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Expression and enzymatic properties of threonine dehydratase from Corynebacterium glutamicum YILW

谷氨酸棒杆菌YILW苏氨酸脱水酶基因的克隆表达及酶学性质



全 文 :第9卷第1期
2011年1月
生 物 加 工 过 程
ChineseJournalofBioprocessEngineering
Vol.9No.1
Jan.2011
doi:10.3969/j.issn.1672-3678.2011.01.012
收稿日期:2010-09-01
基金项目:国家高技术研究发展计划(863计划)资助项目(2007AA02Z228);天津市应用基础及前沿技术研究计划资助项目(08JCZDJC15400)
作者简介:史建明(1984—),男,河北沧州人,硕士研究生,研究方向:发酵代谢控制;陈 宁(联系人),教授,博士生导师,Email:ningch@tust.edu.cn
谷氨酸棒杆菌 YILW苏氨酸脱水酶基因的
克隆表达及酶学性质
史建明,徐兰兰,徐庆阳,谢希贤,陈 宁
(天津科技大学 生物工程学院 工业微生物教育部重点实验室,天津 300457)
摘 要:将 L 异亮氨酸生产菌谷氨酸棒杆菌(CorynebacteriumglutamicumYILW)苏氨酸脱水酶(threoninede
hydratase,TD)的编码基因ilvA在大肠杆菌中进行异源表达及进行初步的酶学性质研究。分别以 C.glutamicum
ATCC13032、YILW的基因组DNA为模板,利用 PCR技术扩增出苏氨酸脱水酶的编码基因 ilvA,测序获得编码序
列。利用质粒PETHis将该基因在大肠杆菌BL21(DE3)中进行重组表达、金属螯合纯化,对其酶学性质进行初步
研究。结果显示C.glutamicumYILW编码基因序列与已报道的 ilvA序列相差5个碱基,相似度为996%,第383
位氨基酸由苯丙氨酸突变为缬氨酸。酶学性质研究表明:重组酶YilwTD最适反应温度为32℃,在20~55℃范围
内该酶较稳定,最适pH为67,该酶底物专一性强,对最适底物苏氨酸的米氏常数Km=832mmol/L,最大反应速
度Vmax=318×10
4U/mg,与野生型酶相比,突变(F383V)后可显著降低终产物对酶的反馈抑制作用。为揭示突变
对苏氨酸脱水酶活性的影响及进一步利用基因工程技术改造 L 异亮氨酸生产菌,提高 L 异亮氨酸产量奠定了
基础。
关键词:谷氨酸棒杆菌;酶学性质;表达;苏氨酸脱水酶
中图分类号:Q812;Q78    文献标志码:A    文章编号:1672-3678(2011)01-0055-06
Expressionandenzymaticpropertiesofthreoninedehydratase
fromCorynebacteriumglutamicumYILW
SHIJianming,XULanlan,XUQingyang,XIEXixian,CHENNing
(KeyLaboratoryofIndustrialMicrobiologyoftheMinistryofEducation,ColegeofBiotechnology,
TianjingUniversityofScience&Technology,Tianjing300457,China)
Abstract:ThethreoninedehydratasegeneilvAfromCorynebacteriumglutamicumYILWwasexpressedin
Escherichiacoliandtheenzymaticpropertieswerecharacterized.ThetwoilvAgenesamplifiedfromthe
C.glutamicumYILWandATCC13032genomebyPCRwithspecificprimers,sequencedandexpressedat
E.coliBL21(DE3)byusingexpressionvectorpETHis.Therecombinantthreoninedehydratesenzymewas
purifiedbymetalchelatechromatographyanditsseveralcharacteristicsweredetermined.Accordingtothe
alignmentofaminoacidsequences,itwasfoundthatthecomparabilitybetweentheclonedilvAsequence
andthereportedsequencewasupto996%.Onlythe383thaminoacidPhemutatedtoVal(Phe→Val),
theotherswerenot.TheoptimalpHandthetemperatureofrecombinantenzymeYilwTDwerepH67and
32℃,respectively.TherecombinantenzymeYilwTDshowedthehighestactivitytowardthreonine(Km=
832mmol/L,Vmax=318×10
4U/mg,at32℃).Furthermore,themutation(F383V)couldsignificantly
reducetheendproductfeedbackinhibitionoftheenzyme.Theenzymaticpropertiesofthreoninede
hydratasefromC.glutamicumYILWwerecharacterizedforprovidingthefundamenttotherevealingthe
impactofmutationsontheenzymeandincreasingLisoleucineproduction.
