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二次通用旋转组合设计优化辣椒SRAP-PCR反应体系



全 文 :园 艺 学 报 2011,38(增刊):2578 http: // www. ahs. ac. cn
Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@126.com

收稿日期:2011–09–02
* 通信作者(E-mail:zhangqianah@yahoo.com;Tel:0551-5160817)
二次通用旋转组合设计优化辣椒 SRAP-PCR 反
应体系
谈 敏 1,张其安 2,*,刘童光 1,*,江海坤 2
(1安徽农业大学园艺学院,合肥 230036;2安徽省农业科学院园艺研究所,合肥 230031)
二次通用旋转组合设计是在正交回归组合设计的基础上发展而来,具有旋转性,能使与试验中
心点距离相等的试验点上的预测值方差相等,易于得到组合的最优反应体系。本试验中应用二次通
用旋转组合设计方法,对得到的数学模型进行分析,以期获得最佳的辣椒 SRAP反应体系,为辣椒
的分子研究提供技术参考。
参试辣椒材料均由安徽省农业科学院园艺研究所提供。品种‘H-119’用于 SRAP-PCR 反应体
系的优化研究,18个自交系用于 SRAP-PCR反应体系的检验。PCR反应程序为:94 ℃ 3 min;94 ℃ 1
min,35 ℃ 1 min,72 ℃ 1.5 min,5个循环;94 ℃ 1 min,50 ℃ 1 min,72 ℃ 1.5 min,33个循环;
72 ℃ 7 min,4 ℃保存。PCR产物采用 8%聚丙烯酰胺凝胶电泳,电泳缓冲液为 1 × TBE,100 V恒
电压电泳 2.5 h。按条带数、清晰度及背景对 32个组合设计的电泳条带进行打分,取 2次得分的平
均值,应用 DPS数据处理软件对结果进行分析。
以X1(Taq聚合酶)、X2(Mg2+)、X3(dNTPs)、X4(引物)和X5(模板DNA)为自变量,PCR
电泳产物结果得分为变量Y,得到PCR电泳产物结果得分的回归方程为:Y = 4.622–1.093X1–
0.406X2–0.26X3–0.448X4–0.01X5 + 1.222X12 + 1.472X22 + 0.597X32 + 0.722X42 + 0.409X52–
1.297X1X2–0.453X1X3 + 0.016X1X4–0.016X1X5 + 0.328X2X3–0.141X2X4–0.859X2X5–0.109X3X4 +
0.359X3X5 + 0.203X4X5。
方差分析结果表明,回归方程显著性检验 F2 = 3.39在 0.1水平上差异极显著,但是失拟检验 F1 =
12.17在 0.1水平上差异极显著,说明未控制因素对试验的影响很大,回归模型与实测值不能较好地
拟合,所以不能直接用模型进行优化分析。为此,采用计算机对不同水平的组合进行模拟试验,以
零水平的均值 7.94为临界值,获得大于临界值的方案 2 602个,在 95%的置信区间均值大于 7.94的
优化方案为:Taq聚合酶(X1)用量 0.465 ~ 0.49 U,Mg2+(X2)2.264 ~ 2.298 mmol · L-1,dNTPs(X3)
0.189 ~ 0.211 mmol · L-1,引物(X4)0.789 ~ 0.811 μmol · L-1,模板 DNA(X5)用量 43.59 ~ 45.021 ng。
结合实验室移液枪的实际条件,将优化方案定为:在 10 μL反应体系中 Taq聚合酶用量 0.5 U,Mg2+
浓度 2.3 mmol · L-1,dNTPs浓度 0.2 mmol · L-1,引物浓度 0.8 μmol · L-1,模板 DNA用量 45 ng。进
一步将 18个不同的辣椒材料用不同引物组合对优化体系稳定性检验,结果表明该体系可靠稳定,适
用于辣椒 SRAP分子标记的研究。

关键词:辣椒;二次通用旋转组合设计;SRAP;反应体系
中图分类号:S 641.3 文献标识码:A 文章编号:0513-353X(2011)S-2578-01