅 合 二丸药材
及其逯缘 易 混品 *
郑丽慧 u ,徐 江 3 , 李西文 3 , 丁晓萍 2 , 肖 凌 2 , 汪 波 2 , 李丹平
( 1 . 湖北中医药大学 武汉 43006 5 ;2 . 湖北省食品药品监督检验研究院 武汉 43007 5 ;
3 . 中国 中医科学院中药研究所 北京 1 00700 )
摘 要 : 目 的 : 基 于 ITS2 序 列 建立红 白 二丸 药 材及其近缘 易 混品 的 分子鉴定方 法。 方 法 : 共 收集 67
份红 白二丸药材 ( 中 华秋海 裳 ) 及其近缘 易 混品 (秋海裳 、 掌裂叶秋海 裳和柔毛秋海裳 ) ,提取总 DNA 、 PCR
扩增 ITS2 序 列并进行双 向 测 序 , 通过 Cod onCod eA l igne rV4 . 2 . 1 对测序序 列 进行质量分析和拼接 , 采 用
MEGA6 . 0 进行 多 序列 比对分析 ,并基于最近距 离 法和建树法 ( NJ 树和 UPGMA 树 ) 对红 白 二丸药材及其近
缘 易混品进行物种鉴定 。 结果 : 最近距 离 法和建树法的结果均表明 中 华秋海 裳与 其近缘 易 混品掌裂叶秋海
裳 、 柔毛秋海裳能有效 区分 , 但其与 秋海 裳 未能 区分开 (秋海 裳与 中华秋海裳 为原 亚种与 亚种的 关 系 ) 。 结
论 : ITS2 序 列 可 以有效 区分红 白 二丸药材及其近缘易 混品的 物种基原 , 可以作为 红 白二 丸药材的 分子鉴定
方 法 , 为红 白二丸药材的 真伪鉴别和保证临床用 药安全提供有效的技术 支持 。
关键词 : DNA 条形码 ITS2 序列 红 白 二丸 近缘 易 混品
d o i: 10 . 1 1 842 /ws t . 20 16 . 02 .0 14中 图 分类号 : R282 . 5文献标识码 :A
秋海棠属 药用历史始载于公元 1 7 6 5 年的 《本pd cm/WaL ev i . 的 根状茎 (水八 角 ) 和柔 毛秋海棠
草纲 目拾遗 》 ,历史悠久 , 疗效确切 , 在 1 0 多个 民族jBegora iaAe/ iry iH em s l . 的块垄 (岩丸子 ) 都作为红 白
被广泛使用 ⑴ 。 红 白二丸为秋海棠科 B egon ia c eae二丸药材使用 [ 6_ 9] , 但它们的功能主治并不完全相
植物 中华秋海棠 A . DC . 的块茎或同 ? , 造成了 红 白 二丸药材的误用 和混用 。 目 前 ,
全草 , 又称红黑二丸 、岩丸子 、鸳鸯七 、 一点血 、 山海秋海棠属药材的鉴定多集 中在传统的性状 、 显微鉴
棠 , 其性味苦 、 酸 、 平 , 在 土家族 、 苗族 、 白 族 、 傣族 、 别等方面 [ 1 1 _ 1 5 ] 。 这些方法的主观性较大 、 特异性不
拉祜族、 仡佬族等少数 民族 常被用来治疗 月 经不强 , 无法满足 中草药去伪存真的需求 。 因此 , 急需
调 、跌打损伤和痢疾等症 [ 2_5 ] 。一种快速 、稳定 的方法来准确鉴别红 白二丸药材及
部分 中草药的 “ 同 名异物 ” 现象给 中草药安全其近缘易混品 。
有效使用带来极大的隐患 。 由于历代本草记载不一 DNA 条形码技术具有准确 、稳定 、重现性好 、操
致 , 各地 民 间的用药 习惯不 同 , 以及秋海棠属药材作简便等特点 , 是 当前物种鉴定的研究热点 [ 1 6— 2 1 ] 。
原植物 、 药用部位形态非常相似等原 因 , 民 间常将目 前 , 中药材 DNA 条形码分子鉴定法指导原则 已
中 华秋海棠与 同 属植物秋海棠 fie贫o ni aemras i ana纳人 《 中 国 药典 》 20 1 0 年版第三增补本附录及 《 中
Andi ?? 的块茎或全草 (秋海棠 ) 、掌裂叶秋海棠 国 药典 》 20 1 5 年版指导原则 [22 ’ 23 1 , 已在多种动植物