Keywords:Corynebacteriumglutamicum;enzymaticproperties;expression;threoninedehydratase
  L异亮氨酸是合成人体激素、酶类的原料,具
有促进蛋白质合成和抑制其分解的效果[1-2],在人
体生命活动中起着重要作用,因此,在食品和医药
行业中具有广泛的应用及商业价值。
   苏 氨 酸 脱 水 酶 (threoninedehydratase,EC
43119)是L异亮氨酸生物合成途径中第一个限
速酶,该酶可以可逆地催化底物L 苏氨酸生成α 酮
丁酸和氨。谷氨酸棒杆菌中的苏氨酸脱水酶是由相
同亚基组成的四聚体结构,单体相对分子质量约为
46×104[3]。L苏氨酸依次经苏氨酸脱水酶、乙酰羟
酸合成酶、异构还原酶、二羟酸脱水酶及转氨酶B催
化而形成终产物L 异亮氨酸,在这些酶中只有苏氨
酸脱水酶是 L 异亮氨酸生物合成中具有特异性的
酶,其他4种酶也参与L缬氨酸和L亮氨酸的生物
合成。目前的研究结果表明,终产物L 异亮氨酸是
该酶的变构抑制因子,而L 缬氨酸则是其变构激活
因子[4-5],由于该酶活性受到严格控制,成为微生物
体内L异亮氨酸过量生产的限制因素,因此苏氨酸
脱水酶是研究L异亮氨酸生物合成途径中代谢流的
主要对象。
  近年来,随着重组 DNA技术的日益完善,人们
可以通过解除反馈抑制的关键酶来提高目的产物
产率[6],Sahm等[7]通过扩增对反馈调节不敏感的
高丝氨酸脱氢酶、高丝氨酸激酶及苏氨酸脱水酶的
相应基因,获得谷氨酸棒杆菌的L异亮氨酸高产菌
株,产量可达30g/L。对实验室保藏的L异亮氨酸
生产菌C.glutamicumYILW中苏氨酸脱水酶的酶
学性质和该酶调节区域突变对酶的反馈抑制的影
响进行研究,,为进一步改造 L 异亮氨酸生产菌谷
氨酸棒杆菌奠定基础。
1 材料与方法
1.1 材料
1.1.1 菌株和质粒
  谷氨酸棒杆菌C.glutamicumATCC13032,L异亮
氨酸生产菌 C.glutamicumYILW,大肠杆菌(E.coli)
DH 5α,BL21(DE3),质粒载体pET His为本实验室
保藏。质粒载体pMD18 T购于 TaKaRa公司。
1.1.2 培养基
  LB培养基(g/L):胰蛋白胨 10,酵母浸出粉 5,
NaCl10。pH70~72,抗生素使用质量浓度为100
μg/mL的氨苄西林(Amp)。
1.1.3 主要试剂和仪器
  实验用限制性内切酶 BamHI、HindII和 T4
DNA连接酶购于 TaKaRa公司;乳酸脱氢酶、
NADH、细菌基因组提取试剂盒、质粒快速提取试剂
盒,PCR产物纯化试剂盒购于北京博迈德公司;考
马斯亮蓝蛋白测定试剂盒购于南京建成生物工程
研究所;Ni+NTA树脂购于 BIOBASIC公司;其余
试剂均为国产分析纯。细胞超声破碎仪购于宁波
新芝生物科技股份有限公司;PCR仪购于美国
BIORADLaboratories。
1.2 分子克隆技术
  根据 GenBank上的谷氨酸棒杆菌(C.glutami
cum)ATCC13032ilvA编码基因上下游序列设计简
并引物:上游:5′CAACTGGAGTGAACACGGAC3′,
下游:5′GAGCACGGCGAGAACTG3′,根据苏氨酸
脱水酶基因测序结果来设计用于构建重组质粒的
引物,上游:5′AGGTGGATCCATGAGTGAAACAT
ACGTGTCTG3′(划线处为 BamHⅠ酶切位点),下
游:5′GCAAAGCTTCGATCCTGACCCGAAACTAG3′,
(划线处为HindⅢ酶切位点)。PCR反应条件:94℃
