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刺山柑总RNA提取方法的比较研究



全 文 :北方园艺2014(05):91~95 ·生物技术·
第一作者简介:罗江(1987-),男,硕士研究生,研究方向为植物基
因工程。E-mail:luojiang17@126.com.
责任作者:马春晖(1966-),男,博士,教授,研究方向为饲草生产与
加工。E-mail:chunhuima@126.com.
基金项目:国家“十二五”科技支撑计划资助项目(2011BAD17B05-
2);国家牧草产业技术体系资助项目(CARS-35)。
收稿日期:2013-11-13
刺山柑总RNA提取方法的比较研究
罗   江1,杨 丽 娟1,崔 浩 然1,马 春 晖2,3
(1.塔里木大学 动物科学学院,新疆 阿拉尔843300;2.新疆生产建设兵团塔里木畜牧科技重点实验室,新疆 阿拉尔843300;
3.石河子大学 动物科技学院,新疆 石河子832000)
  摘 要:以刺山柑为试材,研究比较了改良SDS提取法、RNApure Plant Plus Reagent法、
RNAplant Plus Reagent法和RNAprep Pure Plant Kit法提取总RNA的效果,以期寻找一种适于
野生刺山柑叶片高质量总RNA最佳提取方法。结果表明:4种方法提取的总RNA均可见28S
和18S2条电泳谱带,RNAprep Pure Plant Kit法获得的RNA图谱条带清晰、明亮、稳定,28S
rRNA亮度约是18SrRNA的2倍,OD260/OD280为2.00,产率为175.3μg/g,除RNAprep Pure
Plant Kit法能够从叶片中提取到完整性好、纯度高及产率高的总RNA外,其它3种方法提取的
总RNA均存在降解及DNA和蛋白等污染,经cDNA-SRAP分析检测,此方法获得的RNA反转
录后能扩增出清晰稳定的多态性条带,能够满足后续试验的要求。进一步采用RNAprep Pure
Plant Kit法从刺山柑幼苗整株、根、茎及叶中能够获得高质量的总RNA,因此,RNAprep Pure
Plant Kit法适合刺山柑总RNA的提取。
关键词:刺山柑;RNA提取;方法比较;验证
中图分类号:R 282.71 文献标识码:A 文章编号:1001-0009(2014)05-0091-05
  刺山柑(Capparis spinosa L.)属白花菜科(Cap-
paraceae)山柑属(Capparis)多年生藤本小半灌木,又名
老鼠瓜、野西瓜,主要分布在我国新疆、甘肃、西藏等省
区,喜生于荒漠地带的戈壁、沙地、低山和山麓地带,荒
地也有生长[1]。它极耐干旱、耐高温、耐风蚀、耐贫瘠,其
根系发达、根深粗壮且维管系统发达,有的根垂直向下
可延伸达30~40m,同时其叶片气孔整天开放能够很快
的散热,可正常生长于几乎常年不下雨、夏季气温高达
45℃以上、地面温度高逾70℃的砾石戈壁,也可生长在
地下水位10m左右的风蚀地上[2-4]。因此,刺柑是研究
植物耐旱、耐高温不可多得的材料。为深入研究刺山柑
耐旱及耐高温机理,克隆耐旱及耐高温相关基因,提取
纯度、产率高和完整性好的高质量RNA至关重要。刺
山柑生长在极端干旱、高温的恶劣环境中,其体内积累
了大量的药用成分和次生代谢物质[5-7],如挥发油、生物
碱类、黄酮类等物质,对RNA分离纯化产生严重的干
扰,且易造成RNA降解。目前,栾东东等[8]报道有关刺
山柑总RNA提取方法的研究,课题组应用已报道的刺
山柑总RNA提取方法抽提,均未取得理想效果。该研
究比较了4种提取刺山柑叶片总RNA的方法,以期筛
选出提取高质量总RNA的方法,为开展刺山柑后续耐
旱耐高温基因克隆、cDNA文库构建及cDNA-SRAP筛
选差异基因等研究奠定基础。
1 材料与方法
1.1 试验材料
供试材料为2012年9月底采集新疆和静县巴仑台
镇(北纬42°25′48.7″,东经86°15′01.7″,海拔1 315m)刺
山柑的叶片及成熟种子,幼嫩叶片采集后立即置于液氮
中速冻,带回实验室后于-80℃保存,种子经清洗自然
晾干后,储藏于干燥通风处备用。
选用3种商品化RNA提取试剂:复杂植物总RNA
提取试剂RNApure Plant Plus Reagent(CW0537)购自康
为世纪生物科技公司;植物总RNA提取试剂RNAplant
