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Estimation of Genome Size of Four Panax Species by Flow Cytometry*

4种人参属植物基因组大小的测定



全 文 :4种人参属植物基因组大小的测定∗
潘跃芝1ꎬ2ꎬ 张亦弛3ꎬ4ꎬ 龚  洵2ꎬ 李富生1∗∗
(1 云南农业大学农学与生物技术学院ꎬ 云南 昆明  650201ꎻ 2 中国科学院昆明植物研究所资源植物
与生物技术重点实验室ꎬ 云南 昆明  650201ꎻ 3 中国科学院昆明植物研究所中国西南野生
生物种质资源库ꎬ 云南 昆明  650201ꎻ 4 中国科学院大学ꎬ 北京  100049)
摘要: 人参属 (Panax) 植物是重要的药用植物资源ꎮ 以水稻 (Oryza sativa) 为内标ꎬ 利用流式细胞术测
定了三七 (Panax notoginseng)、 屏边三七 (Panax stipuleanatus)、 越南三七 (Panax vietnamensis) 及假人
参 (Panax pseudoginseng) 4种人参属植物的基因组大小ꎮ 结果表明ꎬ 4种植物的基因组大小各不相同ꎬ 其
中ꎬ 三七的最大ꎬ 而屏边三七的最小ꎮ 本组数据将为该属植物的基因组学研究以及种群进化研究提供基础
数据参考ꎮ
关键词: C-值ꎻ 流式细胞术ꎻ 人参属
中图分类号: Q 78              文献标识码: A              文章编号: 2095-0845(2014)02-233-04
Estimation of Genome Size of Four Panax
Species by Flow Cytometry∗
PAN Yue ̄Zhi1ꎬ2ꎬ ZHANG Yi ̄Chi3ꎬ4ꎬ GONG Xun 2ꎬ LI Fu ̄Sheng1∗∗
(1 Faculty of Agronomy and Biotechnologyꎬ Yunnan Agricultural Universityꎬ Kunming 650201ꎬ Chinaꎻ 2 Key Laboratory of
Economic Plants and Biotechnologyꎬ Kunming Institute of Botanyꎬ Chinese Academy of Sciencesꎬ Kunming 650201ꎬ Chinaꎻ
3 Germplasm Bank of Wild Species in Southwest Chinaꎬ Kunming Institute of Botanyꎬ Chinese Academy of Sciencesꎬ
Kunming 650201ꎬ Chinaꎻ 4 University of Chinese Academy of Sciencesꎬ Beijing 100049ꎬ China)
Abstract: Ginseng genus Panaxꎬ a member of family Araliaceaeꎬ consists of about 11 species in total. Most species
of this genus are applied as tonic and medicinal plant resources. In this articleꎬ the genome size (C ̄Value) of four
ginseng species was estimated by flow cytometry using Oryza sativa as the internal reference. The results revealed that
the C ̄Values of four species are different from each otherꎬ and the C ̄Value of P􀆰 notoginseng is the largestꎬ while
the C ̄Value of P􀆰 stipuleanatus is the smallest one.