药材及其混伪品的鉴定 中得到 了广泛 的应用 [ 23 - 3° ] 。
收稿 日 期 : 20 1 5- 1 1 -29本研究利用 ITS2 序列对红 白 一? 丸药材及其近缘易
修回 日 期 : 20 1 5- 1 2-07
*湖北 省 自 然科学基金委重点项 目 ( 2 01 5CFA09 8 ) : 湖北常用秋海裳科药 用植物 DNA 条形码鉴定及亲缘关系分析 , 负 责人 : 李丹平 。
**通讯作 者 : 李丹 平 , 主任药师 , 硕士生导师 , 主要研究方向 : 中药 资源及其品质研究 。
230[WorldSci enceand Te chnology/Modern iza tionof Tradit iona lChine seM edic ineand Mat er iaMedica ]
世界科学技术一中医药现代化★专题讨论 : D NA条形码技术在中药材及其种源鉴定中的应用
混 品进行 DN A 条形码鉴定研究 , 可 为 红 白 二丸药 1 . 2 . 2PC R 扩增及测 序
材 的快速 、 准确鉴定及其安全用药提供技术 保障和 ITS2 序列扩增及测序 的通用 引物 1TS 2F 为 : 5 '-
科学依据 。 ATGCGATA CTTGGTG TG AAT-3 , , ITS 3 R为 : 5 , - GA
, 卜 . CGC TTCTC CAGA CTA CAAT-3

。 PCR反 应 体 积
1材料与万法 为 2 5 叫 , 体系 内 含 2 x T a gPC RM a s t e rM i x(批号 :
1 . 1 材料26 1 742AX , 北京艾德莱生物科技有限公司 ) 1 2 .5 吣 、
本实验共收 集了 红 白二丸药材 ( 中 华秋海棠 引 物各 1 . 0 卟 ( 2 . 5nm o lf ) 、模板 DN A 为 2 叫 ,
的块茎 、 全草 ) 及其近缘易混品 ( 秋海棠 fi .加 灭 菌 双蒸水至 2 5h L 。 扩 增 程序 : 9 4 t 预变性
emWan a 的块茎 、全草 , 掌裂叶秋海棠 fi .5 111 丨 11 , 94^变性 3〇 3 , 56 ££ 退火 3〇 3 , 72 <1:延伸 453 , 40
的根状茎 ,柔毛秋海棠 的块茎 ) 共 4 个物个循环 , 7 2 丈 延伸 1 0m i n [ 3 2 1 。 PC R 扩增产物使用琼
种 6 7 份样品 , 以 上样 品 均经中 南 民族大学万定荣脂糖凝胶电 泳进行检测 , 将条带单一且清晰 的 PC R
教授鉴定 , 样 品信息详见表 1 。产 物 用 全 自 动 DN A 测 序 仪 ( 型 号 : 2 7 2 0X L , 美 国
1 . 2方 法Ap p l i edB i os ys tem s 公司 ) 进行双向 测序 。
1 . 2 . 1DN A 提取 1 . 2 . 3数据处理
取干燥药材经 7 5% 乙醇擦拭药材表面后称取将测序后 的 序列使用 Cod onC o cl eAli gn e rV4 . 2 .4
50mg( 原植物 干 燥 叶片称 取 30 -40m g ) , 高 通量 ( 美 国 Cod onC od e 公 司 ) 校 对拼 接 , 去 除 引 物 区 ,
组织球磨仪研磨 2m i n ( 5 0H z ) , 利用植物 DNA 提同 时 基于 隐 马尔 可 夫模 型 H MM e r 注释除去 5 . 8 S
取试剂盒 ( 批号 : 0 342 8 , 北京天 根生化科技有限公和 2 8 S , 从 而 获 得 IT S2 序 列 [ 34] 。 所 有 序 列 用 软
司公司 ) 提取总D NA , 叶 片样 品65 t 水 浴3 0m i n  , 件M EGA6 . 0(M o le cu l arE v o l u t i on a ryG en e t i c s