Plus Reagent(DP437)和植物总 RNA 提取试剂盒
RNAprep Pure Plant Kit(DP432)购自天根生化科技公
司。所用试剂中,SDS、PVP和Tris base为Sigma产品,
Agarose为西班牙分装产品,其余均为国产分析纯。所
有试剂均用高温高压过的0.01%DEPC水配制,塑料制
品用0.1%DEPC水浸泡过夜后高温高压灭菌、烘干,玻
璃器皿及研钵于180℃烘烤12h以上备用。
19
·生物技术· 北方园艺2014(05):91~95
1.2 试验方法
试验设4种方法,改良SDS法:参照栾东东等[8]的
方法,SDS提取液(2%SDS,0.125M四硼酸钠,硼酸调
pH=8.5);RNApure Plant Plus Reagent法:根据康为世
纪生物科技公司提供的说明书中的方法进行试验;
RNAplant Plus Reagent法:根据天根生化科技公司提供
的说明书中的方法进行试验;RNAprep Pure Plant Kit
法:根据天根生化科技公司提供的说明书中的方法进行
试验。
1.2.1 RNA完整性检测 取5μL提取的总RNA,用
1.0%非变性琼脂糖凝胶进行电泳检测RNA完整性,紫
外凝胶成像系统观察并拍照记录。
1.2.2 RNA纯度检测 取1μL提取的总RNA,用
NanoDrop 2000/2000C微量紫外分光光度计检测RNA
的OD260/OD280,OD260/OD230值及浓度;计算RNA产率:
RNA浓度(μg/μL)×稀释体积(μL)/样品质量(g)。
1.2.3 cDNA-SRAP分析检测 以提取的质量较好的
刺山柑叶片的总RNA为模板,按照TIANscript RT Kit
cDNA(KR104-02)第一链合成试剂盒操作步骤,将RNA
反转录合成第一链cDNA。选用2001年Li等[9]在芸薹
属作物研究中报道的SRAP通用引物(上游引物 Me1:
TGAGTCCAAACCGGAAA,Me2:TGAGTCCAAAC-
CGGAGC,Me3:TGAGTCCAA ACCGGAAT;下游引物
Em1:GACTGCGTACGAATTAAT ,Em2:GACTGCG-
TACGAATTT GC,Em3:GACTG CGTACGAATT-
GAC)。SRAP反应体系建立:总体积25μL,模板cDNA
40ng、dNTPs 0.2mmol/L、Taq DNA聚合酶0.75U、引
物0.2μmol/L、Mg
2+1.25mmol/L。SRAP反应程序:
94℃预变性4min,94℃变性1min,35℃复性1min,72℃
延伸30s,共5个循环;84℃变性1min,50℃退火1min,
72℃延伸45s,共35个循环;循环结束后,72℃延伸7min,
4℃停止反应。扩增产物用8%的变性聚丙烯酰胺凝胶
电泳检测,银染显影,拍照记录。
1.2.4 刺山柑幼苗不同组织总RNA的提取效果 为
进一步验证优选出的天根RNAprep Pure Plant Kit法是
否也适于刺山柑幼苗不同组织总RNA的提取,利用该
方法分别提取刺山柑幼苗整株、根、茎、叶的总RNA,并
进行纯度及完整性检测。
2 结果与分析
2.1 4种方法提取总RNA完整性比较
4种方法从刺山柑叶片中提取的总RNA完整性检
测见图1。4种方法提取的总RNA均可见28S和18S
2条电泳谱带,RNAprep Pure Plant Kit法提取的总
RNA明显优于其它3种方法,其条带清晰明亮、稳定,且
28S亮度约为18S的2倍,表明该方法提取的总RNA
完整性好,质量较高。改良SDS法提取的总RNA图
谱亮度较弱,获得率较低,有明显的蛋白和DNA污染;
RNApure Plant Plus Reagent法图谱模糊、明显拖带,有
明显的RNA降解现象,并且有明显蛋白和DNA污染;
RNAplant Plus Reagent法图谱较为清晰,但略微弥散、
存在蛋白和多糖等污染。
图1 4种方法提取总RNA完整性检测
Fig.1 The four methods for extracting total RNA integrity testing
2.2 4种方法提取总RNA纯度和产率比较
高纯度RNA的OD260/OD280值应介于1.8~2.1之
间,比值小于1.8时表明有蛋白质等有机杂质污染,大于
2.2时表明RNA已发生降解;而 OD260/OD230值大于
2.0,表明去除多糖及无机盐等杂质效果较好[10]。4种