Key words: Panaxꎻ C ̄Valueꎻ Flow cytometry (FCM)
  生物体的单倍体基因组所含 DNA 总量称为
C值ꎬ 它代表了生物体基因组的大小ꎬ 是生物体
的一个重要特征ꎮ 自 20世纪 50年代开始ꎬ 人们
逐渐认识到不同生物体之间核 DNA 量会有很大
的差异ꎬ 并尝试解释这一现象 (Jakob 等ꎬ 2004)ꎬ
其中最有名的一个就是 “C-值悖论” 理论 (Thom ̄
asꎬ 1971)ꎬ 即基因组大小与生物体的复杂性之
间没有关联ꎮ C-值是判断一个物种基因组大小
的基础数据ꎬ 掌握了这些数据将有利于遗传学和
基因组学研究方案的制定以及数据的分析 (Ben ̄
nett和 Leitchꎬ 2005)ꎮ
流式细胞术 ( flow cytometryꎬ FCM) 是应用
流式细胞仪对处于液流状态中的荧光标记的微粒
进行分析、 分选并进行快速准确定性、 定量测定
植 物 分 类 与 资 源 学 报  2014ꎬ 36 (2): 233~236
Plant Diversity and Resources                                    DOI: 10.7677 / ynzwyj201413084

∗∗
基金项目: 云南省自然科学基金项目 (2011FZ207)ꎻ 中国科学院昆明植物研究所资源植物与生物技术重点实验室项目
通讯作者: Author for correspondenceꎻ E ̄mail: lfs810@sina􀆰 com
收稿日期: 2013-04-09ꎬ 2013-07-10接受发表
作者简介: 潘跃芝 (1973-) 女ꎬ 博士研究生ꎬ 研究方向: 植物种质资源评价与利用ꎮ E ̄mail: panyz01@hotmail􀆰 com
与分析的技术ꎬ 在植物学研究中ꎬ FCM主要用于
检测植物细胞核 DNA 含量及其倍性水平 (田新
民等ꎬ 2011)ꎮ 用流式细胞仪检测细胞 DNA 含
量ꎬ 通常采用特异的荧光染料对其进行染色ꎬ 荧
光分子结合 DNA 的量与细胞内 DNA 含量呈正
比ꎬ 通过检测被激发的染色细胞发射的荧光强度
可得到被测细胞的 DNA 含量ꎬ 经过与已知基因
组大小的内标进行比较ꎬ 可获得被测植物的基因
组大小 ( 宋平根和李素文ꎬ 1992 )ꎮ
人参属 (Panax) 是五加科的一个小属ꎬ 包
含约 11 个种 (Wenꎬ 2001)ꎬ 其药用价值较高ꎬ
全属植物均可药用ꎮ 最知名的有人参 (Panax
ginseng)、 三七 (Panax notoginseng) 以及西洋
参 ( Panax quinquefolius)ꎬ 并作为人工栽培药
材ꎬ 在全世界广泛应用ꎮ 通过对三七、 屏边三七
(Panax stipuleanatus)、 越南三七 (Panax vietna ̄
mensis) 以及假人参 (Panax pseudoginseng) 4 个
种共 9个样品进行分析ꎬ 测定了它们的基因组大
小ꎬ 为该属植物的基因组学、 物种分类以及种群
进化研究提供基础参考数据ꎮ
1  材料与方法
1􀆰 1  材料
以三七、 屏边三七、 越南三七、 假人参的健康新鲜
叶片为供试材料ꎮ 其中三七和屏边三七的叶片材料来自
3个样品 (即 3个植株)ꎬ 越南三七的来自两个样品ꎬ 而
假人参只有 1个样品 (表 1)ꎮ 9个样品的活植物均种植
于昆明植物园内ꎮ
本研究以水稻 (Oryza sativa) 品种 “日本晴” 为内标ꎮ
1􀆰 2  方法
实验流程按照 Galbraith (2009) 方法进行:
1􀆰 2􀆰 1  细胞核悬液制备  三七、 屏边三七、 越南三七及
假人参各一个样品和水稻品种 “日本晴” 一个样品分别
在滴有 1 000 mL chopping buffer (Galbraithꎬ 1983 ) (45
mmol􀅰L-1 MgCl2ꎬ 30 mmol􀅰L
-1柠檬酸钠ꎬ 20 mmol􀅰L-1
MOPSꎬ 0􀆰 1% TritonX ̄100ꎬ 0􀆰 1% PVPꎬ pH 7􀆰 0) 的培养
皿中ꎬ 用锋利刀片将其切碎ꎬ 用 300目尼龙网过滤ꎬ 获得
细胞核悬液ꎮ 整个过程在冰上完成ꎮ
9个待测样品分别与水稻品种 “日本晴” 叶片组织
混合ꎬ 以同样的方法制备细胞核悬液ꎬ 备用ꎮ
1􀆰 2􀆰 2  DNA特异染色  向制备的细胞核悬液中滴加 100
μL碘化丙啶 (propidium iodideꎬ PI) (500 μg􀅰mL-1) 及
1􀆰 5 μL DNase ̄free RNase (10 mg􀅰mL-1)ꎬ 混匀置于冰上ꎬ
避光染色 0􀆰 5~1 hꎮ
1􀆰 2􀆰 3  流式细胞仪检测   流式细胞仪采用美国 Accuri
公司的 Accuri Ce6 流式细胞仪ꎬ 采用 488 nm 蓝光激发ꎬ