3min,94℃1min,55℃ 1min,72℃ 15min,30个
循环,72℃ 10min。细菌基因组提取、DNA片段回
收、酶切、纯化、与载体连接及转化等操作参见参考文
献[8]。
1.3 苏氨酸脱水酶的表达
1.3.1 苏氨酸脱水酶基因的克隆与测序
  取PCR产物5μL在10%琼脂糖凝胶中进行
电泳检测。使用DNA凝胶回收试剂盒回收 PCR反
应产物,直接与pMD18 T载体连接,连接产物转化
EcoliDH 5α感受态,在含 IPTG(24mg/mL)和
X gal(20mg/mL)的Amp抗性LB平板上37℃培
养16h,随机挑选白色菌落进行 PCR,对阳性重组
65 生 物 加 工 过 程   第9卷 
质粒进行测序和序列分析。质粒分别命名为 pMD
ilvA(W)、pMDilvA(S)(W为野生型菌株,S为生产
菌株)。
1.3.2 苏氨酸脱水酶基因表达载体的构建
  使用BamHⅠ和 HindⅢ对ilvA基因PCR产物
及质粒 pETHis分别进行双酶切,将酶切回收片段
进行连接,得到重组质粒 pETilvA(W)和 pETilvA
(S),化学法转化 E.coliDH 5α感受态细胞,在含
Amp抗性的 LB平板上37℃培养,提取质粒进行双
酶切验证,将阳性质粒转化 E.coliBL21(DE3)得到
重组工程菌。
1.3.3 重组菌株的诱导表达
  取单菌落接种于含有氨苄西林100μg/mL的LB
培养液的试管中,37℃下200r/min培养过夜;以1%
接种量接种于含有30mLLB培养液的500mL三角
瓶中,37℃下200r/min培养至A600=06~08,加入
005mmol/L(终浓度)IPTG,在30℃、150r/min条件
下诱导4h,取适量菌液进行 SDSPAGE蛋白电泳
分析。
1.4 重组苏氨酸脱水酶的纯化及蛋白定量
  重组酶的纯化方法见参考文献[8],对纯化蛋
白进行透析,加入50%甘油保存于-20℃冰箱以用
于后续实验。
  纯化后的蛋白浓度采用南京建成生物工程研
究所考马斯亮蓝蛋白测定试剂盒测定。
1.5 重组苏氨酸脱水酶的标准酶活测定条件
  反应体系为01mol/L、pH67磷酸盐缓冲液
(PBS),30μmol/L磷酸吡哆醛,一定浓度的底物及
适量纯化重组酶,催化温度32℃,反应时间2min。
加入40μL36%三氯乙酸终止反应,冰浴10min。
加入 40μLTris(2mol/L),35μL还原型辅酶Ⅰ
NADH(4mmol/L),80μL双蒸水,5μL乳酸脱氢酶
(8U),30℃水浴保温15min,于340nm测定吸光
度,NADH吸光度的下降速率与产物α 酮丁酸生成
量成正比[9]。
  酶活单位定义:在标准酶活测定条件下,1min
800μL反应体系使 A340值降低001所需酶量为一
个酶活单位。
1.6 酶学性质研究
1.6.1 最适酶促反应温度及pH测定
  反应体系中底物苏氨酸浓度为 30mmol/L,
在20~80℃区间,按标准酶活测定方法测定酶活。pH
梯度选定为5~11。将最高酶活设定为100%。
1.6.2 热稳定性及pH稳定性测定
  热稳定性实验将重组酶置于各温度梯度保温
30min,按标准酶活测定方法测定酶活,pH稳定性
实验中将重组酶置于不同pH的PBS缓冲液中冰浴
30min,按标准酶活测定方法测定酶活。将残余酶
活的最高点设定为100%。
1.6.3 酶促动力学参数测定
  为测定重组苏氨酸脱水酶对底物 L 苏氨酸的
动力学参数,以L苏氨酸浓度范围5~50mmol/L,
按标准酶活测定方法测定酶活,利用双倒数作图法
计算Km和Vmax值。
1.6.4 底物特异性测定
