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Effects of increased CO2 and elevated temperature on transcript levels of key ultraviolet damage repair genes in Synechocystis sp. PCC 6803

温度与CO2浓度升高对集胞藻PCC 6803修复UV损伤的关键基因转录量的影响



全 文 :第 35 卷第 9 期
2015年 5月
生 态 学 报
ACTA ECOLOGICA SINICA
Vol.35,No.9
May,2015
http: / / www.ecologica.cn
基金项目:国家自然科学基金(31200385); 三峡库区生态环境教育部工程研究中心开放基金(KF2013鄄06)
收稿日期:2013鄄06鄄10; 摇 摇 网络出版日期:2014鄄05鄄22
*通讯作者 Corresponding author.E鄄mail: chengkaicn@ 163.com
DOI: 10.5846 / stxb201306101617
顾婷婷, 许敏, 赵以军, 程凯.温度与 CO2浓度升高对集胞藻 PCC 6803 修复 UV 损伤的关键基因转录量的影响.生态学报,2015,35( 9):
3132鄄3137.
Gu T T, Xu M, Zhao Y J, Cheng K. Effects of increased CO2 and elevated temperature on transcript levels of key ultraviolet damage repair genes in
Synechocystis sp. PCC 6803.Acta Ecologica Sinica,2015,35(9):3132鄄3137.
温度与 CO2 浓度升高对集胞藻 PCC 6803 修复 UV 损
伤的关键基因转录量的影响
顾婷婷1, 许摇 敏1, 赵以军1, 2, 程摇 凯1, 2,*
1 华中师范大学生命科学学院, 武汉摇 430079
2 湖北工业大学, 资源与环境工程学院,河湖生态修复与藻类利用湖北省重点实验室, 武汉摇 430068
摘要:通过 Taqman探针绝对定量法研究了集胞藻 PCC 6803在 5种不同的环境条件下:(1)25益 +400滋mol / mol CO2,(2)29益 +
400滋mol / mol CO2,(3)25益+800滋mol / mol CO2,(4)29益+800滋mol / mol CO2,(5)25益+1200滋mol / mol CO2,其 phrA / psbA1 / psbA2 /
psbA3等 UV修复基因和 16S rRNA基因的转录本拷贝数的变化情况。 结果表明:温度与 CO2浓度的升高可以导致集胞藻 PCC
6803的 psbA2 / psbA3基因和 16S rRNA转录本拷贝数的大幅减少,说明温室效应将有可能导致蓝藻的 UV损伤修复能力与核糖
体合成能力的下降;温度升高和 CO2浓度升高对 psbA2 / psbA3基因和 16S rRNA转录本拷贝数的联合作用表现为互相抵消,说明
温度升高与 CO2浓度升高的联合作用的机制较复杂,值得深入研究。
关键词:温度; CO2浓度; 转录; phrA / psbA1 / psbA2 / psbA3
Effects of increased CO2 and elevated temperature on transcript levels of key
ultraviolet damage repair genes in Synechocystis sp. PCC 6803
GU Tingting1, XU Min1, ZHAO Yijun1,2, CHENG Kai1,2,*
1 College of Life Science, Central China Normal University, Wuhan 430079, China
2 College of Resources and Environmental Engineering, Key Laboratory of Ecological Remediation of Lakes and Rivers and Algal Utilization of Hubei Province,
Hubei University of Technology, Wuhan 430068, China
Abstract: At the beginning of this century, the atmospheric CO2 concentration had increased by 40% compared with that in
the pre-industrial era, and at the end of this century it is expected to reach 550—900 滋mol / mol. The temperature is also
expected to increase by 1.6—7.0益 . To date, much research has focused on the effects of elevated CO2 or / and elevated
temperature on the growth, physiology, and ecology of cyanobacteria, but little is known about the combined effects of these
factors on the ability of cyanobacteria to repair damage caused by ultraviolet (UV) radiation. In this study, Synechocystis sp.
