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药用绞股蓝属植物基因组DNA提取方法比较



全 文 :书药用绞股蓝属植物基因组DNA提取方法比较
 收稿日期:2012-07-06
 基金项目::陕西省教育厅(2009JK316)与安康学院科技创新团队 (2008AKXY006)项目共同资助。
 作者简介:杨松杰(1964-),男,河北深州人,博士,副教授,主要从事植物遗传资源与生物工程教学与研究。
杨松杰
(安康学院农学与生命科学院,陕西省富硒食品工程实验室,陕西 安康 725000)
摘 要:从叶片中提取高质量的DNA是进行绞股蓝分子生物学研究的前提。植物基因组DNA的提取方法
较多,笔者以安康平利县产绞股蓝属植物幼嫩叶片为材料,通过采用改良的CTAB法、改良SDS法和高盐低
pH值法三种方法提取绞股蓝基因组DNA,并通过琼脂糖凝胶电泳对所提取DNA样品进行质量检测。结果
显示高盐低pH值法提取的DNA电泳主带较亮且点样孔基本无异物,为绞股蓝叶片DNA提取比较适宜的
方法。
关键词:绞股蓝;基因组DNA;DNA提取;优化
  绞股蓝(Gynostemma pentaohyllum (thunb)
Makino)系葫芦科绞股蓝属多年生草本质藤本植
物[1]。据《中药大辞典》记载,绞股蓝味苦寒、无毒,
具有消炎解毒、止咳祛痰之功,主要用来治疗慢性
支气管炎。药理实验和临床应用证实,绞股蓝不仅
对人体有滋补、镇静、催眠、抗紧张、促食欲、降血
脂、降胆固醇、降转氨酶、延缓衰老等作用,还能防
止正常细胞癌化并使癌细胞转化为正常细胞[2-4]。
1986年,国家科委在“星火计划”中,把绞股蓝列为
待开发的“名贵中药材”之首位,2002年3月5日国
家卫生部将其列入保健品名单[5]。
我国绞股蓝属植物资源丰富,广泛分布于秦
岭及长江以南地区。在长期的自然环境及人工栽
培的条件下,逐渐形成了众多品种及栽培类型[6]。
目前,对绞股蓝的研究主要集中在栽培管理、化学
成分、药理作用、皂甙提取工艺的改善等方面。自
绞股蓝产品开发以来,野生绞股蓝资源在全国范
围内被广泛的采集与栽培,并经多年人工培育和
选育,逐渐形成了众多的地方品系及栽培类型。
安康平利县建有国家中药绞股蓝生产 GAP基
地,管理规范,药材质量得到保证,已有我国“绞股
蓝第一大乡”之称 [7-10]。
从绞股蓝叶片提取高质量的DNA是进行绞
股蓝分子生物学与分子遗传学研究的前提。提取
植物基因组DNA已发展出的方法较多,或多或
少都能从植物叶片、愈伤组织、组培苗、果实、韧皮
部等组织器官中提取出DNA。但是有些情况下,
不同植物甚至是同一种类植物组织材料的来源、
部位、形态等外在性质的不同以及化学成分、组织
结构等内在特点的差异,在提取基因组DNA时
需要选择不同的方法或作一些特殊的处理[11]。
笔者实验将在传统植物DNA提取方法基础上对
绞股蓝进行基因组DNA的提取,以优化出适合
绞股蓝基因组DNA提取的最有效办法。
1 实验材料与仪器
1.1 实验材料
实验以安康平利县百草堂科技有限公司绞股
蓝种质资源圃基地中种植的绞股蓝幼嫩叶片为材
料,采摘的叶片经冷冻干燥后置于-80℃超低温
冰箱保存备用。
1.2 主要试剂、仪器
CTAB、SDS、EDTA、PVP、KAc、NaAc均购
自上海生工生物工程有限公司。其他试剂为国产
分析纯。
高速冷冻离心机(Thermo公司),漩涡混合
器(江苏康健医疗用品有限公司),WD-9413C
凝胶成像分析仪(北京市六一仪器厂),PHS-3C
型pH计(上海精密科学有限公司),超低温冰箱
(青岛海尔特种电器有限公司),H1干式恒温器
(珠海黑马医学仪器公司),电泳仪(百维信生物公