  酶促反应体系中分别加入30mmol/LL 谷氨
酸、L天冬氨酸(酸性)、L 亮氨酸(中性)、L 丝氨
酸(含羟基)、L色氨酸(芳香族),按标准酶活测定
方法测定酶活。以L苏氨酸为底物时的酶活力
为100%。
1.6.5 终产物对重组酶活性反馈抑制的测定
   反应体系中底物 L 苏氨酸的浓度为
30mmol/L,在反应体系中加入不同浓度的终产物
L异亮氨酸,按标准酶活测定方法测定酶活。以未
添加L异亮氨酸时的酶活力为100%。
2 结果与讨论
2.1 谷氨酸棒杆菌苏氨酸脱水酶基因的克隆及重
组子pETilvA的鉴定
  分别以提取的 L 异亮氨酸生产菌 C.glutami
cumYILW及 C.glutamicumATCC13032的基因组
DNA为模板,采用简并引物扩增出一条约15kb大
小的DNA片段,PCR反应产物与pMD18 T载体连
接,转化 E.coliDH 5α感受态,在含有 IPTG(24
mg/mL)和Xgal(20mg/mL)的 Amp抗性 LB平板
上37℃培养 16h,蓝白斑筛选获得阳性重组子
pMDilvA(W)和pMDilvA(S),并对其进行测序,将
目的基因连接质粒pETHis,化学法转化E.coliBL21
(DE3),抗性筛选得到重组子 pETilvA(W)和 pET
ilvA(S)。对重组质粒单、双酶切验证,显示重组质
粒pETilvA构建正确,结果如图1所示。由图1可
知:重组质粒pETilvA经HindⅢ单酶切后得到一条
大小约为 4500bp的特异性条带,经 BamHⅠ和
HindⅢ双酶切后得到两条特异性条带,大小分别约
为3000bp和1400bp,以pETilvA为模板,使用引
物P3,P4进行扩增,可得到大小约1400bp的特异
75 第1期 史建明等:谷氨酸棒杆菌YILW苏氨酸脱水酶基因的克隆表达及酶学性质
性条带;质粒pETHis经HinDⅢ单酶切后得到一条
大小约为3000bp的特异性条带,从而证明重组质
粒pETilvA构建正确。
M—1kbDNAmarker;
1—质粒pETHisHindⅢ单酶切;
2—质粒pETilvAHindⅢ单酶切;
3—质粒pETilvABamHⅠ+HindⅢ双酶切;
4—ilvA的PCR产物
图1 重组质粒pETilvA的酶切验证
Fig.1 IdentificationofrecombinantplasmidpETilvA
bydigestionwithBamHⅠ andHindⅢ
2.2 苏氨酸脱水酶基因序列的分析
  对重组子 pMDilvA(S)的插入片段进行测序,
苏氨酸脱水酶基因序列分析显示,该片段全长为
1311bp,包含一个开放阅读框(ORF),与谷氨酸棒
杆菌模式菌ATCC13032的ilvA基因高度同源,核苷
酸相似度为 996%,存在 5个碱基差异,其中第
1147位碱基突变(T→G)导致了编码氨基酸的变
化,第 383位氨基酸由苯丙氨酸变为缬氨酸
(F383V),其他核苷酸碱基的差异均导致了氨基酸
残基的同义突变。推测此 ORF区编码436个氨基
酸,其编码的多肽链相对分子质量约为46×104。
C.glutamicumYILW的ilvA基因的核酸序列已提交
GenBank登记,登录号为:GU457408。
  在谷氨酸棒杆菌的苏氨酸脱水酶分子中,第1~
357位氨基酸残基组成其活性区域,第358~436位
氨基酸残基构成其调节区域[10],对编码氨基酸序列
的分析可知,L 异亮氨酸生产菌 C.glutamicum
YILW的突变位点,即第383位氨基酸位于苏氨酸
脱水酶的调节区域内(图2)。
2.3 重组菌株的诱导表达和表达产物分析