PCC6803 was grown for 15 weeks under five different conditions: (1) 25益 + 400 滋mol / mol CO2( control group); (2)
29益 + 400 滋mol / mol CO2; (3) 25益 +800 滋mol / mol CO2; (4) 29益 + 800 滋mol / mol CO2; and (5) 25益 +1200 滋mol /
mol CO2 . Total RNA was extracted from cyanobacteria in each treatment, and was used to synthesize cDNA. Then, the
transcript levels of four UV damage repair genes (phrA / psbA1 / psbA2 / psbA3) and the 16S rRNA gene were determined by
Taqman absolute quantitative polymerase chain reaction. The results indicated that the transcript levels of 16S rRNA were
60%—85% lower in all the tested groups than in the control group. Except for the phrA gene in the 29益 + 400 滋mol / mol
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CO2 treatment, all four UV damage repair genes showed transcript levels approximately 50% lower in all the treatments than
in the control group. Our key findings were as follows: 1) Among the four UV damage repair genes, psbA2 showed the
largest decrease in transcript levels in the treatments, followed by the psbA3 gene; 2) the combined effects of increased
temperature and elevated CO2 counteracted the effects of each individual factor on the transcript levels of the psbA3 / psbA2
gene and the 16S rRNA gene. For instance, at 29益, the transcript level of psbA3 was about 82% lower than that in the
control group; at the CO2 concentration of 800 滋mol / mol, the transcript level of psbA3 was approximately 93% lower than
that in the control group; however, the transcript level of psbA3 was only 73% lower than that in the control group in the
29益 + 800 滋mol / mol CO2 treatment. 3)When the CO2 concentration increased from 800 to 1200 滋mol / mol, there were
marked decreases in the transcript levels of the four UV damage repair genes and the 16S rRNA gene. 4) Unlike psbA2 /
psbA3, the transcription of the psbA1 gene is thought to be unaffected by environmental factors, except for microaerobic
conditions. However, we found that the transcript level of psbA1 was 50% lower in the29益 + 800 滋mol / mol CO2 treatment
than in the control group. Taken together, our results indicate that the greenhouse effect will likely decrease the ability of
cyanobacteria to repair UV damage and synthesize ribosomes. The effects of elevated CO2 concentrations may be somewhat