块茎 样 品 加 核 分离 液 ( 1 00mm o l . L/ 1 ,Tr i s - H C L ,A na l y s i s) 进 行 比 对 分 析 1 3 5 ] , 并 基 于 K i m ur a2
pH= 8 . 0 ;2 0mm o l . L
1E DTA , pH = 8 . 0 ;0 . 7mmo l . L


,Pa ra m e te(K2 P) 双 参 数模 型 计 算 种 内 、 种 间 遗
N aC I , 2%PV P40 , 0 .4% P- 巯基 乙醇 ) 【3 1 ] 洗涤 , 每次传 距 离 分 析 , 用 邻 接 ( N e i g hb o rJ o i n i n g ,N J) 法 、
80 0 叫 , 洗涤 3 次后 , 6 5 1水浴 3h , 其余步骤按照 ( UPGM A) 构建系统发育树 , 利用 Bo o ts t ra p(100 0
试剂盒说明进行 。次 ) 检验各分支的支持率 。

表 1 红白二丸药材及其近缘易混品

药材名原植物名拉丁名样品数样品 来源GenBank 号功效
红 白二丸中 华秋海裳Begonia sinensis2湖北恩施KT989450 、 KT989468 活血调经 、镇痛
6湖 化荆 门KT98945 1 -KT989454 、M^1 KT989445 . KT98 9467
7湖北神农架KT98945 5-KT98946 1
5湖北咸宁KT989462-KT989466
2江西九江KT989469 、 KT9 8947 0
秋海裳 秋海裳B. evammm6湖北恩施 解毒散痒 、止痛杀虫
K .  1 VoV44J > K. 1 V〇y444
5湖北 宜 昌KT989435-KT98943 8 、 KT989449
3江西九江KT989446-KT989448
水八角 IS6 湖北恩施===__ 触止血 、利湿消肿
4湖北神农架KT989474-KT98947 7
” 、上。— 曰KT989478-KT98948 1 、
1 1湖北宜 昌 _KT989484-KT989490
岩丸子柔毛秋海裳R hemyi1 0湖北宜 昌KT989493-KT989502活血消肿 、解毒利湿
[ WorldSc ienc eandTec hn ology/Mode rnizat i onofTradi tiona lCh i nes eMedic in eand Ma t eriaMedica]23  J
2 0 16 第十八卷 第二期 ★ V〇1 . 1 8 N〇 . 2
2 结果与分析A-T 变 异 、 2 0 1 位点 G-T 变 异 , 2 1 0 位 点 、 2 1 3 位点
_L^,G- C 变异 , 2 1 7 位 点 、 2 1 9 位点 A- C 变异 , 2 2 1 位点2 . 1 红 白二 丸 约材 及其近缘 % 混品序 列 变'为 析T_G 变异 , 2 30 位点 G _A 变异 , 5 个单倍型 。红 白 一丸药材及 其近缘易混 u 口 的 序 列 长 度 ^&2 . 2 红 白二丸 药材及其近缘 易 混品遗传距 离 分析
2 2 6- 3 1 0b p ’ ^IT S2 序列特征及遗传距离见表 2 。 基于 ITS 2 序列 的 K2 P遗传距离分析结果表明 ,中华秋海棠 ( B .— )的 ITS2 序列共 2 2 条 , 中 华秋海棠的最大种 内距离为 〇 . 〇403 ; 在 中华秋海序列 平均长 度 3 09b p , 平 均 G C 含量为 6 0 .2% , 有 棠与 3 种近缘易混 品 的种 间最小遗传距离 中 , 中华
1 2 个变异位点 , 9 个单倍型 , A2 和 A6 是 中 华秋海 秋海棠与柔毛秋海棠的距离最远 , 为 〇 _ 1 446 ; 其次棠主要的单倍型 。 红 白二丸药材 ITS 2 序列种 内变 是 中 华秋海棠与掌裂叶秋海棠 , 为 〇 . 〇 9 56 ; 中 华秋