方法提取总RNA的纯度、浓度、产率及试验消耗时间见
表1。从纯度角度看,RNAprep Pure Plant Kit法和
RNAplant Plus Reagent法提取的总RNA OD260/OD280
值介于1.8~2.1之间,表明所提取的总RNA无DNA、
蛋白质等杂质污染;改良SDS法和RNApure Plant Plus
Reagent法提取的RNA OD260/OD280值不在1.8~2.1之
间,表明残存DNA、蛋白质等杂质或RNA发生降解;
4种方法所提取的RNA OD260/OD230值介于1.7~2.0
之间,表明残存多糖及低浓度无机盐等杂质。从产率角
度看,RNAprep Pure Plant Kit法获得总RNA的产率是
其它3种方法的2~3倍,产率为175.3μg/g。从试验耗
时角度看,改良SDS法耗时最长,为5~6h;RNApure
Plant Plus Reagent法和RNAplant Plus Reagent法耗时
最短,为2~3h;RNAprep Pure Plant Kit法适中,为3~
4h。 
29
北方园艺2014(05):91~95 ·生物技术·
  表1  4种方法提取总RNA纯度和产率比较
  Table 1 Comparison of the four methods for extracting total RNA purity and productivity
RNA提取方法
The method of RNA solared
OD260/OD280 OD260/OD230
浓度
Concentration/ng·μL-1
产率
Productivity/μg·g-1
试验耗时
Consuming of trial/h
改良SDS法 1.70  1.93  124.4  62.2  5~6
RNApure Plant Plus Reagent法 2.30  1.80  119.2  59.6  2~3
RNAplant Plus Reagent法 1.88  1.74  195.8  97.9  2~3
RNAprep Pure Plant Kit法 2.00  1.91  175.3  175.3  3~4
2.3 cDNA-SRAP分析检测
为进一步验证RNAprep Pure Plant Kit法提取的总
RNA质量,将刺山柑叶片的总RNA反转录为cDNA
后,经SRAP-PCR获得了多样性丰富、清晰及稳定的扩
增条带(图2)。表明RNAprep Pure Plant Kit法提取的
总RNA质量较好,经反转录的cDNA样品,可用于基因
的克隆、表达等下游分子生物学研究。
图2 刺山柑叶片总RNA cDNA-SRAP结果
注:1,2:Me1和Em1;3,4:Me2和Em2;5,6:Me3和Em3。
Fig.3 cDNA-SRAP for total RNA extraction from
Capparis spinosa L
Note:1,2:Me1and Em1;3,4:Me2and Em2;5,6:Me3and Em3.
2.4 刺山柑不同组织RNA提取效果的验证
利用优选出的RNAprep Pure Plant Kit法提取刺山
柑幼苗整株、根、茎及叶不同组织的总RNA,检测结果
显示,所得的总RNA电泳图谱条带清晰明亮、无杂质,
且28S亮度约为18S的2倍,且OD260/OD280值均满足
1.8~2.2,说明该方法提取总RNA的完整性好、纯度及
质量较高,适于刺山柑幼苗不同组织总RNA的提取(图
3,表2)。刺山柑幼苗不同组织总RNA的产率存在差
异,大小顺序依次为整株、叶片、茎及根,表明不同组织
RNA的表达量不同。
3 讨论与结论
总RNA提取质量的好坏是基因克隆、表达及功能
等分子生物学研究的基础,直接影响到后续cDNA的合
成、SRAP-PCR及 RNA-Seq等试验的开展。高质量
RNA提取的关键在于防止RNase内外源性污染和去除
    
图3 刺山柑不同组织总RNA提取
注:1:整株的RNA;2:根的RNA;3:茎的RNA;4:叶的RNA。
Fig.3 Capparis spinosa L total RNA extraction from
diferent tissues
Note:1:Whole plant of RNA;2:Root of RNA;3:Stem of RNA;4:
Leaves of RNA.