counteracted by increased temperatures. This is a topic worthy of further research. The transcript levels of the 16S rRNA
gene significantly decreased under the elevated CO2 concentrations and increased temperature in these experiments.
Therefore, further experiments should be conducted to test its reliability before using it as an internal reference gene in
studies on the effects of global change on gene expression in cyanobacteria.
Key Words: temperature; CO2 concentration; transcription; phrA / psbA1 / psbA2 / psbA3
日光中的 UVB(ultraviolet鄄B)辐射对水生生物具有明显的伤害作用,特别是由于形成了环丁烷嘧啶二聚
体(cyclobutane鄄pyrimidine dimers,CPD)和 6鄄4光产物(6鄄4 photoproducts,6鄄4PPs) [1],从而阻碍 DNA复制与转
录,影响蛋白质的功能,造成浮游植物(包括蓝藻)、大型藻类和其它水生植物的光合作用降低,甚至会对初级
生产力产生严重影响[1]。 与此同时,为了抵消 UVB对生物体的负面影响,很多水生生物都进化出了相应的保
护、回避或修复机制,这些机制对于水生生物种群的维持和生态功能的发挥具有重要意义[1]。
集胞藻 PCC 6803(Synechocystis sp. PCC 6803)是蓝藻光合作用研究的模式生物,其对 UV 损伤的修复机
制主要体现在以下两个层面:在 DNA 水平上,phrA 基因编码的光聚酶( photolyase)能够直接修复损伤的
DNA[2];在蛋白质水平上,D1蛋白作为光系统域(PS域)光反应中心的重要部件,同时也是 UV 损伤的关键位
点,而在编码集胞藻 PCC 6803 D1 蛋白的 psbA 基因家族中,psbA2 和 psbA3 是 PS域UV 损伤修复的关键基
因[3],psbA1在正常条件下则未检测到表达[4]。
大气中的 CO2是蓝藻光合作用的基本原料,其浓度变化对蓝藻的生长、生理及生态功能有着巨大影响[5]。
至 21世纪初,大气中的 CO2浓度比工业化前增加了约 40%,并将在本世纪末达到 550—900滋mol / mol[6],届
时,全球气温将比工业化前升高 1.6—7.0益 [7]。 大气 CO2浓度与温度同步升高将对蓝藻的生长、生理及生态
功能产生更为复杂的影响[8],但目前关于这方面的研究主要集中于蓝藻的生长、细胞成份等方面[8鄄10],而缺乏
有关大气 CO2浓度与温度升高对蓝藻 UV修复的联合作用的研究。 本文以集胞藻 PCC 6803 为研究对象,采
用RT鄄qPCR技术探索了 CO2浓度升高以及温度升高对其 UV损伤修复基因转录量的影响,有助于推测全球气
候变化对蓝藻的 UV损伤修复能力的影响,具有重要的生态学意义。
1摇 材料与方法
1.1摇 藻种及其传代周期
集胞藻 PCC 6803来源于中国科学院水生生物研究所,培养基为 BG鄄11[11],光照强度为 1200 lx,采用静置
培养(每天手工摇动 1—2次),光暗周期为 12颐12。 整个实验过程中每隔 2 周传代 1 次,传代后的初始藻细胞
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密度为 5伊106个 / mL,培养 1周后达到对数期。
1.2摇 培养条件
本实验使用的自动控制培养箱可在箱体内控制 CO2浓度(并非向培养基中充气)和温度[12]。 本研究涉及
5种处理:(1)25益 + CO2浓度 400滋mol / mol(CK 组),(2)29益 + CO2浓度 400滋mol / mol(温度升高组),(3)
25益+ CO2浓度 800滋mol / mol(CO2升高组 1),(4)29益+ CO2浓度 800滋mol / mol(温室效应组),(5)25益 + CO2
浓度 1200滋mol / mol(CO2升高组 2)。 每组均设 3平行。
1.3摇 转录本拷贝数的测定
1.3.1摇 样品的采集
于第 7次传代后的第 8天(此时集胞藻 PCC 6803在上述各培养条件下培养的时长总计为 15 周)取对数
期藻液用于 RT鄄qPCR检测,同时进行藻细胞计数。
1.3.2摇 RNA的提取
取 50—100 mg冷冻的液氮研磨至粉末状,置于 1.5 mL 离心管中,加入 1mL Trizol 充分匀浆,室温静置
5min;加入 0.2mL氯仿,剧烈振荡 15s,静置 3min;4益,12000r / min 离心 10min,取上清;加入 0.5mL异丙醇,混
匀,冰上静置 20—30min;4益,12000r / min 离心 10min,弃上清;加入 1mL 75%乙醇洗涤沉淀后于室温放置晾
干,再加入适量的无 RNA酶的双蒸水溶解[13]。
1.3.3摇 cDNA的合成
使用的是 BBI(波士顿生物技术公司)第一链 cDNA 合成试剂盒将获得的总 RNA 反转录合成 cDNA,于