异位点见表 3 。海棠与秋海棠的最近 , 为 0 . 0 000 。 红 白二丸药材及
秋海棠 ( B .e 〃a /^a rm ) ITS 2 序列共 1 4 条 , 序列 其近缘 易混品 的种 内种间 K2P 遗传距离见表 2 。 红
平均长度 3 0 8b P , 平均 GC 含量为 60 . 1 % , 有 3t变白二丸药材 的种 内 K2 P 遗传距离及其与 各近缘易
异位 点 , 分别是 1 97 位点 C -T 变异 、 2 6 5 位点 T -C混品的种间 K2P 遗传距离见表 4 。
或 T- Y 变异 、 28 9 位点 G-A 变异 , 5 个单倍型 。2 .3 红白 二丸 药村及其近缘易混品 ITS2 序 列聚类分析
掌 裂 叶 秋海棠 ( 及 peAm/Wa nTS2 序 列 共 2 1基于 I TS 2 序 列构建红 白二丸药材及其近缘易
条 , 序 列平均长度 3 ] 0b P , 平均 G C 含量为 5 8 . 6% ,混品 UP GM A 树 ( 图 1 ) 和 N J 树 ( 图 2 ) , 2 种方法均
有 5 个变异位 点 , 分别是 1 8 位 点 C-T 变异 , 4 5 位采 用 K2P 距离 , 并 以 Boo t st rap 作 1000 次可 信度
点 T-A 变 异 , 47 位点 、9 3 位点 C -G 变异 , 1 2 0 位点分析 , 以评价分支 的统计学意 义 和可靠性 。 由 图 1
G-A 变异 , 6 个单倍型。所示结果 可 以看 出 , 柔毛秋海棠 1 0 个样本聚 为一
柔毛 秋海 棠 ( S .Zie n ry i) ITS 2 序列 共 1 0 条 , 序支 , 其单 系 分支支持率为 1 0 0% ; 掌 裂 叶秋海棠 2 1
列平均 长 度 24 6b p , 平 均 GC 含 量为 6 1 .4% , 有 9个样本聚 为一支 , 其单系分支支持率为 1 00% ; 中 华
个变异 位点 , 分别是 1 9 位 点 A- G 变异 、 1 9 4 位 点秋海棠与秋海棠聚为一大支 。 同 时 , N J 树得到的结

表 2 红 白二丸及其近缘易混品 的 ITS2 序列特征及遗传距离

原植物名平均序列长度 /bp平均 GC 含量 /%种 内 K2P距 离 ( 平均值 ) 种间 K2P距 离 ( 平均值 )
中华秋海裳 3 09 60 .20-0 .040 3 ( 0 .010 4 )0-0 . 1 44 6(0 . 077 4 )
秋海裳 3 08 60 . 1 0-0 .0098 ( 0 .004 1 ) 0-0 . 124 2( 0. 063 0 )
掌裂叶秋海裳3 1 058 . 60-0 .009 7( 0 . 003 3 ) 0 .08 84-0 . 1 49 9( 0. 1 09 3 )
柔毛秋海裳 246 6 1 .4 0-0 .0292( 0 .0 10 2 ) 0 .0990-0 . 149 9( 0 . 1 2 1 9 )
注 : 种 间距 离 为 一 个物 种与 其他 3 个物种之 间 的 距 离

表 3 红 白二丸药材 ITS2 序列种内 变异位点

Gen Bank 登录号单倍型^异位点 /bp
24861631321982222 5426628 7290
KT9 89445A 1G A T A A T T T C C A A
KT98 9450 A2* * * * * * * * *丁* *
KT98 9455A3* * * * * * C * G * * S
KT9 89456 A4C T A * * * C * G * * G
KT98 9457A5** * * * * C * G * * C
KT98 9460 A6* * * * * * * * G * * *