  表2 RNAprep Pure Plant Kit法
提取不同组织总RNA纯度和产率比较
  Table 2 Comparison of RNAprep Pure Plant Kit
diferent tissues extracted RNA purity and productivity
组织部位
The tissue site
OD260/OD280 OD260/OD230
浓度
Concentration
/μg·μL-1
产率
Productivity
/μg·g-1
整株 Whole plant  2.02  1.96  180.2  180.2
根Root  2.13  1.19  32.0  32.0
茎Stem  2.05  1.34  41.5  41.5
叶片Leaves  2.02  1.98  177.7  177.7
蛋白质、多糖多酚及次生代谢物等杂质干扰[11]。刺山柑
作为一种生长在极端恶劣环境下的多年生旱生荒漠植
物,其体内除含蛋白质、多糖多酚等外,还积累了大量的
次生代谢物,如生物碱类、糖苷及黄酮类等物质[12-14]。
因RNase和多酚氧化酶亦属于蛋白质,要获得高质量的
RNA就必须去除蛋白;多糖易与RNA共沉淀形成难溶
胶状物,而难以分离提取[15];酚类化合物易被氧化,可与
蛋白质、RNA等不可逆结合,导致RNA降解及失活,且
在去除中往往会导致RNA产量损失[16];次级代谢物易
与RNA结合,阻碍RNA的分离[17],这些都增加了刺山
柑RNA提取的难度。
目前,去除蛋白主要有2种方法:1种是加入蛋白变
性剂,如SDS、苯酚和异硫氰酸胍等;另1种是加入蛋白
酶K降解蛋白,再用苯酚/氯仿去除残存蛋白。去除多
39
·生物技术· 北方园艺2014(05):91~95
糖主要有高盐法、乙醇沉淀法和醋酸钠沉淀法。抑制酚
类被氧化主要有2种方法:1种是还原剂法,如加入β?巯
基乙醇等;另1种是螯合剂法,如加入PVP等。RNA常
用提取的方法是CATB法、SDS法、TRIZOL法、商品化
TRIZOL试剂法和试剂盒法。该研究采用的4种方法均
可抽提出RNA,但质量差别很大,这与各方法所用试剂
本身的差异有关[18]。在改良SDS法中,液氮研磨中加
入了可溶性PVP来防止酚类物质被氧化,70%丙酮抽
提来去除酚类物质等杂质[19],并用2%SDS和β?巯基
乙醇变使蛋白变性及抑制RNase活性,经多次Tris平
衡酚/氯仿抽提除去蛋白、多糖等后,最后用NaAC和
乙醇沉淀RNA,但该试验获得的RNA质量较差,产率
较低,与前人结果不一致[8]。在RNApure Plant Plus
Reagent法和 RNAplant Plus Reagent法中,抽提试剂
Trizol(主要成分是苯酚)均按4∶1体积比加入β?巯基乙
醇,从而使蛋白变性及抑制RNase活性,同时β?巯基乙
醇可防止酚类物质的氧化,并用5MNaCl、氯仿及异丙醇
去除蛋白、多糖等杂质,但该试验2种方法获得的RNA质
量相差很大,RNApure Plant Plus Reagent法获得的RNA
质量最差,产率最低,而RNAplant Plus Reagent法质量较
好,产率较高。RNAprep Pure Plant Kit法采用了高效、专
一结合核酸的离心吸附柱和独特的缓冲系统,其中裂解液
RL主要成分是异硫氰酸胍,使用前按100∶1体积比加入
β?巯基乙醇,可有效裂解核蛋白促使蛋白变性及抑制
RNase活性,并使用DNase I、去蛋白液RW I、漂洗液RW
通过滤柱CS和吸附柱CR3相结合可有效去除DNA、蛋
白和多糖等杂质,获得了高质量和高产率的总RNA。
不同植物不同组织或同一植物不同组织,由于组成
成分及结构上差异,如多糖多酚含量、次生代谢物种类、
木质化程度及细胞壁厚度等,往往需要采用不同的方法
来提取植物RNA[20]。为了检验RNAprep Pure Plant
Kit法对刺山柑不同组织部位RNA的提取效果,利用该
法分别提取了刺山柑幼苗整株、根、茎及叶的RNA,经检
测,表明提取效果很好,但各组织条带的亮度差异很大,
这很可能是不同组织表达量差异照成的,也表明叶片是
刺山柑总RNA提取的最佳组织部位。
该试验结果表明,RNAprep Pure Plant Kit法对刺
山柑RNA提取效果最好,该方法提取刺山柑总RNA完
整性好、纯度和产率高,去除杂质的效果好,经cDNA-
SRAP分析结果可获得多态性性丰富、清晰及稳定的扩
增条带,为后续的分子生物学研究奠定了基础。
RNAprep Pure Plant Kit法适合刺山柑幼苗不同组织部
位RNA的提取,尤其是叶片中获得的RNA产率较高。
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Comparison of Extraction Methods for Capparis spinosa L.Total RNA
LUO Jiang1,YANG Li-juan1,CUI Hao-ran1,MA Chun-hui 2,3
(1.Colege of Animal Science,Tarim University,Alar,Xinjiang 843300;2.Key Laboratory of Tarim Animal Husbandry Science and Technology
of Xinjiang Production and Construction Corps,Alar,Xinjiang 843300;3.Colege of Animal Science and Technology,Shihezi University,
Shihezi,Xinjiang 832000)
49
北方园艺2014(05):95~97 ·生物技术·
第一作者简介:郭亚华(1953-),女,黑龙江哈尔滨人,研究员,现主
要从事植物空间诱变育种和生物技术工作。E-mail:guoyahua@
sina.com.