-20益保存待用。
表 1摇 用于集胞藻 PCC 6803 qPCR的引物
Table 1摇 Primers used for qPCR of Synechocystis sp. PCC6803
基因名称
Gene name
引物方向与探针
Orientation
and probe
引物序列(5忆鄄 3忆)
Primer sequence(5忆鄄 3忆)
16S rRNA 上游 AAAGCGTCCGTAGGTGGTTAT
下游 GTCCCTCAGTGTCAGTTTCAGC
探针 CCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTA
phrA 上游 AAAGCGAGATTTAGCAGTGGC
下游 CCAAAAGGGAGTGTAAACCGT
探针 ATCGCCACGGAATGGGATCAACTCA
psbA1 上游 AGCTTAAACCCAAAATCTTACTTCGT
下游 CCATCAGAGAAGGAGCCTTGACCA
探针 CAAAGCCTGTGGTCACGGTTCTGTT
psbA2 上游 CCTTTAGACTAAGTTTAGTTCCA
下游 CCATCAGAGAAGGAGCCTTGACCA
探针 CCCGTTGCTGGTTCTTTGCTTTAC
psbA3 上游 GAGCTTGAGGCCAAATCCTTTGAACA
下游 CCATCAGAGAAGGAGCCTTGACCA
探针 TTCCTTGCTCTACGGTAACAACATCATC
摇 摇 摇 摇 qPCR的总体系为 25滋L:12.5滋L HS qPCR Master Mix(2X),0.5滋L 引物
F ( 20滋mol / L), 0. 5滋L 引物 R ( 20滋mol / L), 0. 5滋L 探针 P ( 20滋mol / L),
9滋LddH2O,2滋LcDNA模板;PCR 循环的条件为:95益 2 min 变性后进行 40
个循环(95益 10 s,60益 1min)
1.3.4摇 qPCR
本研究采用 Taqman 探针法进行绝对定量 qPCR,
目的基因中 psbA基因家族中的 3 个基因的引物均来源
于文献报道[13],16S rRNA 和 phrA 基因的引物是通过
primer5.0软件设计(表 1)。
1.4摇 单个细胞中各目的基因的转录本拷贝数的计算
将样品中目的基因的总拷贝数(X0)除以对应的藻
细胞密度,得到单个细胞中各目的基因的转录本的拷贝
数(A),其中 X0的计算方法如下[14]:
logX0 = logK - Ctlog(1 + En)
式中,K为产物荧光信号达到设定阈值时扩增产物的
量;En 为扩增效率(通过质粒样品的标准曲线得到);
X0为起始模板量;Ct 为产物荧光信号达到设定阈值时
的循环次数。
1.5摇 转录本拷贝数变幅的计算、作图与统计分析
各试验组单个细胞中转录本拷贝数相对于 CK 组
的变幅(V)的计算方法为:
V = (Atest - Ack) / Ack
式中,Atest为各试验组中单个细胞中目的基因的转录本
拷贝数;Ack为 CK组中单个细胞中目的基因的转录本拷
贝数。
作图使用的是 GraphPad Prism 5(误差线均用 SD
表示,n= 3),统计分析采用 SPSS20.0的 ANOVA分析方
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法(其多重比较采用 LSD法)。
2摇 结果和分析
2.1摇 16S rRNA转录本拷贝数的变化
表 2是单个细胞中各目的基因的转录本拷贝数。
表 2摇 不同条件下单个细胞中各目的基因的平均转录本拷贝数(平均值依SD)
Table 2摇 The average transcripts amount of the target genes of each cell in different conditions (mean依SD)
实验组 Groups 16S rRNA phrA psbA1 psbA2 psbA3
CK 365.45依73.84 0.25依0.05 0.22依0.06 20.89依0.70 21.67依4.12
温度升高组 Elevated temperature 68.67依2.12 0.25依0.03 0.14依0.03 2.13依0.17 3.78依0.69
CO2升高组 1 Elevated CO2 1 56.17依5.13 0.02依0.00 0.03依0.02 0.85依0.09 1.47依0.53
温室效应组 Greenhouse effect 158.22依19.52 0.13依0.02 0.10依0.03 3.29依0.51 5.72依1.42
CO2升高组 2 Elevated CO2 2 79.65依11.27 0.06依0.00 0.05依0.02 2.55依0.44 3.93依0.69
摇 摇 phrA:光聚酶编码基因;psbA1、psbA2、psbA3:D1蛋白编码基因
根据表 2,得到各试验组 16S rRNA转录本拷贝数相对于 CK组的变幅如图 1所示:各试验组的 16S rRNA
转录本拷贝数都发生了不同程度的下调,其中下调幅度最大的为 CO2升高组 1(约 85%),而下调幅度最小的
为温室效应组(约 60%)。
2.2摇 phrA / psbA1 / psbA2 / psbA3基因转录本拷贝数的变化
根据表 2,得到各试验组 phrA / psbA1 / psbA2 / psbA3基因转录本拷贝数相对于 CK组的变幅如图 2所示。