KT989462A7* * * * * * * C * T G *
KT9 89468 A8* * * * * * * * G T G G
KT989469

A9

* * * G G C * C * T G *
注 : “* ” 表示与 第 一行碱基相 同
232 (World Sci ence and Te chnology/Mode rnizat ionofTradi t ional Ch ines eMed ic i ne and Mat e ria Med ica ]
世界科学技术一中医茜现代化★专题过论 : DNA条形码技术在中药材及其种源鉴定中的应用
果 与 U PGM A 树得到 的结果类似 , 掌裂叶秋海棠和发现 : 第 一次 PCR 体 系 中 模板 D NA 的量是 2 叫 ,
柔毛秋海棠均单独 聚为一支 , 秋海棠和 中华秋海棠PCR 成功率为 50 % , 然后将第一次 PC R 失 败的 样
聚为一大支 。 品 D NA 进行浓度测定 , 发现浓度偏高 , 其 中 最高 的
3 . , ^ 3个样 品浓度达到 了 14 1 0n g
. nL' 9 1 1ng . nL - 1 和
S SS ii gwL- 1 。 于是将 P CR 失败样 品 的 D NA 模板量
3 . 1DN A 提取与 PC R 扩增改为 1 从 , 水 相应 的增加 1 叫 , 重新 PCR , 结果电
本实验采 用的是植物 DN A 试剂 盒提取法提取泳检测条带单 一清晰 , PCR 成功率达 到 了 1 00% 。
6 7 份样品 总 DNA , 提 取效率高 、 方便 。 通过实验这表 明 P CR 体系 中模板 DN A 浓度过高会导致 PCR
扩增 失 败 。 因 此 , 合 适 的 模 板 D NA 浓 度是 保 证
表 4 红 白 一丸种 内 K2P 遗传距离及其与各近缘易混 品的PCR 扩增成功 白勺重要因 孛 ; 之一■
3 . 2 红 白 二丸 药材及其近缘 易 混品 的 鉴定
内一 . . 0側严 0 .書“0 4軒 丨TS 2賴 的 K2 P it传距—果細 ,
中华秋海裳 与秋海裳种间0.02 3 300 .009 7不 同产地 的 22 份 中 华秋海棠 的种 内最大遗传距离
中华秋海裳 与掌裂叶秋海裳种间 0 . 1 1 8 90 .09560 . 104 6为 0 .0 403 , 中华秋海棠与其近缘易混 品 掌裂叶秋海
中华秋海裳 与柔毛秋海裳种 间0. 144 60 .09900. 1 152棠 、 柔毛秋 海棠 、秋海 棠间 的 最小种间遗传距离 为
f:參纖鐵_7//^ \
■ 10 Begon 丨a  si— s KT 9894 56_iUJ |— 1M Begoni a s inens is KT98944 5|
々爾__滅、V' /
1 1j1 1
秋海裳和 中 华秋海棠
图 1 基于 1TS2 序列构建红 白二丸药材及其近缘易混品 UPGM A 树
注 : Bo o t s tr ap 100 0 次重 复 ; 支上仅显示 自 展 支持率 彡 5 0 % 数值
[ WorldSc ienceandTechnology/Mode rn iza tionof Tradit i ona lCh in ese Medi c in eandM ate riaMedica ]233
20 1 6 第十八卷 第二期 ★ Vo L 1 8 No .2
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(讀
义,卿 v册y#1 1 1I1 1
秋海裳和 中 华秋海裳
图 2 基 于 ITS2 序 列构建红 白二丸药材及其近缘 易混品 N J树
注 : Bo o t s t ra p1000 次重 复 ; 支上仅显示 自 展支持率 彡 50 % 数值