对以上制备的细胞核悬液样品进行测定ꎬ 每个样品重复
测 3次ꎬ 每次检测至少收集 10 000 个细胞ꎮ 变异系数
CV%控制在 5%之内ꎮ 使用软件 CFlow Plus 分析数据ꎮ
待测样品的基因组大小按照以下公式 (高静等ꎬ 2010) 计
算ꎬ 其中水稻的基因组大小为 420 Mb (Goff等ꎬ 2002):
    X = F1 / FH × Hꎬ 其中 F1为待测样品 DNA 荧光强度ꎬ
FH为水稻样品 DNA荧光强度ꎬ H为水稻的基因组大小ꎮ
2  结果与分析
对比分析待测样品与水稻单独测定的结果确
定水稻与待测样品的基因组测定峰无重叠ꎬ 保证
了用水稻作为内标的可靠性ꎮ
    以水稻为内标测出的结果如表 1所示ꎬ 检测
图像如图 1所示ꎮ 测定结果经分析表明: 三七的
基因组大小为 2 454􀆰 38 Mbꎬ 屏边三七基因组大小
为 1 947􀆰 06 Mbꎬ 越南三七基因组大小为 2 018􀆰 02
Mbꎬ 而假人参基因组大小为 2 432􀆰 72 Mbꎮ
表 1  4种人参属植物基因组大小的测定结果
Table 1  The genome size of samples
物种 Species 样品编号Sample No.
样品基因组大小
Genome size of sample / Mb
物种平均基因组大小
Mean genome size of species / Mb
P􀆰 notoginseng F. H. Chen ex C. Y. Wu
& K. M. Feng



2458􀆰 70 ± 18􀆰 57
2443􀆰 19 ± 21􀆰 35
2461􀆰 25 ± 16􀆰 36
2454􀆰 38 ± 7􀆰 98
P􀆰 stipuleanatus H. T. Tsai & K. M. Feng



1945􀆰 11 ± 19􀆰 97
1928􀆰 24 ± 14􀆰 00
1967􀆰 83 ± 6􀆰 82 
1947􀆰 06 ± 16􀆰 22
P􀆰 vietnamensis Ha & Grushv. 12
2035􀆰 26 ± 13􀆰 22
2000􀆰 78 ± 4􀆰 12  2018􀆰 02 ± 17􀆰 24
P􀆰 pseudoginseng Wallich 1 2432􀆰 72 ± 6􀆰 39  2432􀆰 72 ± 0􀆰 00
432                                  植 物 分 类 与 资 源 学 报                            第 36卷
图 1  4种人参属植物的流式细胞仪测定图像 (以水稻为内标)
Fig􀆰 1  Flow cytometric fluorescent detection images of four Panax species with Oryza sativa as internal reference
3  讨论
目前用于测定基因组大小的方法主要有孚尔
根光密度测量法 (Feulgen Densitometry) 和流式
细胞术 ( Flow Cytometry) 两种方法 ( Moscone
等ꎬ 2003)ꎮ 而流式细胞术由于操作简单、 结果
可靠而为越来越多的学者所使用 ( Galbraithꎬ
2009)ꎮ 同一物种ꎬ 由于采用不同的方法、 材料
类型以及标准等ꎬ 所得到的结果可能会有所不
同ꎮ 因此ꎬ 本实验为了减少实验误差ꎬ 所用的材
料都是栽培成年植株个体上的健康叶片ꎬ 在实验
当天一起采集ꎮ 所有样品所用的内标均为水稻
‘日本晴’ 同一植株上的叶片ꎮ 此外ꎬ 每个样品
技术重复检测 3次ꎬ 在用流式细胞仪进行数据采
集过程中ꎬ 每次至少采集 10 000 个细胞ꎬ 变异
系数 CV%控制在 5%之内ꎬ 这些措施进一步保证
了实验数据的可靠性ꎮ
实验结果显示ꎬ 在被测试的 4个人参属物种
中ꎬ 同一个物种的不同植株的基因组大小不尽相
同ꎮ Gurushidze等 (2012) 的研究显示ꎬ 同一物
种不同个体间基因组大小的变异率一般低于
2􀆰 5%ꎮ 本研究所测试的 4 个物种中ꎬ 有 3 个包
含了 2 ~ 3 个个体ꎬ 个体间的基因组大小差异也
都低于 2􀆰 5%ꎮ 因此ꎬ 这些物种的基因组大小在
不同的个体间相对稳定ꎮ
被子植物基因组大小变异较大ꎬ 基因组大小
与生物体的复杂程度没有必然联系ꎬ 而染色体倍
性变化和非编码 DNA 的重复可能是导致基因组
大小差异的主要原因 (Bennetzen等ꎬ 2005ꎻ 陈建
5322期                          潘跃芝等: 4种人参属植物基因组大小的测定                             
军等ꎬ 2009)ꎮ 基因组大小的进化机制研究成为
当今的研究热点之一 (Bennett和 Leitchꎬ 2005)ꎬ