摇 图 1摇 不同条件下单个细胞中 16S rRNA转录量的变幅
Fig.1 摇 The transcripts variation of 16S rRNA of each cell in
different conditions
摇 图 2摇 不同条件下单个细胞中 phrA / psbA1 / psbA2 / psbA3 基因的
转录量
Fig.2 摇 The transcripts variation of phrA / psbA1 / psbA / psbA3 of
each cell in different conditions
phrA:光聚酶编码基因;psbA1、psbA2、psbA3:D1蛋白编码基因
由图 2可见,除了温度升高组的 phrA基因外,其它情况下各 UV修复基因的转录本拷贝数都发生了明显
下调,平均下调幅度约 50%,且表现出了以下特点:1)各试验组中 4 种基因的转录本拷贝数的下调幅度差异
显著(P<0.05),且均以 psbA2基因转录量的下调幅度最大,psbA3 基因的下调幅度仅略小于 psbA2 基因;2)温
度升高与 CO2浓度升高对 psbA3 / psbA2基因转录本拷贝数下调的联合作用结果表现为互相抵消,如:温度升高
组中 psbA3基因的降幅为 82%左右,CO2浓度升高组 1 中 psbA3 基因的降幅为 93%左右,但在温室效应组中
psbA3基因的降幅却仅为 73%左右,16S rRNA 也表现出了类似的现象(图 1)。 3)通过对比 CO2升高组 1 与
CO2升高组 2的结果,发现 CO2浓度的持续升高不但不能进一步增加各基因转录本数的下调幅度,而且会导致
各基因转录本拷贝数的下调幅度的明显减少,16S rRNA也表现出了类似的现象(图 1)。
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3摇 讨论
本研究发现 CO2浓度升高时,集胞藻 PCC 6803的 16S rRNA基因与关键 UV修复基因转录本的拷贝数均
明显减少。 Baosheng Qiu等人的研究显示 CO2浓度加倍虽然会导致铜绿微囊藻生物量的增加 52%—77%,但
是多糖的合成却会减少[10]。 此外,也有研究表明加倍的 CO2浓度和同步的温度升高将虽然会使海洋聚球藻
的藻胆素含量、叶绿素 a含量和光合速率大幅提高[8],但这些效应在原绿球藻中却不存在[8],说明不同的微
藻对 CO2浓度以及温度的响应机制是存在较大差异的。
正常条件下,集胞藻 PCC 6803 中 psbA2 的转录本拷贝数占 psbA 转录本总拷贝数的 90%[4]。 有证据表
明,作为 PS域UV损伤修复关键基因的 psbA2 / psbA3基因,其转录本拷贝数的下调会导致集胞藻 PCC 6803UV
损伤修复能力的下降[4]。 集胞藻 PCC 6803 中 phrA 基因在正常情况下的表达量虽很低,但是其表达产物对
UV辐射造成的 DNA损伤的修复却起着至关重要的作用[15鄄16],而且蓝藻对 PS域的 UV 损伤的修复能力也会
受到光聚酶的修复能力的影响[17]。 因此,本研究所观察到的 psbA2 / psbA3 / phrA 基因转录本拷贝数大幅下调
的现象预示着温室效应将有可能导致蓝藻的 UV损伤修复能力的下降,这意味着表层水中蓝藻因 UV 损伤而
死亡或生长变慢的可能性会增加,而臭氧层破坏所导致的全球地表紫外线的增强将使这一可能性进一步提
高[1],但是考虑到 CO2和温度的升高同时也会明显的刺激藻类的生长[8],所以其综合效应(特别是考虑到不
同微藻对 CO2、水温的响应幅度还存在差异[8])仍难以准确判断。
与 psbA2 / psbA3基因不同,psbA1基因由于表达量极低,其功能通常被忽视[4],目前发现该基因仅在微氧条
件[13]下有微量表达,其余基本上不受环境变化的影响,而本研究发现,各实验组中 psbA1 基因转录本的拷贝
数均明显下调,其中温室效应组的下调幅度超过 50%,说明 psbA1 基因的转录量有可能随着全球气候变化而
改变。
核糖体是生物体发挥正常生理功能的基础,16S rRNA基因也是 RT鄄qPCR技术中的常用内参基因[18],但
是,本研究却发现集胞藻 PCC 6803中该基因的表达量在温室效应条件下会明显下降,这可能与细胞生长状态
的改变有关[19]。 上述结果一方面说明温室效应将可能影响蓝藻的核糖体合成,另一方面也说明在研究蓝藻
的基因转录量时,应慎重采用 16S rRNA基因作为 RT-qPCR的内参基因[20]。
本研究表明,温度升高与 CO2浓度升高对 16S rRNA及 psbA2 / psbA3基因转录本拷贝数的联合作用表现为
互相抵消,说明温度升高与 CO2浓度升高的联合作用的机制比较复杂[8],需要通过试验进行研究而不能简单
相加。
综上所述:温度与 CO2浓度的升高可以导致集胞藻 PCC 6803 的 psbA2 / psbA3 基因和 16S rRNA 转录本拷
贝数的大幅减少,说明温室效应将有可能导致蓝藻的 UV 损伤修复能力与核糖体合成能力的下降;温度升高
和 CO2浓度升高对 psbA2 / psbA3基因和 16S rRNA转录本拷贝数的联合作用表现为互相抵消,说明温度升高与
CO2浓度升高的联合作用的机制较复杂,值得深入研究。
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