  将重组工程菌 E.coliBL21(DE3)经 0.05
mmol/L(终浓度)IPTG诱导4h后,离心收集菌体,
进行超声破碎,取破碎上清液采用Ni柱纯化得到目
图2 苏氨酸脱水酶单个亚基三级结构模型
Fig.2 Tertiarystructuremodelofsubunit
ofthreoninedehydratase
的蛋白,将菌液和纯化蛋白进行 SDSPAGE蛋白电
泳分析,结果如图3所示。由图3可知:重组菌在相
对分子质量约为46×104处有特异性蛋白条带,与
理论推测的相对分子质量相符,表明载体构建正
确,ilvA基因在 BL21(DE3)中得到表达,通过比较
破碎沉淀和破碎上清液可知,目的蛋白主要存在于
破碎上清液中,且以可溶的活性蛋白形式存在。
M—Proteinmarker;1—E.coliBL21;
2—BL21(DE3)/pETilvA;
3—IPTG诱导的BL21(DE3)/pETilvA;
4—含BL21(DE3)/pETilvA的破碎沉淀混合物;
5—破碎上清液;6—纯化后的蛋白
图3 SDSPAGE分析重组苏氨酸脱水酶的表达
Fig.3 SDSPAGEanalysisofexpressedYilwTD
2.4 重组苏氨酸脱水酶(YilwTD)的酶学性质
2.4.1 酶的最适反应 pH、温度与 pH稳定性、热稳
定性
  底物 L 苏氨酸浓度为 30mmol/L,按方法
1.6.1测得重组酶YilwTD的最适反应pH,结果见图
4。由图4可知:重组酶 YilwTD的最适反应 pH为
85 生 物 加 工 过 程   第9卷 
67;在pH稳定性方面,发现该酶在中性偏碱的条
件下稳定性较好,在pH为6~11的条件下保温30
min仍具有60%以上酶活力。
图4 pH对重组苏氨酸脱水酶YilwTD活性的影响
Fig.4 EfectsofpHontherecombinantthreonine
dehydrataseYilwTDactivity
  在pH67条件下,不同温度测定的酶活力结果
见图5。由图5可知:重组酶 YilwTD具有较宽的反
应温度范围,最适反应温度为32℃。温度稳定性方
面,在20~50℃范围内可维持70%以上酶活,温度
在50℃以上,酶活力迅速下降,至80℃时酶活力完
全丧失。
图5 温度对重组苏氨酸脱水酶YilwTD活性的影响
Fig.5 Efectsoftemperatureontherecombinant
threoninedehydrataseYilwTDactivity
2.4.2 酶促动力学参数测定
  底物L苏氨酸浓度范围为5~50mmol/L,加入
酶量为073μg,将反应速率和底物浓度求倒数,利用
双倒数作图法求得重组酶 YilwTD的酶促动力学参
数,结果如图6所示。由图6可知:经计算获得的重
组酶YilwTD对底物L 苏氨酸的米氏常数:Km=832
mmol/L,最大反应速率:vmax=318×10
4U/mg。
2.4.3 重组酶底物的特异性
  以 L 苏氨酸为底物时的催化活性设定为
图6 LineweaverBuke作图法计算
重组酶YilwTD酶促动力学参数
Fig.6 LineweaverBurkeplotofYilwTD
withthreonineassubstrate
100%,在标准酶活测定条件下,分别考察重组酶
YilwTD及野生型酶对酸性氨基酸 L 谷氨酸、L 天
冬氨酸,中性氨基酸L亮氨酸,含羟基氨基酸L丝
氨酸,芳香族氨基酸L 色氨酸的催化活性,结果如
表1所示。由表1可知:苏氨酸脱水酶对底物的专
一性较强,突变(F383V)对酶底物专一性影响较小,