尤其是随着植物 DNA C ̄值数据库 (http: / / data􀆰
kew􀆰 org / cvalues / homepage􀆰 html) 的日益完善ꎬ 越
来越多的研究采用将 C ̄值数据库的数据和已有
的系统发育研究结果相结合的方法ꎬ 对不同植物
类群的基因组大小进化机制进行探讨ꎬ 并试图揭
示植物基因组大小变化与植物生活史、 染色体核
型进化之间是否存在关联 (Cox 等ꎬ 1998ꎻ Jakob
等ꎬ 2004ꎻ Chase 等ꎬ 2005ꎻ Leitch 等ꎬ 2007ꎻ Gu ̄
rushidze等ꎬ 2012)ꎮ 本研究所测定的人参属 4 个
种的基因组大小各不相同ꎬ 其中三七的最大ꎬ 而
屏边三七的最小ꎮ 从染色体数目看ꎬ 三七、 屏边
三七均为 2n= 24 (杨涤清ꎬ 1981ꎻ Yi等ꎬ 2004)ꎬ
假人参也是 2n = 24 (未发表资料)ꎬ 都为二倍
体ꎮ 因此ꎬ 这 4种人参属植物基因组大小变异可
能主要是 DNA 重复造成的ꎮ 人参为四倍体ꎬ 含
48条染色体 (李方元等ꎬ 1985)ꎬ 它的一套染色
体的大小约为 3􀆰 2 Gb (http: / / www􀆰ebiotrade􀆰com /
newsf / 2012 ̄1 / 201216115003179􀆰 htm)ꎮ 因此ꎬ 三
七和人参的基因组比其他野生近缘种类的基因组
都大ꎬ 这是否与三七和人参长期人工栽培和驯化
有关ꎬ 还需进一步研究ꎬ 而人参属植物基因组大
小数据的完善是回答这一问题的关键ꎮ
〔参  考  文  献〕
宋平根ꎬ 李素文ꎬ 1992. 流式细胞术的原理和应用 [M]. 北京:
北京师范大学出版社ꎬ 1—88
Bennett MDꎬ Leitch IJꎬ 2005. Plant genome size research: A field in
focus [J] . Annals of Botanyꎬ 95: 1—6
Bennetzen JLꎬ Ma Jꎬ Devos KMꎬ 2005. Mechanisms of recent genome
size variation in flowering plants [ J] . Annals of Botanyꎬ 95:
127—132
Chase MWꎬ Hanson Lꎬ Albert VA et al.ꎬ 2005. Life history evolution
and genome size in subtribe Oncidiinae (Orchidaceae) [J] . An ̄
nals of Botanyꎬ 95: 191—199
Chen JJ (陈建军)ꎬ Wang Y (王瑛)ꎬ 2009. Recent progress in plant
genome size evolution [J] . Hereditas (遗传)ꎬ 31: 464—470
Cox AVꎬ Abdelnour GJꎬ Bennett MDꎬ 1998. Genome size and karyo ̄
type evolution in the slipper orchids ( Cypripedioideae: Orchi ̄
daceae) [J] . American Journal of Botanyꎬ 85: 681—687
Galbraith DWꎬ Harkins KRꎬ Maddox JR et al.ꎬ 1983. Rapid flow cy ̄
tometric analysis of the cell cycle in intact plant tissues [J] . Sci ̄
enceꎬ 220: 1049—1051
Galbraith DWꎬ 2009. Simultaneous flow cytometric quantification of
plant nuclear DNA contents over the full range of described angio ̄
sperm 2C values [J] . Cytometry Part Aꎬ 75A: 692—698
Gao J (高静)ꎬ Huang XH (黄晓红)ꎬ Zeng HS (曾华嵩) et al.ꎬ
2010. Genome size for six commercially important fishes in China
[J] . Journal of Fishery Sciences of China (中国水产科学)ꎬ 17
(4): 689—694
Goff SAꎬ Ricke Dꎬ Lan TH et al.ꎬ 2002. A draft sequence of the rice ge ̄