分别 为 0 . 09 56 、 0 . 1 442 、 0 . 0000 。 除秋海棠外 , 中树的结果均表 明 : 中华秋海棠与其近缘易混品掌裂
华秋海棠与 掌裂 叶秋海棠 、柔 毛秋海棠的最小种间叶秋海棠 、 柔毛秋海棠能很好 的 区分 ; 而 中 华秋海
遗传距离均远远大于 中 华秋海棠的种 内 最大遗传棠和秋海棠不能 有效 区分 。 《 全国 中草药汇编 》将
距离 , 这表明 中华秋海棠与其近缘易混品 掌 裂叶秋秋海棠和 中 华秋海棠定 为两种 不同 的药材 , 而 《 中
海棠 、柔毛秋海棠被很好的 区分 ; 而 中华秋海棠与国植物志 》 和 FZ〇m0/ CA i ruz 将秋海棠 和中 华秋海
秋海棠则不能被有效区分 。棠分别处理为原亚种 fi .gramihsu bs p .gran出s 与亚
基 于UPGM A法 构 建 的 系 统 发 育树 ( UPGMA种fi .granf/ :' 'ss ub sp . (A .D . C .)I rm sch . 1 3 6 ’ 3 7 〗 。
树 ) 是在假设一■ 棵进化树中所有物种 的进化速率是根据 《 中 国植物 志 》 和 Horn0/CTi in a 分类标 准 ,
相 同的 的情况下构建的系 统发育树 , 结果发现掌裂在实践 中 即 使是对一株具备全部重要性状 的个体
叶秋海棠和柔毛秋海棠均单独分 为一支 , 表现出 良开展 鉴定 , 也无法对秋海棠的种下单元进行准确分
好的 单系性 , 而秋海棠和 中 华秋海 棠都聚 在一支 ; 类 。 在考察全国 各地馆藏标本时也发现该种 的鉴定
而 N j 树不用假设进化树 中 所有物 种的进化速率相十分混乱 , 同一地 区 、 同 一地点 、甚 至同 号 的标本往
同 , 其得到的结果与 U PGM A 树的结果相似 , 支持 了往被鉴定为不 同亚种 1 3 8 1 。 所 以 本文希望以 形态学
UPGMA 树的结果 。为基础 , 结合分子生物学手段提 出新的 种下分类处
通过分析序列 变异位点 、 遗传距离 和 系统发育理及标准 。 考虑到 丨T S2 是一种用于区分物种间 的
2 34(WorldSci enc eandTe chnology/Mode rn iza tionof Trad it ional Chi ne seMedi ci neand Ma te ria Med ica ]
世界科学技术一中医药现代化 ★专题讨论 : D NA 条形码技术在中药材及其种源鉴定中的应用
DNA 条形码 , 针对秋海棠和 中华秋海棠的特异性分和 UPGM A 树 ) 分析结果均 能够很好地将红 白二丸
子标记仍需要开发 。药材 与其近缘易混品掌裂叶秋海棠 、柔 毛秋海棠有
效区分 , 中 华秋海棠和秋海棠不能有效区分 。 因此 ,
ITS2 序列 在物种水平上可 以准确鉴定红 白二丸药材
本实验对 6 个不同产地的 6 7 份红 白二丸药材及其近缘易混品 , 证明 ITS2 条形码技术在物种水平
及其近缘易混 品进行 D NA 条形码研究 , 基于 ITS2上对中草药具有 良好的鉴定能力 。 该研究为红 白二
序列 的变异位点 、最近距离 法 、 系统发育树 ( NJ 树丸药材的真伪鉴别和安全有效用药提供技术支持 。
1清 ? 赵学敏 ? 本草 纲 目 拾遗 . 北京 : 人 民 卫生出 版社 ( 第二 版 ) ,20XuZS ,L iDZ ,etal . Ev alua t ion oft he DN AB arc ode s inDe ndrob ium
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( 责任编辑 : 马雅静 张志华 , 责任译审 : 朱黎婷 王 晶 )
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