只有以L丝氨酸为底物时,重组酶 YilwTD及野生
型酶的酶活力可达到50%以上,对其他几种底物的
酶活力均低于13%,其中以L天冬氨酸为底物时均
没有检测到酮酸类产物的生成。
表1 L 苏氨酸脱水酶对底物的特异性
Table1 Substratespecificityofthreoninedehydratase
底物
相对活性/%
野生型酶 重组酶YilwTD
L苏氨酸 100 100
L丝氨酸 534±19 509±18
L谷氨酸 125±04 114±03
L亮氨酸 112±03 122±03
L色氨酸 89±02 100±02
L天冬氨酸 0 0
2.4.4 L异亮氨酸对重组酶的反馈抑制作用
   反应体系中底物 L 苏氨酸的浓度为
30mmol/L,加入不同浓度的终产物L异亮氨酸,再
分别加入073μg的重组酶YilwTD及野生型酶,按
标准酶活测定方法测定酶活,结果如图7所示。
  由图7可知:加入低浓度 L 异亮氨酸时,不但
对酶没有抑制作用,反而有一定的激活作用,当 L
异亮氨酸浓度小于06mmol/L时,野生型酶和重组
酶YilwTD的最大活力分别为120%、135%。对于野
生型酶而言,随着L 异亮氨酸浓度的增加,酶活力
95 第1期 史建明等:谷氨酸棒杆菌YILW苏氨酸脱水酶基因的克隆表达及酶学性质
图7 L 异亮氨酸浓度对重组酶活力的影响
Fig.7 EfectsofLisoleucineconcentrationonthe
activityofthreoninedehydrataseinvitro
呈线性下降趋势,L 异亮氨酸浓度达到8mmol/L
时,其酶活力完全丧失;而此时重组酶 YilwTD仍剩
余65%的活力。进一步增加 L 异亮氨酸浓度,重
组酶YilwTD活力缓慢降低,当L异亮氨酸浓度达到
45mmol/L时,重组酶 YilwTD活力完全丧失,表明
该突变(F383V)可以显著降低终产物 L 异亮氨酸
对苏氨酸脱水酶的反馈抑制作用。
  基于变构酶的齐变模型原理[11-13],终产物L异
亮氨酸和变构部位结合可以使苏氨酸脱水酶的R状
态和T状态这2种构象状态之间的平衡发生移动,使
酶的构象发生改变,从而影响催化部位的活性。同时
Morbach等[14]对H278A L351S、D378G、V323A3种
突变酶的酶学性质进行了研究,结果表明3种突变均
可减弱终产物对酶的反馈抑制作用,其中 H278A
L351S的双突变减弱作用最明显[15],而此突变位点位
于酶的活性区域。因此,对于突变如何改变酶结构及
如何影响抑制剂与调解中心的共价结合等问题,仍需
做进一步的研究。
3 结 论
  1)应用PCR技术从L异亮氨酸生产菌C.glu
tamicumYILW中扩增出苏氨酸脱水酶的编码基因
ilvA及其上游的部分序列,基因序列分析表明,与
C.glutamicumATCC13032的 ilvA基因高度同源,核
苷酸相似性为996%,编码氨基酸残基序列高度保
守,仅是位于调节区域的383位苯丙氨酸突变为缬
氨酸,其余氨基酸残基一致。
  2)在体外对重组酶的酶学特征进行研究,获得
了该酶的最适反应温度、热稳定性,最适反应 pH、
pH稳定性等酶学参数,并测定了重组酶对最适底物
苏氨酸的酶促动力学参数。
  3)通过比较终产物 L 异亮氨酸对野生型酶和
重组酶YilwTD的抑制作用,表明位于苏氨酸脱水酶
调节区域的突变(Phe→Val)可以显著降低终产物
L异亮氨酸对苏氨酸脱水酶的反馈抑制作用。
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06 生 物 加 工 过 程   第9卷