司),电子天平(德国赛多利斯股份公司),立式压
力蒸汽灭菌锅(上海申安医疗器械厂),液氮生物
容器(成都金凤液氮容器有限公司),微型台式真
空泵(绍兴市卫星医疗设备制造有限公司),制冰
机等。
·78·2013(1) 陕 西 农 业 科 学
书2 实验方法
2.1 基因组总DNA提取
将保存的绞股蓝幼叶用液氮研磨至粉末状,
分别采用以下三种方法提取基因组总DNA。
(1)改良CTAB法:称取100mg干粉于1.5
离心管,加入500μl65℃预热的 CTAB提取液
(100 mmol/l Tris·HC1pH8.0,3% 可溶性
PVP,2%β-巯基乙醇,25mmol/l EDTA pH
8.0,2%CTAB)充分混匀后于65℃保温30min,
取出稍冷却降至室温后加入等体积的氯仿/异戊
醇(24∶1),振荡至出现乳浊状静置分层后12 000
g,4℃离心10min,重复上述步骤至分层后中间
无白色物质,取上清液加入2倍体积-20℃预冷
的无水乙醇,-20℃静置30min,15 000g,4℃离
心15min,70%的乙醇洗涤沉淀2次,风干后溶
于50μl TE缓冲液中,4℃保存。
(2)改良的SDS法:称取100mg干粉于1.5
ml离心管中,加入500μl冰上预冷的提取液(50
mmol/l Tris·HC1pH8.0,3%可溶性PVP,2%
β-巯基乙醇,50mmol/l EDTA pH8.0,充分混
匀后冰上放置10min,6 000g离心5min,弃上
清,加入提取液重悬沉淀,离心后弃上清,沉淀加
入500μl65℃预热的裂解缓冲液(100 mmol/l
Tris·HC1pH8.0,20mmol/l EDTA pH8.0,
500mmol/lNaCL,1.5%SDS),65℃水浴30min,
不时轻轻颠倒,取出稍冷却后加入500氯仿/异戊
醇(24∶1),颠倒成乳浊状,10 000g,4℃离心10
min,重复2次,取上清加入0.25(v/v)乙醇和
0.11(v/v)5mol/l KAc(pH4.8),立即10 000g,
离心10min,取上清加入等体积-20℃预冷的异
丙醇,置-20℃静置30min,15 000g,4℃离心20
min,70%的乙醇洗涤沉淀2次,风干后溶于50μl
TE缓冲液中,4℃保存。
(3)高盐低pH值法:称取100mg干粉于1.5
ml离心管中,加入500μl 65℃ 预热提取液(100
mmol/l NaAc,3%可溶性 PVP,2%β-巯基乙
醇,25mmol/l EDTA pH8.0,1.5%SDS),充分
混匀后于65℃中保温30min,不时轻轻颠倒,
4℃,10 000g离心10min,取上清液加2/3倍体
积的2.5mol/l pH4.8的KAc溶液,0℃放置15
min,10 000g,4℃离心10min取上清液加等体积
的氯仿/异戊醇(24∶1),振荡至出现乳浊状,静置
分层后10 000g,4℃离心10min,取上清液加等
体积的-20℃预冷的异丙醇,-20℃静置30
min,15 000g,4℃离心20min,70%的乙醇洗涤
沉淀2次,风干后溶于50μl TE 缓冲液中,4℃
保存。
2.2 基因组DNA的检测
用1.0%的琼脂糖凝胶电泳检测用不同方法
提取的绞股蓝植物基因组DNA,并在紫外凝胶成
像仪上观察拍照(图1)。
图1 3种方法提取的绞股蓝基因组DNA电泳分析
泳道1.高盐低pH法;泳道2.改良SDS法;泳道3.改良CTAB法
3 结果与分析
图1为三种方法提取的基因组DNA琼脂糖
凝胶电泳结果。从图中看出,高盐低pH 值法提
取的DNA电泳主带较亮且点样孔基本无异物,
说明该法效果最好,对绞股蓝叶片中多糖和次生
代谢产物的去除效果较好。