nome (Oryza sativa L. ssp. japonica) [J]. Scienceꎬ 296: 92—100
Gurushidze Mꎬ Fuchs Jꎬ Blattner FRꎬ 2012. The evolution of genome
size variation in Drumstick Onions ( Allium subgenus Mel ̄
anocrommyum) [J] . Systematic Botanyꎬ 37: 96—104
Jakob SSꎬ Meister Aꎬ Blattner FRꎬ 2004. The considerable genome
size variation in Hordeum species (Poaceae) is linked to phyloge ̄
nyꎬ life formꎬ ecologyꎬ and speciation rates [J] . Molecular Biol ̄
ogy and Evolutionꎬ 21: 860—869
Leitch IJꎬ Beaulieu JMꎬ Cheung K et al.ꎬ 2007. Punctuated genome
size evolution in Liliaceae [ J] . Journal of Evolutionary Biologyꎬ
20: 2296—2308
Li FY (李方元)ꎬ Sun X (孙先)ꎬ Gong XC (宫喜臣)ꎬ 1985. The
analysis of the chromosomal morphology and Giemsa C ̄banding
pattern in Ginseng [ J] . Scientia Agricultura Sinica (中国农业
科学)ꎬ 18 (5): 31—35
Moscone EAꎬ Baranyi Mꎬ Ebert I et al.ꎬ 2003. Analysis of nuclear
DNA content in Capsicum ( Solanaceae) by flow cytometry and
feulgen densitometry [J] . Annals of Botanyꎬ 92: 21—29
Thomas Jr CAꎬ 1971. The genetic organization of chromosomes [ J] .
Annual Review of Geneticsꎬ 5: 237—256
Tian XM (田新民)ꎬ Zhou XY (周香艳)ꎬ Gong N (弓娜)ꎬ 2011.
Applications of flow cytometry in plant research—analysis of nu ̄
clear DNA content and ploidy level in plant cells [ J] . Chinese
Agricultural Science Bulletin (中国农学通报)ꎬ 27: 21—27
Wen Jꎬ 2001. Species diversityꎬ nomenclatureꎬ phylogenyꎬ biogeogra ̄
phyꎬ and classification of the ginseng genus (Panax L.ꎬ Arali ̄
aceae) [A]. In: Punja ZK (ed.)ꎬ Utilization of Biotechnologi ̄
calꎬ Genetic and Cultural Approaches for North American and Asi ̄
an Ginseng Improvement [M]. Proceedings of the International
Ginseng Workshop. Vancouver: Simon Fraser University Pressꎬ
67—88
Yang DQ (杨涤清)ꎬ 1981. The cyto ̄taxonomic studies on some spe ̄
cies of Panax L. [J] . Acta Phytotaxonomica Sinica (植物分类
学报)ꎬ 19 (3): 289—303
Yi Tꎬ Lowry II PPꎬ Plunkett GM et al.ꎬ 2004. Chromosomal evolution
in Araliaceae and close relatives [J] . Taxonꎬ 53: 987—1005
632                                  植 物 分 类 与 资 源 学 报                            第 36卷