责任作者:陈立新(1963-),男,黑龙江哈尔滨人,研究员,现主要从
事设施园艺规划和设计及蔬菜栽培工作。E-mail:cbc03@
126.com.
基金项目:国家“863”计划资助项目(2012AA101202);国家大宗蔬
菜产业技术体系哈尔滨综合试验站资助项目(CARS-25-G-11)。
收稿日期:2013-11-14
辣椒经地面模拟诱变后的RAPD鉴定
郭 亚 华1,谢 立 波1,王   雪1,陈 立 新1,刘 录 祥2,周   宇1
(1.黑龙江省农业科学院 园艺分院,黑龙江 哈尔滨150069;2.中国农业科学院 作物科学研究所,
国家农作物航天诱变技术改良中心,北京100081)
  摘 要:以地面模拟处理辣椒干种子为试材,采用RAPD技术对辣椒染色体进行多态性检
测,研究了不同剂量的物理诱变处理对辣椒产生的影响。结果表明:采用Li离子照射可以诱导辣
椒发生遗传位点的改变,但是不同剂量的效应不同;采用物理进行诱变可以诱导多个性状发生改
变,该方法可以产生复杂的遗传变异。
关键词:辣椒;地面模拟;RAPD
中图分类号:S 641.3 文献标识码:A 文章编号:1001-0009(2014)05-0095-03
  随着科技的发展和社会的进步,各种资源正被开
发利用,当然也包括空间资源。空间诱变育种以及地
面模拟诱变育种已经引起育种学家和科学界的广泛关
注,并在很多方面得到广泛应用[1-21]。利用空间诱变
进行农作物品种改良不仅涉及到飞行器在空间所处的
复杂环境条件,也涉及搭载作物在空间条件下所引起
的细胞学、形态学、分子生物学及生理生化等各方面的
变异[1-3]。而检测这些遗传变化往往需要快速和有效
的手段,分子标记技术可以快速检测植物发生的变异
    
位点,从而根据标记的遗传规律,推测和跟踪其目标性
状的变化[4-12]。
在该研究中,通过RAPD分子标记技术,在采用Li
离子处理的条件下,对辣椒的诱变程度进行检测,同时
检测其染色体及基因多态性的变化特点,从而探讨了采
用不同剂量的物理诱变对辣椒进行处理产生变异的机
理,以期为辣椒物理诱变育种提供理论依据。
1 材料与方法
1.1 试验材料
供试材料由黑龙江省农业科学院园艺分院通过地
面模拟锂(Li)离子处理的辣椒,同时以未处理的材料为
对照,其中mny17、mny18、mny19、mny20分别为不同剂
量Li处理的第1代,mnR17、mnR18、mnR19、mnR20为
不同剂量Li处理的第2代。
1.2 试验方法
1.2.1 种子处理的Li离子剂量 辣椒种子Li离子处
理的4种剂量为Li-1(30Gy)、Li-2(50Gy)、Li-3(70Gy)、
Li-4(100Gy

)。
Abstract:With Capparis spinosa L.as material,the method of modified SDS,RNApure Plant Plus Reagent,RNAplant
Plus Reagent and RNAprep Pure Plant Kit were compared to find out the optimal method for extracting high quality total
RNA from blades in wild Capparis spinosa L..The results indicated that four kinds of methods to extract total RNA
were seen two electrophoretic bands of 28Sand 18S,RNAprep Pure Plant Kit method to obtain an RNA bands were clear
pattern,bright,stable,brightness of 28SrRNA was two times of 18SrRNA,while the value of OD260/OD280was 2.00and
the yield of RNA was 175.3μg/g,except RNAprep Pure Plant Kit method could be extracted from the leaves to integrity
is good,high purity and high yield of total RNA,other three kinds of total RNA extraction are polution,such as
biodegradation and DNA and protein.Further using RNAprep Pure Plant Kit method fromCapparis spinosa L seedlings
in the whole plant,root,stem and leaf could obtain high quality total RNA,therefore,RNAprep Pure Plant Kit method
was suitable for the extraction of total RNA.
Key words:Capparis spinoza L;RNA extraction;method comparison;verification
59