实验操作上,改良SDS法较为繁琐,费时;改
良的CTAB法在加入乙醇的过程中容易使DNA
沉淀,但该方法步骤少,比较简便,但DNA产量
减少;而高盐低pH 值法相对省时且提取效果
较好。
植物组织材料的采集与保存对提取DNA 的
产量和质量有很大影响。通常应尽可能采集新
鲜、幼嫩的组织材料。采集过程中应尽可能使组
织材料保持水分,用浸湿的纱布包裹采集的组织
材料,并放置在密闭的冰盒中,这样可使组织材料
3-5d仍保持新鲜。野外远距离采集样本时,在
可能的条件下冷冻保存;当不具备冷冻条件时,最
好用盛有无水CaSO4的瓶子保存,使其迅速干
燥,这种方法可将材料保存数月,返回后应尽快进
行DNA 的提取工作。对具有大量次生代谢物
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书(如丹宁、酚类、醌类等)的植物材料,应尽可能采
集幼嫩组织外,最好进行冷冻保存并在短时间内
进行DNA提取。对于采集回来的样品如要长期
保存,应经液氮处理后贮存在-80℃冰箱或直接
储放于液氮中,且在与提取缓冲液接触前,应防止
冰冻的样品在空气中融化,否则酚类易被氧化。
李学营等[12]报道保存的植物叶片在半年内提取
DNA结果并无明显变化。谢中稳等人[13]从室温
下贮存1周、3个月、6个月、1a的硅胶干燥叶片
中提取的DNA用于RAPD扩增所得的扩增产物
没有差异。因此干燥保存植物叶片用于DNA分
析是可行的,但对于绞股蓝而言干燥保存的最长
时间有待进一步确定。
绞股蓝叶片富含酚类及多糖,SDS法提取的
DNA呈深褐色且电泳拖尾现象严重,笔者实验
中对传统的SDS法进行了改进。提高提取缓冲
液中β-巯基乙醇的浓度至2%,并在研磨样品时
加入3%PVP。PVP有很强的结合多酚化合物的
能力,可与多酚结合形成复合物,可以在抽提液中
加入PVP以去除多酚的影响。在细胞裂解液中
加入PVP,解决了酚类、色素和蛋白质等对DNA
质量的影响。β-巯基乙醇作为强还原剂也能防
止多酚的氧化,还可以打断多酚氧化酶的二硫键
使之失活。二者协同作用,有效地抑制酚类物质
对DNA的影响[14]。
高盐低pH 值法提取的 DNA纯度较好,从
DNA的检测结果及实验操作方面综合比较,高盐
低pH法最适合绞股蓝叶片DNA的提取。电泳
图谱显示高盐低pH值法提取的DNA点样孔较
亮,可能高盐对绞股蓝DNA多糖的去除效果不
明显,也可能是在沉淀DNA时较大的离心力使
DNA与杂志结合紧密,短时间的高盐浸泡不能很
好的溶解多糖。
改良的SDS法对未经提取液预洗的样品提
取DNA,结果提取出的DNA颜色呈黄色,不能
全部溶解在ddH20中。李均敏等[15]提到对实验
样品先预洗以除去细胞质中的多糖和酚类物质,
可以得到质量较好的DNA,郭宝林[16]等人在提
取丹参干叶片DNA时,使用0.25(v/v)乙醇和
0.11(v/v)5mol/l KAc(pH4.8)去除多糖效果明
显,结合以上方法,对 SDS法进行改良,提取
DNA前先将样品预洗,并且使用 KAc(pH4.8)
和乙醇去除多糖,得到白色的DNA沉淀,但产量
较未预洗的少。改良的CTAB法得到的DNA产
量和质量均不高,可能是单独使用乙醇对除绞股
蓝多糖的去除效果不明显,同时DNA也被沉淀
下来造成产量的大大减少。
参 考 文 献:
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致谢:实验得到安康平利县百草堂生物技术
有限公司、安康学院农学与生命科学学院薛沁和
高望同学的大力支持与帮助,特此致谢。
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